Стерические ограничения, возникающие при формировании полипептидной цепи

Конформационная карта Рамачандрана

(Ramachandran plot)

Частично Разрешенная разрешенная

область область

•Показывает энергетическую выгодность пары значений – φ и ψ;

•Многие пары значений φ и ψ запрещены;

•Возможность регулярных структур;

•Стабилизация вторичной структуры полипептида (пептидная связь);

•Стабильность вторичной структуры зависит зависит от ее включения в третичную структуру белка.

Типы вторичной структуры белка

¾ Регулярные структуры:

•Спирали

–α-спираль;

–коллагеновая спираль;

–спираль 3/10;

–π-спираль.

•β-слои

–параллельный β-слой

–антипараллельный β-слой ¾ Нерегулярные структуры:

–изгибы;

–петли.

Альфа спираль

•Правая спираль;

•Число остатков на виток – 3,6;

•Водородные связи между C-О группой n остатка и N-H группой n+4 остатка;

•R-группы направлены наружу;

•Нет внутри полости;

•Растянутая пружинистая структура;

•Обладает дипольным моментом