РОЛЬ АМИНОКИСЛОТНЫХ РАДИКАЛОВ В ФОРМИРОВАНИИ ВТОРИЧНОЙ СТРУКТУРЫ
α-спираль:
Ala, Leu, Met, Glu, Arg, Lys: благоприятны
Pro, Gly, Tyr, Ser: неблагоприятны
β-слой
Tyr, Trp, Ile, Val, Thr, Cys, Phe – благоприятны
(большие радикалы)
Препятствуют образованию вторичной
структуры:
Gly: слишком маленький радикалPro: образует жесткую струтуру
Asp, Asn, Ser:водородные связи, образуемые боковыми радикалами, конкурируют с водородными связями пептидного остова
ФИБРИЛЛЯРНЫЕ БЕЛКИ ИМЕЮТ ТОЛЬКО ВТОРИЧНУЮ СТРУКТУРУ
Схема волокна шелкопряда |
Схема паутиновой нити |
|
•«Памятник» α- спирали перед родным домом Лайнуса Полинга
•(автор: Julian Voss- Andreae)
•(Ore., USA, 2004).
Структурная классификация белков
Levitt and Chotia, 1976 - классификация белков по вторичным структурам;
База данных, 1994 (Murzin, Chandonia, Andreeva, Howorth, Lo Conte, Ailey, Brenner, Hubbard, and Chothia):
Structural Classification of Proteins – SCOP
Супервторичные структуры
‒ термодинамически или кинетически стабильные комплексы α- спиралей и β-структур, формирующиеся за счет межрадикальных взаимодействий («структурные мотивы», “protein motifs”)