III отделение не останавливалось перед угрозой и настоящей пыткой узников. Об этом рассказал в своих воспоминаниях Худяков.

Следователи передавали Худякову повеление Александра II применить к нему пытки, а если он немедленно не сознается, то объявить его вне закона и расстрелять.

Следствие установило, что Каракозов принадлежал к руководимому его двоюродным братом Ишутиным московскому тайному кружку, состоявшему преимущественно из учащейся молодежи, вольнослушателей университета, студентов Петровской земледельческой академии и воспитанников других учебных заведений; что кружок этот имел конечной целью совершение насильственным путем государственного переворота; что средством к тому должно было служить ему сближение с народом, обучение его грамоте, учреждение мастерских, артелей и других подобных ассоциаций для распространения среди простолюдинов социалистических учений. Установили также, что члены московского кружка имели связи с петербургскими единомышленниками, со ссыльными поляками и с русскими выходцами за границей.

Следствие обнаружило, сверх того, неудовлетворительное состояние большей части учебных заведений, высших и средних, неблагонадежность преподавателей, дух непокорства и своеволия студентов и даже гимназистов, увлекавшихся учением безверия и материализма, с одной стороны, и самого крайнего социализма - с другой, открыто проповедуемых в журналах так называемого передового направления.

Заседания верховного суда, которому был предан Каракозов, происходили все в той же Петропавловской крепости, где судили декабристов и петрашевцев. Стены крепости были надежнее других стен. Хотя процесс Каракозова велся уже по новым судебным уставам, но он проходил «по-старому» во многих отношениях. Остались прежними не только место суда в пределах крепости, но и те влияния, без которых, конечно, не мог обойтись разбор этого дела. Так, Александр II пожелал, чтобы процесс был закончен как можно скорее. Поэтому пошла такая судебная гонка, которая отнюдь не благоприятствовала правильному и всестороннему рассмотрению дела. Неизбежны были и всякие влияния со стороны высокопоставленных лиц. Обер-секретарь верховного суда Есипович в своих записках об этом суде отмечал влияние таких вельмож, которые «всякое отступление или уклонение от своего безапелляционного приговора считали чуть не изменой государю и государству».

Воспоминания Есиповича, который сам стоял на верхних ступеньках служебной лестницы, в чине штатского генерала, а впоследствии и сенатора, приобретают для нас особый интерес. Ему было прекрасно известно все, что творилось и говорилось за кулисами суда. Он знал и ту борьбу, которую вели за пределами суда разные лица, в том числе Муравьев-вешатель. Сторонники поголовной казни всех привлеченных к суду находили, что дело Верховного уголовного суда - в опасных руках, что председатель его попал под влияние революционной партии в лице секретаря суда (то есть Есиповича). Вся же «революционность» этого секретаря сводилась только к попыткам провести заседание суда по этому первому процессу, разбиравшемуся на основе судебных уставов 1864 года, с соблюдением закона.

В состав суда были введены лица, беспощадная жестокость которых была известна заранее. Таковы были Панин и Корниолин-Пинский, полуживой 90-летний старик, которого вносили в зал суда на носилках. Есипович вспоминал, как члены суда задолго до приговора разыскивали статьи закона с наиболее суровыми карами. Обвинителем в процессе был министр юстиции Замятин, который, по словам Есиповича, никогда не отстаивал своих личных твердых убеждений по той, может быть, простой причине, что он их не имел. Председателем суда был князь Гагарин.

Совсем не бесстрастное судейское настроение его вылилось наружу в самом начале процесса, когда он заявил секретарю суда, что будет обращаться к Каракозову на «ты», так как «такому злодею нет возможности говорить «вы». Впрочем, секретарю удалось убедить его обращаться к подсудимому на «вы».

Во время самого суда до сведения председателя было доведено желание царя ускорить окончание процесса. «Если казнь Каракозова не будет совершена до 26 авг., то государю императору неугодно, чтобы она произошла между 26 (днем коронации) и 30 авг. (днем его тезоименитства)». Так подсказывался приговор. Он и был вынесен. Его вынесению предшествовало частное совещание членов суда на квартире председателя, где было решено казнить одного Каракозова. Член суда Панин согласился с этим очень неохотно, сказав, что, «конечно, двух казнить лучше, чем одного, а трех лучше, нежели двух».

Каракозов, совсем надломленный следствием и судом, дал показания и подал просьбу о помиловании. Министр юстиции, он же обвинитель по процессу, доложил ее царю, о чем впоследствии рассказывал: «Какое ангельское выражение было на лице государя, когда он сказал, что он давно простил его, как христианин, но, как государь, простить не считает себя вправе». Так, лицемерно, пышной фразой царь, неограниченный монарх, ограничивал себя в праве избавления от виселицы осужденного!..

2 сентября председатель суда вызвал Каракозова из равелина в здание, где происходил суд. Каракозов вошел с таким светлым лицом, что, по-видимому, ждал помилования, но услышал об утверждении приговора, и весь свет исчез с его лица, оно потемнело и приняло суровое и мрачное выражение. Осужденному пришлось ждать казни целые сутки.

Кроме Каракозова Верховный уголовный суд судил по его же делу еще 35 других обвиняемых, разделенных на две группы. В первую группу были отнесены вместе с Каракозовым 11 человек, а во вторую - 25. Кроме того, с частью арестованных по тому же делу правительство расправилось без суда, в административном порядке.

Значительная часть арестованных была заключена в куртины и бастионы Петропавловской крепости, и трое (Каракозов, Ишутин и Худяков), как сказано выше, содержались в Алексеевском равелине. Впрочем, Худяков был заключен в равелин не сразу, а переведен сюда из Никольской куртины.

В вину обвиняемым ставилась та или иная форма принадлежности к покушению на Александра II и участие в организации, ставившей своей целью государственный переворот и водворение новых социальных начал. Большинство членов кружка не шло далее попыток организации артелей и производственных товариществ, дальше намерений вести пропаганду при помощи библиотек и школ. Обвинительные акты в первую очередь выдвигали обвинение против участников общества под названием «Ад», в котором убийство царя как средство переворота было предметом обсуждения.

Большинство обвиняемых на следствии и в суде после осуждения их на каторгу и поселение подавали просьбы о помиловании. Подавал просьбу о помиловании уже после казни Каракозова и Ишутин, приговоренный к повешению. Он был помилован по совершении над ним всей церемонии публичной казни вплоть до одевания в саван и надевания петли на шею. Это стоило ему потери душевного здоровья.

Возраст осужденных был в пределах 19 - 26 лет. Приговор к суровым наказаниям не мог остановить роста революционного движения в стране.

1 сентября у Летнего сада состоялась церемония закладки часовни в память «чудесного избавления» царя от выстрела Каракозова. Красноречивую запись в своем дневнике сделал в тот день П.А. Валуев: «Довольно много народа. В числе лиц, участвовавших в церемонии, был Комиссаров. Он стоял подле своего изобретателя генерала Тотлебена. Он украшен разными иностранными орденами, что дает ему вид чиновника, совершившего заграничные поездки в свите высоких особ. Стечение обстоятельств. Сегодня закладка часовни, завтра похороны Муравьева, послезавтра казнь Каракозова. Смотрел на толпу или толпы присутствовавших. Видел лица царедворчески и нецаредворчески умиленные, видел лица задумчивые и множество лиц с выражением глазеющего тупоумия. Есть что-то как бы надломанное в нынешнем строе России и во всем, что ежедневно у меня под глазами».