- •Вопросы к экзамену по биофизике, 2017: Дата: 3 июня, суббота!
- •1. Биофизика как наука. Предмет, задачи и объект исследования биофизики. Философские проблемы биофизики.
- •2. История становления биофизики как науки. Методы изучения в биофизике.
- •3. Термодинамические (тд) системы. Параметры состояния.
- •4. Внутренняя энергия, работа и тепло.
- •5. Обратимые и необратимые процессы.
- •6. Понятие термодинамического равновесия. Равновесные и неравновесные системы.
- •7. Первый закон термодинамики. История открытия. Формулировка, физический и биологический смысл.
- •8. Термодинамические функции состояния (термодинамический потенциал). Свободная энергия Гиббса. Примеры использования термодинамических представлений.
- •9. Энтальпия. Закон Гесса. Примеры использования в биологических системах.
- •Виды теплоты, теплопродукция. Удельная теплопродукция. Примеры.
- •11.Второе начало термодинамики. История открытия. Формулировка, физический и биологический смысл.
- •12. Энтропия. Свойства энтропии. Её физический и биологический смысл с позиций термодинамики и молекулярной физики.
- •13. Изменение энтропии в открытых системах. Определение скорости продукции энтропии в открытых системах.
- •Работоспособность биологических систем. Градиенты.
- •Баланс энтропии при росте и развитии организмов.
- •Сравнительная характеристика стационарного состояния и термодинамического равновесия.
- •18. Характеристики устойчивого и неустойчивого стационарного состояния системы. Диссипативная структура.
- •19. Скорость продуцирования энтропии вблизи стационарного состояния системы. Теорема Пригожина.
- •20. Общие свойства систем вблизи от термодинамического равновесия. Общие свойства систем вдали от термодинамического равновесия.
- •Флуктуации в термодинамической системе. Свойства и значения флуктуаций вблизи и вдали от термодинамического равновесия.
- •22. Феномен белка в биофизике. Уникальность строения и свойств белка.
- •23.Фибриллярные белки. Мембранные белки. Глобулярные белки. Характеристика, примеры.
- •24. Элементарные взаимодействия в белках: ковалентные, координационные связи в белках.
- •25. Силы Ван-дер-Ваальса, характеристика, примеры на белковых молекулах.
- •26. Энергия Ван-дер-Ваальсова взаимодействия: взаимодействие сил отталкивания и притяжения в белках, формула Леннард-Джонса.
- •Элементарные взаимодействия в белках: водородные связи, их характеристика.
- •Элементарные взаимодействия в белках: гидрофобные взаимодействия, их характеристика.
- •29. Первичная структура белка. Пептидная связь и её свойства. Пространственная конфигурация полипептидной цепи. Факторы её определяющие.
- •Вторичная структура белка. Типы вторичной структуры, их особенности.
- •31. Третичная структура белка, характеристика. Четвертичная структура белка, характеристика, отличия от агрегатов.
- •32. Общие закономерности, наблюдаемые в структуре белков. Мотивы укладки. Термодинамические характеристики образования структур белковых молекул.
- •33. Физическая теория фазовых переходов. Понятие фазового перехода. Типы фазовых переходов. Образование и разрушение пространственной структуры белка с позиции теории фазовых переходов.
- •34.Денатурация белка. Термодинамическая характеристика денатурации. Этапы денатурации белка. Механизмы денатурации. Способы денатурации. Ренатурация.
- •35. Строение атома, теории Томсона, Резерфорда. Первый и второй постулаты Бора. Атомные спектры.
- •Фотофизические и фотохимические превращения биосистем. Классификация фотобиологических процессов.
- •37. Физические аспекты поглощения света молекулами вещества при протекании фотобиологических процессов. Особенности строения хроматофорных групп, типы электронных переходов.
- •38. Фотофизическая дезактивация электронно-возбужденной молекулы. Типы. Характеристика.
- •39. Люминесценция. Фосфоресценция, флуоресценция. Классификация видов люминесценции в зависимости от вида возбуждения.
- •40. Механизмы люминесценции. Возможные варианты протекания этого процесса. Правило Стокса. Энергетический выход, закон Вавилова.
- •Применение люминесценции в биологии и медицине.
- •Лазеры. Типы лазеров. Определение. Принцип действия лазера. Инверсная нацеленность. Активная среда. Системы возбуждения.
- •43. Особенности лазерного излучения.
- •Первичные механизмы и биологическое действие лазерного излучения.
- •45. Изменения свойств ткани и ее температуры под действием непрерывного мощного лазерного излучения. Фазы.
- •46.Использование лазерного излучения. Лазерная диагностика. Лазерное излучение в биологии, в терапии и хирургии.
- •47.Рентгеновское излучение. Общие понятия, история открытия. Источники рентгеновского излучения.
- •48. Тормозное рентгеновское излучение, характеристика. Спектр тормозного рентгеновского излучения.
- •49. Характеристическое рентгеновское излучение, характеристика. Спектр характеристического рентгеновского излучения. Закон Мозли.
- •50. Взаимодействие рентгеновского излучения с веществом. Закон ослабления. Физические основы использования рентгеновского излучения в биологии и медицине.
- •51. Радиоактивность. История открытия. Основной закон радиоактивного распада. Постоянная распада. Период полураспада. Активность.
