
- •Содержание
- •1 Аналитический обзор 11
- •2 Методическая часть 29
- •3. Экспериментальная часть 37
- •4 Обсуждение результатов эксперимента 44
- •Условные обозначения
- •Введение
- •1 Аналитический обзор
- •1.1 Регулярные мультимолекулярные структуры
- •1.2 Хроматография
- •1.2.1 Металл-аффинная хроматография – сочетание принципов лигандообменной и аффинной хроматографии
- •1.3 Методы характеризации сорбентов
- •1.3.1 Удельная поверхность
- •1.3.2 Емкость сорбента, влажность
- •1.3.3 Электрокинетический потенциал
- •1.4 Maldi масс-спектрометрия
- •1.5 Идентификация белков – метод pmf
- •1.6 Тандемная масс-спектрометрия (мс-мс) и идентификация пептиов по фрагментным масс-спектрам
- •1.7 Идентификация пост-трансляционных модификаций
- •1.8 Аддукты зомана с сывороточным альбумином
- •2 Методическая часть
- •2.1 Используемые материалы:
- •2.2 Методики получения сорбента и исследования
- •2.2.1 Получение рмм (FeIii) сорбента
- •2.2.2 Определение удельной поверхности сорбента
- •2.2.3 Определение сорбционной емкости сорбента
- •2.2.3.1 Проведение металл-аффинного анализа
- •2.2.3.2 Определение влажности рмм Fe(III) сорбента
- •2.2.3.3 Определение влажности коммерческого сорбента
- •2.2.4 Анализ фосфорилированных пептидов казеина молока коровы
- •2.2.4.1 Выделение суммарного белка из обезжиренного сухого молока
- •2.2.4.2 Гидролиз суммарного белка молока коровы в присутствии трипсина
- •2.2.5 Анализ фосфонилированных пептидов сывороточного альбумина человека
- •2.2.5.1 Гидролиз сывороточного альбумина человека в присутствии пепсина
- •2.2.6 Масс-спектрометрический анализ
- •2.2.6.1 Масс-спектрометрический анализ методом maldi-tof и maldi-tof-tof
- •2.2.6.2 Обработка данных масс-спектрометрического анализа
- •3. Экспериментальная часть
- •3.1. Получение рмм Fe(III) сорбента
- •3.2 Определение удельной поверхности
- •3.3 Определение электрокинетического потенциала и размера частиц.
- •3.4 Определение сорбционной емкости сорбента
- •3.4.1Проведение металл-аффинного анализа
- •3.4.2 Определение содержание пептида в проскоке и контрольном образце
- •3.4.3 Определение влажности коммерческого сорбента и рммс Fe(III)
- •3.5 Анализ фосфорилированных пептидов казеина молока коровы
- •3.5.1 Приготовление микроколонки с сорбентом
- •3.5.2 Металл-аффинная хроматография на коммерческом сорбенте
- •3.5.3 Металл-аффинная хроматография на рммс Fe(III)
- •3.6 Анализ фосфонилированных пептидов сывороточного альбумина человека
- •3.6.1 Приготовление металл-аффинной колонки
- •3.6.2 Выбор элюэнта
- •3.6.3 Металл-аффинная хроматография на коммерческом сорбенте
- •3.6.4 Металл-аффинная хроматография на рммс Fe(III)
- •3.7 Масс-спектрометрический анализ
- •3.7.1 Проведение масс-спектрометрического анализа
- •4 Обсуждение результатов эксперимента
- •4.1 Охарактеризация сорбента
- •4.1.1. Получение рмм сорбента, содержащего ионы железа (III) и приготовление хроматографических колонок.
- •4.1.2 Определение удельной поверхности
- •4.1.3 Определение емкости сорбента
- •4.1.4 Микроэлектрофоретические исследования.
- •4.1.4.1 Определение электрокинетического потенциала
- •4.1.4.2 Расчет удельной поверхности рмм сорбента
- •4.2 Исследование возможности специфичного выделения фосфорилированных пептидов из биологического образца методом металл-аффинной хроматографии с использованием рммс(Fe III)
- •4.3 Разработка метода металл-аффинного выделения прямых ковалентных аддуктов зомана с сывороточным альбумином с помощью рмм сорбентов Fe(III) для последующего масс-спектрометрического анализа
- •4.3.1 Поиск и идентификация аддуктов сывороточного альбумина человека с зоманом
- •4.3.2 Выделение фосфонилированных пептидов сывороточного альбумина человека с использованием рммс (Fe III)
- •4.3.2 Масс-спектрометрическая идентификация сайтов связывания зомана с альбумином при взаимодействии с белками in vitro
- •Выводы по работе:
- •Список использованных источников.
- •Приложение а Технико-экономическая оценка научно-исследовательской работы Обоснование договорной цены на разработку
- •Расчет затрат на научно-исследовательскую разработку
- •Расчет затрат на сырье, материалы, реактивы, покупные изделия и полуфабрикаты
- •Расчет затрат на энергоресурсы
- •Расчет затрат на приборы, оборудование для научно-экспериментальных работ и суммы амортизационных отчислений
- •Расчет затрат на оплату труда с обязательными начислениями
- •Прочие затраты Расчет суммы расходов по использованию вычислительной техники.
- •Затраты на выполнение специальных анализов.
