Транскрипция «через» нуклеосомы
Работающая РНК-полимераза раскручивает ДНК, создавая домен позитивной суперспирализации перед собой и домен негативной суперспирализации позади себя.
Нуклеосома связывает негативные супервитки в силу чего с чисто энергетичесой точки зрения она будет стремиться переместиться в негативно суперспирализованный домен
Анализ пауз, возникающих при транскрипции через нуклеосому, показал, что все они приходятся на момент прохождения первой половины пути (до центра симметрии нуклеосомы, 20-60 пн от начала нуклеосомы). Далее транскрипция идет свободно. Это свидетельствует в пользу модели, постулирующей, что октамер переносится до того, как РНК полимераза переходит через ось симметрии. На границах нуклеосомы задержек не происходит
Перенос кор-частицы за полимеразу (модель, подтвержденная Студицким в экспериментах с использованием РНК полимеразы фага Т7, и эукариотической РНК полимеразы III)
небольшое перемещение нуклеосомы
промотер свободен
нуклеосома переместилась на промотор
В результате транскрипции полимеразой Sp6 «через нуклеосому» октамер перемещается в область “upstream”. Перемещение октамера на
присутствующую в растворе свободную ДНК не происходит. Таким образом, нуклеосома полностью не диссоциирует с транскрибируемого фрагмента ДНК
Сайт А, доступный для рестриктазы до транскрипции, перестает быть доступным после транскрипции
ли в модельном эксперименте для транскрипции «через нуклеосому» пользовать не РНК-полимеразу фага Т7, а эукариотическую РНК-полимера нуклеосома не удаляется и не перемещается
ли катушечный механизм прохождения РНК-полимеразы через нуклеосом ботает и в этом случае, то размеры петли должны быть пренебрежимо м
катушечная модель прямо увязывает расстояние, на которое смещается нуклеосом с размером петли