- •52. Основные виды радиоактивного распада. Характеристика.
- •53.Количественные характеристики взаимодействия ионизирующего излучения с веществом (линейная тормозная способность вещества, линейная плотность ионизации, средний линейный пробег).
- •54. Биофизические основы действия ионизирующего излучения. Основные стадии. Общие закономерности биологической стадии.
- •55. Естественная и искусственная радиоактивность. Примеры.
- •Биологические эффекты доз облучения, предельные дозы.
20. Общие свойства систем вблизи от термодинамического равновесия. Общие свойства систем вдали от термодинамического равновесия.
ВБЛИЗИ:
Интенсивные переменные в разных точках системы различаются не резко;
ТД силы и скорости процессов невелики, следовательно:
Скорости линейно зависят от движущих сил (поток зависит от градиента). Выполняется соотношение Онзагера;
Скорость продуцирования энтропии пропорциональна произведению скоростей процессов на движущие силы;
Все стационарные состояния являются устойчивыми;
Флуктуации, приводящие к отклонению от аттракторов, затухают.
Вблизи ТД равновесия невозможна временная и пространственная упорядоченность.
ВДАЛИ:
Интенсивные переменные в разных точках системы резко отличаются, поэтому движущие силы и скорости процессов достаточно велики.
Скорости процессов не являются линейными функциями движущих сил, соотношение Онзагера не выполняется.
Скорость продуцирования энтропии не пропорциональна произведению скоростей процессов на движущие силы. По изменениям диссипативной функции нельзя однозначно судить о приближении системы к СС. Теорема Пригожина не выполняется.
Вдали от ТД равновесия возможны неустойчивые СС.
Большую роль в работе системы играют флуктуации.
Эволюция системы может приводить к возникновению упорядоченных структур = самоорганизация. (Через диссипативные структуры).
*Флуктуации – это случайные отклонения переменных от их стационарных значений. Если СС устойчиво, то Ф. не могут вывести систему из этого СС. Если СС неустойчиво, то Ф. приводят к значительным отклонениям системы от СС до перехода этой системы в новое СС. Ф. играют большую роль во временной эволюции системы, особенно вблизи точек бифуркации.
Флуктуации в термодинамической системе. Свойства и значения флуктуаций вблизи и вдали от термодинамического равновесия.
Флуктуации в ТД системе – это случайные отклонения переменных от их стационарных значений. Если стационарное состояние устойчиво, то флуктуации не могут вывести систему из стационарного состояния (отклонения затухают).
Если неустойчивое стационарное состояние, то флуктуации приводят к значительным отклонениям, вплоть до перехода в другое стационарное состояние.
Вблизи от ТД равновесия |
Вдали от ТД равновесия |
|
Флуктуации редки |
Частые флуктуации |
|
Имеют малые размеры, их вкладом пренебрегают |
Могут усиливаться до макроскопического уровня (до размеров всей системы) |
|
Не имеют значения для поведения системы во времени |
Играют роль во временной эволюции системы |
|
Флуктуации, приводящие к отклонению от состояния равновесия, затухают |
|
|
22. Феномен белка в биофизике. Уникальность строения и свойств белка.
Белки являются носителями активного начала всего живого (нк-потенциальное начало живого), они главным образом изучаются молекулярной биофизикой, чья главная задача заключается в раскрытии физических и химических механизмов, ответственных за структуру и биологические функции молекул. Основу структурной организации живого составляют макромолекулы, прежде всего важнейшие биополимеры — белки и нуклеиновые кислоты. Основная проблема м.б заключается в том, чтобы раскрыть природу взаимодействий атомных групп, определяющих конформационные особенности и внутреннюю динамику биологических макромолекул, механизмы взаимодействия электронных и конформационных переходов, и на этой основе понять механизмы функционирования биополимеров в живых системах.
Белки являются биополимерами, состоящими из аминокислотных остатков, соединённых пептидными связями. Аминокислотная последовательность определяет пространственную структуру белка, а структура эта уже определяет его функцию. Они часто имеют нерегулярное строение и сложную пространственную структуру.
Белки – многофункциональные молекулы. Важнейшая функция белков — ферментативный катализ химических превращений в клетке и вокруг нее. Кроме того, белки-регуляторы контролируют экспрессию генов, а рецепторные белки обеспечивают восприятие межклеточных сигналов, часто передаваемых гормонами (тоже белками). Иммунные белки и сходные с ними белки гистосовместимости обеспечивают иммунные реакции. Структурные белки образуют микрофиламенты, микротрубочки, — а также фибриллы, они армируют мембраны и поддерживают структуру клеток и тканей. Транспортные белки переносят (а запасные — запасают) другие молекулы. Белки, переносящие протоны и электроны через мембрану, обеспечивают всю биоэнергетику — поглощение света, дыхание, выработку АТФ. Другие белки, "сжигая" АТФ, обеспечивают механохимическую деятельность, — они работают в мышцах или перемещают элементы клетки.
При всем разнообразии, работа белков всегда базируется на высоко специфическом — взаимодействии белка с обрабатываемой им молекулой. Для специфического взаимодействия необходима достаточно "твердая" пространственная структура. Поэтому биологическая функция белков тесно связана с определенностью их трехмерных структур. Не только разрушение — даже небольшие изменения этих структур часто ведут к утере или резкому изменению активности белков.
