- •ЭПИГЕНЕТИКА – НАУКА О НАСЛЕДСТВЕННЫХ ИЗМЕНЕНИЯХ, НЕ СВЯЗАННЫХ С ИЗМЕНЕНИЕМ ПЕРВИЧНОЙ СТРУКТУРЫ ДНК
- •Почему клетки получаются разными, хотя все они
- •Эпигенетические механизмы играют ключевую роль в клеточной дифференцировке.
- •Эпигенетические механизмы контроля работы генома являются частью системы клеточной памяти, играющей
- •Большинство эпигенетических механизмов работает на уровне упаковки ДНК в хроматин
- •В интерфазном ядре ДНК упакована не единообразно. Существуют более компактные районы (гетерохроматин) и
- •Компактизация ДНК в ядре осуществляется при посредстве сложного
- •Вторичная структура всех нуклеосомных гистонов характеризуется присутствием протяженного альфа-спирального домена (histone fold), который
- •Structural Organization of the Core Histones
- •Белковое ядро нуклеосомы построено не из отдельных гистонов, а из их стабильных блоков.
- •Structure of the Nucleosome (1991)
- •В растворе существует равновесие между каноническими нуклеосомами и их частично разобранными вариантами
- •линкерный гистон замыкает витки ДНК на входе и выходе из нуклеосомы
- •Гистоны контактируют с фосфодиэфирным остовом молекулы ДНК. Контакты реализуются через каждые 10 пар
- •Прочность контактов ДНК с гистонами различается. Наиболее прочными являются взаимодействия в области двойной
- •Модификации гистонов в области центра симметрии (например Н3К122 Acet) существенно снижают стабильность нуклеосом
- •Модификации аминокислотных остатков, контактирующих с ДНК, прямо влияют на стабильность нуклеосом и их
- •Нуклеосомные частицы не являются вполне идентичными благодаря модификациям гистонов и наличию вариантных гостонов
- •ГИСТОНОВЫЙ КОД
- •Модификации могут прямо влиять на свойства нуклеосом, либо выполнять сигнальную функцию В конечном
- •лизин
- •ацетилирование гистонов
- •Убиквитинилирование и сумоилирование – присоединение к остаткам лизина коротких полиептидов (С-концевая аминокислота убиквитина
- •Poly-ADP ribosylation
- •N-terminal domains of nucleosomal histones are frequently modified (acethylated, methylated, phosphorylated or ubiquitinilated)
- •Модифицируются не только аминокислотные остатки в границах N(C)-концевых доменов, но и аминокислотные остатки
- •вариантные гистоны
- •Вариантные гистоны кодируются отдельными генами и включаются в нуклеосомы по независящему от репликации
- •A - аланин; S – серин; V – валин; M – метионин; I
- •«Основные» и «вариантные» формы гистонов кодируются разными генами
- •Amino acid sequences of human H2A variants.
- •Нуклеосомы, построенные
- •Промоторы, инсуляторы, энхансеры и другие регуляторные последовательности ДНК обычно располагаются в участках гиперчувствительности
- •H3.3 маркирует промоторы и энхансеры даже в том случае, когда ген не работает
- •CENP-A играет ключевую роль в формировании и функционировании центромер. Аналоги этого варианта гистона
- •Активный хроматин
- •У эукариот существует многоуровневая система контроля транскрипции
- •Эритроидные клетки, обработанные (после пермеабилизации) возрастающими количествами ДНКазы I
- •Сейчас вместо ДНКазы используют гиперактивную транспозазу Tn5 «загруженную» сиквенсовыми праймерами
- •Доменная гипотеза организации эукариотического генома
- •Предпочтительная чувствительность хроматина к нуклеазам контролируется ацетилированием гистонов
- •Области, характеризующиеся повышенным уровнем ацетилирования гистонов Н3 и Н4, в первом приближении совпадают
- •Chromatin assembled in vitro from freeDNA and hyperacetylated hystones possesses the properties of
- •В нуклеосомной частице существует много доступных для ацетилирования лизиновых остатков
- •Доступность для внешних агентов ДНК, организованной в хроматин, обеспечивается различными механизмами
- •Как упакована в ядре 10 nm нуклеосомная фибрилла?