- •Расчет суммы накладных расходов
- •Расчет сметы затрат на разработку
- •Приложение б Охрана труда и окружающей среды
- •1 Опасные и вредные производственные факторы
- •2 Пожарная безопасность
- •3 Обеспечение санитарно-гигиенических условий
- •4 Вентиляция
- •5 Аптечка и ее содержание
- •6 Освещение помещения
- •7 Безопасность выполнения работы в лаборатории
- •8 Анализ технологических операций
- •9 Меры первой помощи
- •Охрана окружающей среды
- •Приложение в
- •Приложение г Масс-спектры смеси триптических пептидов казеина, элюированных с колонки с сорбентом, содержащим ионы железа.
4.1 Охарактеризация сорбента
4.1.1. Получение рмм сорбента, содержащего ионы железа (III) и приготовление хроматографических колонок.
При образовании монослоя стеариновой кислоты на субфазе происходит гетерофазная реакция взаимодействия ионов Fe3+ со стеарат-ионами. При этом образуются стеараты железа, которые нерастворимы в воде и плохо растворяются в большинстве органических растворителей.
2C17H35COO- + FeOH2+ → FeOH(C17H35COO)2
Таким образом, при взаимодействии монослоев стеариновой кислоты с ионами Fe3+ из водной субфазы образуются мономолекулярный слой, который при коллапсировании легко переносится в устройство, используемое как хроматографическая колонка, и применяется в качестве сорбента.
В качестве хроматографических колонок для анализа образца объемом от 5 до 50 мкл использовали пластиковый наконечник для автоматической пипетки (рисунок 4.1.1.1)
Рисунок 4.1.1.1 - Микроколонка с РММ Fe(III) сорбентом
При анализе образов объемом от 50 до 500 мкл были использованы спиновые колонки, представленные на рисунке 4.1.1.2.
Рисунок 4.1.1.2 - Спиновая колонка
При необходимости анализа образцов свыше 500 мкл сорбент наносили на фильтр, предназначенный для удаления механических примесей (рисунок 4.1.1.3).
Рисунок 4.1.1.3 - Фильтр
4.1.2 Определение удельной поверхности
В качестве образцов для проведения эксперимента были выбраны вещества, близкие по строению к МС сорбента – стеариновая кислота и пальмитат алюминия, т.к., получить значения удельной поверхности для наших структур не представилось возможным из-за необходимости синтезирования больших количеств образца на анализ (более 1000 монослоев).
Удельную поверхность исследуемых образцов находили по формуле (1):
,
(1)
где S – удельная поверхность исследуемого образца, м2/г;
А – коэффициент интегратора, равный 0,000085 м2/ед;
x – величина сигнала десорбции, ед;
g – навеска исследуемого образца.
Столь малые значения удельной поверхности свидетельствуют об отсутствии пористости. Столь близкие значения удельной поверхности для различных жирных кислот и солей на их основе позволяет оценить удельную поверхность и для сорбента на основе стеариновой кислоты, содержащих ионы железа (III).
4.1.3 Определение емкости сорбента
Результаты, полученные с хроматографа, представлены на хроматограммах (рисунки. 4.1.3.1а,б) и в таблице 4.1.3.1.
Кроме того, чтобы подтвердить соответствие пика хроматограммы анализируемому пептиду, были получены MALDI-масс-спектры как исходного раствора пептида В-60, так и образца, собранного при анализе проскока.
Таблица 4.1.3.1. – отчет хроматографа
Образец |
Объем пробы мкл |
Высота пика (отн.ед) |
Полуширина пика (мкл) |
Площадь (от.ед×мкл) |
Приведенная площадь |
Исходный раствор (В-60) |
3 |
0,88 |
44,18 |
40 |
133,2 |
Проскок пептида В-60 с сорбента |
10 |
1,29 |
44,91 |
60 |
60 |
Рисунок 4.1.3.1а Хроматограмма и МС спектр образца В-60 |
Рисунок 4.1.3.1б Хроматограмма и МС спектр образца проскока пептида В-60 с РММС (Fe III) |
Как показано на рисунке 4.1.3.1 а,б с указанным выше временем удерживания действительно элюируется В-60. Кроме того, стоит отметить, что в обоих масс-спектрах имеется сигнал, соответствующий нефосфорилированной форме пептида, причем в масс-спектре проскока его интенсивность значительно выше. Это позволяет сделать выводы, что соотношение фосфорилированной формы и нефосфолирированной меняется в сторону уменьшения количества фосфорилированного пептида, который задерживается на РММС (Fe III).
Зная концентрацию исходного раствора, вычислили количество пептида в исходном растворе. Величина составила 1,08 мг. На хроматограмме такому количеству пептида соответствует пик с площадью 133,2(отн.ед×мкл). Площадь пика образца проскока пептида В-60 равна 60 (отн.ед×мкл). Составив пропорцию, вычислили количество сорбированного образца пептида, равное 0,52мг., что составило 1,1%(масс.доли) от массы влажного сорбента (54мг). Влажность сорбента составила 65%(масс.доли). В пересчете на сухой сорбент (18,9мг) сорбционная емкость составила 2,75%(масс.доли).
Коммерческий аналог (PHOS -Select Affinity Gel) имеет заявленную емкость 0,1 мкмоль ФОС пептида на 1мл сорбента, в пересчете на массу: 0,1мкмоль на 345мг сорбента. При этом количество сорбированного образца пептида РММС Fe(III) в пересчете на моль равна: 0,35 мкмоль на 54мг сорбента или 2,2 мкмоль на 345мг сорбента (приведение к массе коммерческого аналога). Таким образом, РММС Fe(III) по сорбционной емкости превышает коммерческий аналог более чем в 20 раз.