Метод функционала плотности. Ab initio молекулярная динамика. Методические указания к лабораторным работам
.pdfвозможный выборов для базисных функций {k } - это адиабатический базис,
полученный из решения стационарного электронного уравнения Шредингера:
He |
({ri };{RI }) k Ek ({RI }) k ({ri };{RI }) , |
(2.20) |
где {R I } |
- мгновенные ядерные положения во время t согласно (2.16). |
|
На |
данном этапе дальнейшее упрощение |
может быть произведено, |
ограничивая полную электронную волновую функцию , так, чтобы она была волновой функцией основного состояния 0 из H e в каждом момент времени согласно (2.20) и (2.19). Это должно быть хорошим приближением,
если разность энергий между 0 и первым возбужденным состоянием 1
везде больше по сравнению с тепловой энергией kBT . В этом пределе ядра перемещается согласно (2.16) на единственной поверхности потенциальной энергии:
V |
E |
|
|
e |
|
|
|
dr |
H |
|
* |
|
|
|
0 |
e 0 |
E ({R |
I |
0 |
})
,
(2.21)
которая может быть рассчитана, решая стационарное электронное уравнение Шредингера (2.20) только для основного состояния:
He 0 E0 0 |
|
|
(2.22) |
Это приводит к отождествлению |
Ve |
E0 |
, то есть Ehrenfest потенциал |
|
E |
|
|
идентичен потенциалу Борна-Оппенгеймера в основном состоянии.
Следовательно, можно отделить задачу генерации ядерной динамики от задачи вычисления поверхности потенциальной энергии. На первом шаге
E0 вычисляется для многих ядерных конфигураций, решая (2.22). На втором шаге эти точки данных установлены в аналитической функциональной форме, чтобы найти глобальную поверхность потенциальной энергии, от которой градиенты могут быть полученный аналитически. На третьем шаге,
ньютоновское уравнение движения (2.16) решается для этой поверхности для
51
многих различных начальных условий. Это базис классических вычислений траектории на поверхностях глобальной потенциальной энергии.
Данные подход сильно страдает от увеличения количество активных ядерных степеней свободы. Один из традиционных выходов из этого состоит в аппроксимации к глобальной поверхности потенциальной энергии в термах усеченных вкладов многих тел.
N |
N |
N |
|
VeE Veapp ({RI }) v1 (RI ) v2 (RI |
, R J ) v3 (RI , R J , R K ) ... |
(2.23) |
|
I 1 |
I J |
I J K |
|
В этом каскаде, электронные степени свободы заменены косвенно потенциалами {vn } и не показаны, как явные степени свободы в уравнениях движения. Таким образом, смешанная квантово-классическая проблема приводит к просто классической механике, как только {vn } определены.
Классическая молекулярная динамика полагается кардинально на идею, где
типично только взаимодействия двух |
v2 |
или трех тел |
v3 |
приняты во |
внимание, хотя существуют и более сложные модели. |
|
|
||
M R(t) V |
|
({R |
(t)}) |
|||
I |
|
I |
|
app |
I |
|
|
e |
|
||||
(2.24)
Потенциал поверхности строится из управляемой суммы аддитивных взносов нескольких тел.
Электроны следуют адиабатическим образом за классическим ядерным движением и можно интегрировать так, чтобы ядра эволюционировали на единственной поверхности потенциальной энергии Борна-Оппенгеймера (как правило, но не обязательно, в основном электронном состоянии) [4, 7, 8, 9].
2.1 Ehrenfest молекулярная динамика
Силы вычисляют, фактически решая в цифровой форме набор
уравнений одновременно:
M I |
RI |
(t) I dr |
He I |
| He | I He |
IVe |
(2.25) |
|
|
* |
|
|
E |
|
52
|
|
|
|
|
|
|
2 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||
i |
|
|
|
|
|
|
2 |
V |
({r },{R |
(t)}) H |
|
|||
|
t |
|
|
2m |
i |
n e |
i |
I |
|
e |
|
|||
|
|
|
|
i |
|
|
|
|
|
|
|
|||
|
|
|
|
|
e |
|
|
|
|
|
|
|||
(2.26)
Таким образом, строительства любого типа поверхности потенциальной энергии избегают с самого начала, решая нестационарное уравнение Шредингера «на лету». Это позволяет вычислить силу из I
He 
для каждой конфигурации {RI (t)} , произведенной молекулярной динамикой.
