- •Инактивация генов
- •В клетках многоклеточных организмов большая часть генома неактивна
- •Существует несколько путей инактивации генов, которые не являются взаимоисключающими
- •trxG Pвкл
- •Транскрипционные репрессоры, как и активаторы состоят из ДНК-связывающего и эффекторного доменов
- •Большинство репрессоров работает при посредстве привлекаемых ко-репрессоров
- •Ключевую роль в долговременной репрессии структурных генов играют белки группы Polycomb
- •Polycomb (PcG) proteins:
- •Конститутивный и факультативный гетерохроматин
- •How does heterochromatin spread?
- •ограничение подвижности нуклеосом может быть важнее, чем просто компактизация хроматиновой фибриллы
- •факультативный гетерохроматин
- •У Дрозофилы комплексы Polycomb связываются с особыми регуляторными участками – Polycomb Response Elements,
- •У человека EED-EZH2
- •аналог белка Polycomb Дрозофилы (хромомодомен) компактизация хроматина
- •PRC1 человека
- •модулирует активность метилазы
- •свободный от модификаций H3 (31-42) и H3K27-met3 стимулируют EZH2 метилазу
- •Привлечение комплексов Polycomb к ДНК
- •Посадка PRC1 на H3K27met3
- •Распределение РС белков и потенциальных рекруитирующих факторов в протяженном сегменте хромосомы 3 Дрозофилы
- •Как осуществляется репрессия
- •Во многих случаях гены, инактивированные Polycomb, содержат инициированную Pol II в состоянии паузы.
- •Пространственная организация репрессорных комплексов
- •Воспроизведение профилей репрессии после клеточного деления
- •В клетке нет ничего, что являлось бы абсолютно неизменным. Неактивные домены достаточно стабильны,
- •The nucleus is bounded by double membrane, the Nuclear Envelope, that is continuous
- •Rod domain (coiled coil)
- •Ядерная ламина механически связана как с цитоскелетом, так и с хроматином
- •Связанные с ламиной участки генома можно пометить с использованием Dam метилазы, слитой с
- •Домены, ассоциированные с ядерной ламиной (LAD)
- •Внутри LAD находятся неактивные модификации хроматина. На границах – Сайты связывания CTCF. Рядом
- •Существуют также хроматиновые домены, ассоциированные с ядрышком, (NAD), которые в значительной мере перекрываются
- •ГИСТОНОВЫЙ КОД
- •утверждение о том, что в активном хроматине гистоны ацетилированы, а в неактивном метилированы
- •ацетилирование любых гистонов по любым позициям
- •Set 2 – H4K36 methylation – recruitment of histone deacetylases
- •PTM crosstalk in cis
- •Взаимоисключающие модификации in situ (в той же позиции)
- •взаимное влияние модификаций одного и того же гистона (crosstalk in cis)
- •Как правило, активные и неактивные модификации гистонов сегрегированы в разных геномных областях (эухроматин
- •Цветовая кодировка типов хроматина (Filion et. al., Cell Cell 143, 212–224; в основе
- •красный хроматин: Brahma (BRM), Mediator, GAGA factor, CTCF…
- •Kharchenko, Peter V. et al, 2010, Nature 471.7339: 480–485.
- •state 1, red
- •Chromatin colors in human cells
- •number of domains
Инактивация генов
и
неактивный хроматин
В клетках многоклеточных организмов большая часть генома неактивна
Инактивируются:
1.То, что считают «бессмысленной» частью генома (мобильные элементы сателлиты и т.д.)
2.Гены, которые экспрессируются в стволовых клетках и на
ранних стадиях развития (гены, ответственные за плюрипотентность)
3.Тканеспецифичные гены в клетках, где продукты этих генов не используются (например, глобиновые гены в неэритроидных клетках).
Существует несколько путей инактивации генов, которые не являются взаимоисключающими
обратимая инактивация
Изменение спектра продуцируемых клеткой транскрипционных факторов Прямая инактивация промоторов посредством репрессорных белков
необратимая (как правило) инактивация
Создание неактивных хроматиновых доменов Метилирование ДНК
Необратимая инактивация генов как правило связана с процессом клеточной дифференцировки
trxG Pвкл
Pвкл |
trxG Pвкл |
TA |
|
trxG Pвкл
P
PcG Pвыкл
|
Pвыкл |
Pвыкл |
TR |
PcG |
PcG Pвыкл
Транскрипционные репрессоры, как и активаторы состоят из ДНК-связывающего и эффекторного доменов
эффекторный домен обычно привлекает различные корепрессоры или коактиваторы
Большинство репрессоров работает при посредстве привлекаемых ко-репрессоров
KRAB домен привлекает белок Kap1, который, в свою очередь, привлекает гистондезацетилазы и гистонметилазы. Метилирование гистонов
(Н3К9) способствует привлечению HP1 и формированию неактивного хроматина
Ключевую роль в долговременной репрессии структурных генов играют белки группы Polycomb
Polycomb (PcG) proteins:
•Originally discovered in Drosophila as regulators of Homeotic genes, responsible for specification of the body plan, they also regulate many other targets involved in cell differentiation and proliferation
•PcG proteins silence genes
•
•Conserved throughout evolution
•Mutations in PcG genes induce many different cancers
Конститутивный и факультативный гетерохроматин
Constitutive
Heterochromatin
Centromeres
H3K9me3 +HP1
Facultative heterochromatins is present at several silent genes located in the chromosomal arms
|
Сonstitutive heterochromatin |
|
|
(centromeres) |
|
Su(var)39 |
|
|
|
|
|
|
|
Su(var)39 |
|
HP1 |
HP1 |
H3K9Me3
HP1: heterochromatin protein 1:
chromodomain protein, dimerizes, binds to Su(var)39
Su(var)39 (SUV39H1, humans):
SET domain protein, methylates H3K9