- •Области контроля локуса (LCR, Locus Control Regions)
- •При Испанской талассемии домен - глобиновых генов утрачивает предпочтительную чувствительность к ДНКазе и
- •Какие регуляторные элементы контролируют активацию домена?
- •Регуляторные элементы, локализованные в 5’- концевой области домена- глобиновых генов кур, обеспечивают высокий
- •В большинстве изученных моделей было продемонстрировано, что для активации промотора энхансер должен находиться
- •Looping model
- •Трехмерная архитектура генома (организация генома в петли) поддерживается когезином, который в одних случаях
- •риближение энхансера к промотору не обязательно связано образованием «классической» петли, концы которой жестко
- •многие транскрипционные факторы, а также медиатор содержат неструктурированные домены (intrinsically disordered domain). В
- •тво различных белков, в том числе РНК-полимераза, медиатор, транскрипционные ы, белки, привлеченные к
- •Что показано экспериментально?
- •фокусы BRD4 и медиатора (MED1) колокализуются с локусом Nanog
- •обработка клеток 1,6 гександиолом
- •окализованные в фокусах BRD4 и MED1 быстро обмениваются (что типичн идких конденсатов)
- •ИНСУЛЯТОРЫ
- •Инсуляторы - функциональные элементы генома, способные разделять домены
- •Инсуляторы - функциональные элементы генома, способные разделять домены
- •Не все инсуляторы обладают одновременно способностью направленно подавлять действие энхансера (“enhancer-blocking”) и подавлять
- •Один из наиболее хорошо изученных инсуляторов, обладающих как барьерной, так и блокирующей энхансеры
- •СTCF связывается с рядом известных инсуляторов и необходим для “enhancer-blocking” активности
- •CTCF: a long path to success
- •Делеционный анализ инсулятора
- •У дрозофилы описано несколько классов инсуляторов, работающих при участии разных ДНК-связывающих белков
- •Механизм действия инсуляторов остается неясным. Существующие модели базируются на в равной мере гипотетических
- •В последнее время многие исследователи склонны рассматривать инсуляторы, как архитектурные элементы, поддерживающие трехмерную
- •Ограничение действия энхансера посредством помещения гена в изолированный топологический домен
- •Удержание энхансера рядом с промотором
- •Помещение гена или группы генов в неактивный ядерный компартмент (LAD – Lamina Associated
- •Некоторые делеции в 3’-концевой области домена приводят к талассемиям, связанным с тем, что
- •геномные домены открытого типа (функциональные геномные домены)
- •Не все домены имеют четко определенные границы
- •В домене гена лизоцима кур находится также ген «домашнего хозяйства»
- •Инсуляторы оказываются на границах доменов потому что там они ничему не мешают
- •Примеры доменов с «четкими» границами
- •Пространственная организация эукариотического гено
- •DNA packaging in chromatin
- •Chromosome Conformation Capture, 3C
- •Представление и интерпретация данных 3С-анализа
- •Interactions under study: promoters of beta-globin genes–locus control region (LCR) in mouse erythroid
- •Локальные контакты в хроматине
- •инейная конфигурация не регистрируется. Невозможно сказать, в какой асти клеток (хромосом) изучаемый домен
- •помощью 3С можно установить только относительные частоты
- •Полногеномный анализ пространственных контактов удаленных фрагментов ДНК
- •Heatmaps of the genome spatial structure
- •HiC-анализ клеток человека
- •Топологически-ассоциированные домены (TAD)
- •Разделение хромосомы на TAD является достаточно консервативным (сохраняется в клетках, дифференцированных по разным
- •TAD structure perturbations lead to pathologies
Области контроля локуса (LCR, Locus Control Regions)
Блок энхансеров, контролирующий статус хроматинового домена и уровень танскрипции расположенных в этом домене генов)
При Испанской талассемии домен - глобиновых генов утрачивает предпочтительную чувствительность к ДНКазе и изменяется время его репликации (реплицируется в конце S фазы )
Какие регуляторные элементы контролируют активацию домена?
Регуляторные элементы, локализованные в 5’- концевой области домена- глобиновых генов кур, обеспечивают высокий и не зависящий от позиции интеграции уровень экспрессии трансгенов в эритроидных клетках трансгенных мышей (Grosveld et al. 1987).
|
Уровеньэкспрессии-глобиновогогена |
1 |
20 |
|
||
|
Число копий |
|
|
0 |
|
В большинстве изученных моделей было продемонстрировано, что для активации промотора энхансер должен находиться в непосредственной близости от этого промотора
Looping model
Трехмерная архитектура генома (организация генома в петли) поддерживается когезином, который в одних случаях работает сам по себе, и в других случаях работает вместе с CTCF
риближение энхансера к промотору не обязательно связано образованием «классической» петли, концы которой жестко креплены. Возможно, энхансер и промотор удерживаются в носительной пространственной близости благодаря особенностям ладки хроматиновой фибриллы