Соответствующие уравнения движения в термах адиабатического базиса (2.20) и нестационарных коэффициентов (2.19):
|
|
|
2 |
I |
Ek |
|
|
|
* |
(Ek |
kl |
||
M I R(t) | ck |
(t) | |
ck cl |
El )dI |
||||||||||
|
|
k |
|
|
|
|
|
k ,l |
|
|
|
|
|
i c |
(t) c |
(t)E |
|
i |
|
|
|
|
d |
kl |
|
|
|
k |
|
c (t)R |
I |
|
|
||||||||
k |
k |
|
|
|
l |
|
I |
|
|
|
|||
|
|
|
|
|
|
I ,l |
|
|
|
|
|
|
|
С термом сцепления:
(2.27)
(2.28)
d |
kl |
({R |
(t)}) |
|
* |
|
|
I |
dr |
||||||
|
I |
|
k |
I |
l |
||
если dIkk 0
,
(2.29)
Метод Ehrenfest включает строго не адиабатические перемещения
между различными электронными состояниями |
k |
и |
l |
в пределах |
классического ядерного движения и аппроксимации среднего поля (TDSCF)
для электронной структуры.
Ограничение на одно электронное состояние в (2.19), которое в большинстве случаев основное состояние 0 , приводит к:
M R |
(t) |
| H |
|
| |
|
|
|
||||||
|
I |
|
I |
|
|
I |
0 |
|
e |
|
0 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||
i |
0 |
|
H |
|
|
|
|
|
|
|
|
||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||
|
|
t |
|
e 0 |
|
|
|
|
|
|
|
||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||
как особый случай (2.25) |
и (2.26). |
He |
зависит от времени через |
||||||||||
координаты {RI (t)} .
Ehrenfest молекулярная динамика является самым старым непрерывной «на лету» молекулярной динамики и, как
(2.30)
(2.31)
ядерные
методом правило,
53
используется для проблем столкновения и рассеивания. Однако, она никогда не была в широком использовании для систем со многими активными степенями свободы [7, 16, 17, 18].
2.2 Born-Oppenheimer молекулярная динамика
Альтернативный подход включения электронной структуры в моделирование методом молекулярной динамики состоит в прямом решении проблемы статической электронной структуры на каждом шаге МД-
моделирования поэтапно для данного набора неподвижных ядерных позиций в этот момент времени. Таким образом, электронную структурную часть приводят к решению стационарной квантовой проблемы, решая стационарное уравнение Шредингера, одновременно к распространению ядер через классическую молекулярную динамику.
Таким образом временная зависимость электронной структуры - это последствие ядерных движений, это несвойственно Ehrenfest молекулярной динамике. Born-Oppenheimer метод молекулярной динамики для основного электронного состояния:
M R |
|
(t) |
min |
|
{ |
| H |
|
| |
} |
|
I |
|
I |
I |
|
|
0 |
|
e |
0 |
|
|
|
|
|
|
0 |
|
|
|
|
|
E0 0 |
|
He 0 |
|
|
|
|
|
|
|
|
(2.32)
(2.33)
Отличие относительно динамики Ehrenfest касательно ядерного
уравнения движения в том, что минимум |
He |
должен быть достигнут на |
каждом шаге Born-Oppenheimer молекулярной динамики соответственно
(2.32). В динамике Ehrenfest, с другой стороны, волновая функция, которая
минимизировала |
He |
первоначально, также |
останется в его |
соответствующем минимуме, поскольку ядра перемещаются (2.30).
Естественное и прямое расширение Born-Oppenheimer динамики основного состояния это должна применение той же схемы к любому
54
возбужденному электронному состоянию диагональными коррекционными термами всегда
k |
. Это означает, что |
пренебрегают.
D |
kk |
({R |
(t)}) |
|
* |
2 |
|
|
dr |
||||||
I |
I |
|
k |
I |
k |
||
(2.34)
Эти термы повторно нормализуют Born-Oppenheimer поверхность потенциальной энергии Ek для данного состояния k (которое может быть
также основным |
0 ) и приводит к так называемой «адиабатической |
поверхности потенциальной энергии» в этом состоянии. |
|
Ранние приложения Born-Oppenheimer молекулярной динамики выполнялись в рамках полуэмпирической аппроксимации. Затем метод стал осуществляться в пределах аппроксимации Хартри-Фока. Метод функционала плотности значительно улучшил производительность расчетов
в части электронной структуры [7, 17, 18].