- •A:diameter 30 nm;
- •Fig. 1. (a, b, and k) Soluble chromatin from chicken erythrocyte nuclei vitrified
- •Acetylation of the N-terminal domain of H4 (especially at K16)
- •Ацетилирование гистонов способствует разворачиванию 30 нм хроматиновой фибриллы
- •Routh et al., (2008) PNAS 105. 8872-8877
- •Канонической 30 нм фибриллы просто не существует. В ядре присутствует набор разнообразных компактных
- •Архитектурные белки хроматина способствуют образованию различных компактных структур
- •Подвижность нуклеосом в хроматине обеспечивает доступность даже при очень высоком уровне компактизации хроматина
- •Анализ подвижности флуоресцентных макромолекул (30 Кд, 90 Кд, 150 Кд) в интерфазном и
- •компъютерное моделирование показывает , что пентамер EGFP может двигаться практически свободно в интерфазном
- •анализ подвижности в интерфазном и метафазном хроматине индивидуальных нуклеосом, меченных фотоактивируемым EGFP, слитым
- •Как выделить транскрипционно-активную фракцию хроматина?
- •Ацетилирование гистонов не только препятствует компактной упаковке нуклеосомной нити, но и приводит и
- •Bazett-Jones DP, Mendez E, Czarnota GJ, Ottensmeyer FP, Allfrey VG.
ЭПИГЕНЕТИКА – НАУКА О НАСЛЕДСТВЕННЫХ ИЗМЕНЕНИЯХ, НЕ СВЯЗАННЫХ С ИЗМЕНЕНИЕМ ПЕРВИЧНОЙ СТРУКТУРЫ ДНК
Почему клетки получаются разными, хотя все они
содержат одинаковые молекулы ДНК?
Эпигенетические механизмы играют ключевую роль в клеточной дифференцировке.
Все клетки многоклеточного организма имеют одинаковый геном, но лишь некоторая часть генов, так называемые гены «домашнего хозяйства» работают во всех клетках.
Другие гены включаются только в клетках, дифференцированных по определенным путям и на определенных стадиях развития организма
Для того, чтобы поддерживать профили дифференциальной экспрессии генов, надо тем или иным образом пометить работающие и/или неработающие гены
метки могут вноситься либо собственно в ДНК (например, метилирование) либо
в связанные с ДНК гистоны
Эпигенетические механизмы контроля работы генома являются частью системы клеточной памяти, играющей
ключевую роль в процессе клеточной дифференцировки.
trxG Pвкл
Pвкл |
trxG Pвкл |
TA |
|
trxG Pвкл
P
PcG Pвыкл
|
Pвыкл |
Pвыкл |
TR |
PcG |
PcG Pвыкл
Большинство эпигенетических механизмов работает на уровне упаковки ДНК в хроматин
В течение многих лет в хроматине принято было выделять два компартмента
ГЕТЕРОХРОМАТИН – более плотно упакованный хроматин. Содержит преимущественно неактивные гены
ЭУХРОМАТИН – менее плотно упакованный хроматин, содержит как активные, так и неактивные гены
В интерфазном ядре ДНК упакована не единообразно. Существуют более компактные районы (гетерохроматин) и менее компактные районы (эухроматин).
Компактизация ДНК в ядре осуществляется при посредстве сложного
комплекса белков, среди которых принято выделять гистоны и
негистоновые белки
Гистоны являются чрезвычайно консервативными белками. Выделяют 5 основных типов гистонов Н1, Н2А, Н2В, Н3, Н4
Гистоны Н2А, Н2В, Н3, Н4 входят в состав минимальной нуклеосомы
(так называемой “Core Particle”). По-этому их нередко называют «коровыми» гистонами
Вторичная структура всех нуклеосомных гистонов характеризуется присутствием протяженного альфа-спирального домена (histone fold), который фланкируют (с обоих концов) домены,
содержащие короткие альфа-спирали и петли. 15-30 aминокислотных остатков, расположенные
на N-концах нуклеосомных гистонов, не организованы в какие-либо выраженные вторичные структуры. Эти части молекул нередко называют «хвостами» («tails»).
Structural Organization of the Core Histones
1 L1 |
2 |
L2 3 |
L1
L2