признаки

Природные пептиды и белки организма человека и животных образованы только L- а - аминокислотами.

Контроль их состава

осуществляется жестко на двух этапах:

Первый этап – быстрое разрушение D- аминокислот в случае попадания их в организм

Второй этап - на уровне трансляции. тРНК клеток человека стереоспецифична и переносит только L-аминокислоты

Уровни организации белковой молекулы

Первичный

Вторичный

Третичный

Четвертичный

Белки – энтропийно – энтальпийно компенсированные системы

Е

Энергетическая щель — фундаментальная вещь в физике белка. Она необходима для того, чтобы белок не изменяясь, терпел бы (до известного предела) изменение внешних условий, т.е. для надежности работы белка.

Е-щель необходима и для быстрого и безошибочного сворачивания его нативной структуры.

Белок состоит из 100 АК

10100 возможных конформаций

время перехода одной конформации в другую занимает ~10-13 секунды

перебор всех 10100 структур должен был бы занять порядка 1080 лет,

время жизни нашей Вселенной

— только 1010 лет!

Кинетические аспекты самоорганизации

Время самоорганизации домена – 10-2 – 10 сек Время образования альфа спирали - 10-6 сек

Полное число конформационных состояний белковой глобулы

~ 10N , N~ 100 остатков

время перескока в соседнее состояние ~ 10- 13 сек

время самосборки при случайном блуждании по ППЭ

~ 10N-13 сек ~ 10100 сек >> время жизни вселенной

Фолдинг протекает в несколько стадий. Сначала быстро образуется вторичная структура за счет водородных связей и затем тоже быстро – третичная структура.

После этого – медленная стадия образования специфической конформации в основном за счет гидрофобных взаимодействий. Здесь возможны ошибки.

Чтобы не прошла неспецифическая агрегация, работают шапероны.