2.3 Car-Parrinello молекулярная динамика
Основная идея метода Car-Parrinello состоит в рассмотрении квантово-
механического адиабатического разделения на временной шкале быстрого электронного и медленного ядерного движения, преобразовывая в классически-механическое адиабатическое разделение на энергетической шкале в рамках теории динамических систем. Для того, чтобы достичь этой цели двухкомпонентная квантово-классическая проблема отображена на двухкомпонентную классическую проблему с двумя отдельными энергетическими шкалами за счет потери явной временной зависимости
динамики |
квантовой |
подсистемы. |
Энергия |
электронной |
подсистемы |
||
0 | He | 0 |
оценивается с некоторой волновой функцией |
0 , |
которая |
||||
является функцией ядерных позиций |
{R I }. Но в то же самое время ее можно |
||||||
рассматривать как |
функционал |
волновой |
функции |
0 |
из |
набора |
|
одночастичных орбиталей { i }, используемых для построения этой волновой функции (например, через определитель Слэйтера 0 det{ i } ). В
55
классической механике сила на ядрах получается из производной от функции Лангранжа относительно ядерных положений.
Car и Parrinello постулировали следующий класс функций Лангранжа:
LCP
|
1 |
M I |
RI |
|
1 |
i |
i |
|
|
|
2 |
|
|
|
|
I |
2 |
|
|
i |
2 |
|
|
|
|
|
|
|
|
| |
i |
|
| H |
e |
|
0 |
|
| |
ог раничения |
0 |
|
,
(2.35)
где первые два слагаемых – кинетическая энергия ядер и электронов, третье слагаемое – потенциальная энергия. Соответствующие уравнения движения Ньютона получаются из соответствующих уравнений Эйлера-Лагранжа:
d |
L |
|
L |
|
|||
dt R |
|
R |
|
|
|||
|
|
I |
|
|
I |
||
|
|
|
|
||||
d |
L |
|
L |
||||
dt |
* |
|
* |
||||
|
|||||||
|
|
|
|
|
|||
|
|
i |
|
|
|
i |
|
Уравнения движения форме:
(2.36)
(2.37)
Car-Parrinello могут быть записаны в следующей
|
|
|
|
2 |
(t) |
|
|
|
|
| H |
|
| |
|
|
|
ог раничения |
|||||
M R |
|
|
|
|
|
|
|||||||||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
I |
|
I |
|
|
R |
|
|
0 |
|
|
|
e |
|
0 |
|
R |
|
|||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|||||||||
|
|
|
|
|
|
|
I |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
I |
||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||
|
(t) |
|
|
|
|
|
| H |
|
| |
|
|
|
|
ог раничения , |
|||||||
|
|
* |
|
e |
|
|
* |
||||||||||||||
i |
|
i |
|
|
|
|
|
0 |
|
|
|
|
0 |
|
|
|
|||||
|
|
|
|
|
|
i |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
i |
|
||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||
(2.38)
(2.39)
где |
i |
(= ) – «фиктивные массы» или параметры инерции, назначенные по |
орбитальным степеням свободы. Ограничения в полной волновой функции приводят к «силам связи» в уравнениях движения. Эти связи (ограничения)
могут быть функциями набора орбиталей |
{ i } |
и ядерных позиций {R I }. |
Данные зависимости должны быть приняты во внимание должным образом при получении уравнений Car-Parrinello.
Согласно уравнениям движения Car-Parrinello, ядра эволюционируют
при определенной (мгновенной) физической температуре
как «фиктивная температура» |
i i | i связана с |
электронными |
|
i |
|
степенями свободы. В этой |
терминологии, «низкие |
электронные |
|
|
56 |
температуры» или «холодные электроны» означает, что электронная
подсистема близко к ее мгновенной минимальной энергии |
min{ |
} |
0 |
| He |
| 0 |
, |
|
i |
|
|
|
|
|
то есть близко к точной поверхности Born-Oppenheimer. Таким образом,
волновая функция основного состояния, оптимизированная для начальной конфигурации ядер, будет оставаться близко к ее основному состоянию также во время эволюции, если сохраняется достаточно низкая температура.
Остается задача, чтобы отделить практически ядерное и электронное движение так, чтобы быстрая электронная подсистема оставалась холодной в течение долгого времени, но все еще следовала адиабатическим образом (или мгновенно) за медленным ядерным движением. Одновременно ядра находятся при намного более высокой температуре. Это может быть достигнуто в нелинейной классической динамике через разъединение этих двух подсистем и квазиадиабатической временной эволюции. Это возможно если энергетические спектры, исходящие от обеих динамик не имеют существенного наложения в частотной области так, чтобы передача энергии от «горячих ядер» к «холодным электронам» становилась фактически невозможной на соответствующих временных рамках. То есть поддержание условия метастабильности в сложной динамической системе на достаточно долгом времени [7, 17, 18].
57
3 Лабораторные работы
3.1 Лабораторная работа №1
Исследование физических свойств отдельных молекул
Задание
1. Рассчитать полную энергию для молекул водорода, кислорода, азота,
воды, хлороводорода, фтороводорода, метана, этана, родамина 6G,
эритрозина.
2.Найти длину связи (межатомное расстояние) для двухатомных молекул: водорода, кислорода, азота, хлороводорода, фтороводорода.
3.Найти плотность электрического заряда и парциальные заряды для молекул из пункта 1
4.Найти энергию атомизации для молекул из пункта 2.
При выполнении данного задания необходимо использовать программные комплексы данных или более высоких версий: HyperChem 7, abinit 6, octopus 4.01, cpmd 3.13.2.
Порядок выполнения пункта 1.
Для расчета полной энергии в HyperChem построить требуемые молекулы в равновесной конфигурации и выбрать базисный набор.
Использовать базисные наборы: STO-3G и выше, 3-21G и выше. Произвести расчеты без учета обменно-корреляционного функционала и с различными вариантами функционалов для обмена и корреляции (например, PW91,
PBE96, B3LYP и т.д). По окончании вычислений сравнить полученные значения для энергии, построить график зависимости энергии от количества базисных функций для данного типа базисного набора.
Для расчета полной энергии в octopus необходимо задать координаты атомов исследуемой молекулы. Расчет полной энергии произвести с использованием нормосохраняющих псевдопотенциалов Troullier-Martins с
различными типами и размерами коробки моделирования (minimal, sphere,
58
parallelepiped) с различным расстоянием между точками в сетке. Сравнить полученные результаты.
Для расчета полной энергии в abinit необходимо задать координаты атомов, произвести расчеты с использованием нормосохраняющих псевдопотенцилов: LDA (Troullier-Martins, Goedecker-Teter-Hutter, Hartwigsen-Goedecker-Hutter), GGA (Fritz-Haber-Institute (FHI), Hartwigsen- Goedeker-Hutter). Для изолированной системы выбирается одна k-точка (nkpt 1).
Для расчета полной энергии в cpmd произвести расчет «Single Point Calculation» с различной симметрией суперячейки и различными функционалами (LDA, GGA).
Пункт 2 данной лабораторной работы можно выполнить несколькими способами:
1.Вычислить полную энергию для различных значений межатомного расстояния, построить график зависимости полной энергии от межатомного расстояния, определить минимум функции.
2.Вычислить силы для различных значений межатомного расстояния,
построить график зависимости силы от межатомного расстояния, определить нулевое значение, построенной функции.
3. Использовать автоматический алгоритм минимизации энергии.
Такие алгоритмы есть во всех рассматриваемых программных комплексах.
Для нахождения электронной плотности можно использовать встроенные средства программ: в abinit – это prtden (PRinT the DENsity –
напечатать плотность), в octopus – DensitiestoCalc. Для расчета парциальных зарядов в cpmd использовать CHARGES. В hyperchem отобразить распределение электронной плотности и парциальных зарядов.
Чтобы найти энергию атомизации, нужно найти разницу между полной энергией изолированной молекулы и суммой энергий отдельных атомов.
59
Контрольные вопросы
1.Назовите теоремы Хоэнберга и Кона.
2.В чем заключается метод Кона и Шама?
3.Опишите приближение локальной плотности (LDA) и приближение локальной спиновой плотности (LSDA).
4.Что такое обобщенное градиентное расширение (GGA)?
5.Как решаются уравнения Кона и Шама?
6.Что такое псевдопотенциал?
3.2 Лабораторная работа №2
Исследование физических свойств кристаллических веществ
Задание
1.Рассчитать полную энергию для кристалла кремния. Определить параметры кристаллической решетки.
2.Рассчитать зонную структуру для кристалла кремния.
3.Найти полную энергию, параметры решетки для кристаллического алюминия.
При выполнении данной работы необходимо использовать программный комплекс abinit.
При расчете полной энергии необходимо задать параметры решетки кристалла кремния (acell и rprim), тип атома (ntypat, znucl) и их расположение
(xred), значения максимальной кинетической энергии (ecut), сетку k-точек
(kptopt, ngkpt, nshiftk, shiftk). Пример приведен ниже.
acell |
3*10.18 |
|
|
rprim |
0.0 |
0.5 |
0.5 |
|
0.5 |
0.0 |
0.5 |
|
0.5 |
0.5 |
0.0 |
ntypat |
1 |
|
|
znucl |
14 |
|
|
60
