
- •Содержание
- •1 Аналитический обзор 11
- •2 Методическая часть 29
- •3. Экспериментальная часть 37
- •4 Обсуждение результатов эксперимента 44
- •Условные обозначения
- •Введение
- •1 Аналитический обзор
- •1.1 Регулярные мультимолекулярные структуры
- •1.2 Хроматография
- •1.2.1 Металл-аффинная хроматография – сочетание принципов лигандообменной и аффинной хроматографии
- •1.3 Методы характеризации сорбентов
- •1.3.1 Удельная поверхность
- •1.3.2 Емкость сорбента, влажность
- •1.3.3 Электрокинетический потенциал
- •1.4 Maldi масс-спектрометрия
- •1.5 Идентификация белков – метод pmf
- •1.6 Тандемная масс-спектрометрия (мс-мс) и идентификация пептиов по фрагментным масс-спектрам
- •1.7 Идентификация пост-трансляционных модификаций
- •1.8 Аддукты зомана с сывороточным альбумином
- •2 Методическая часть
- •2.1 Используемые материалы:
- •2.2 Методики получения сорбента и исследования
- •2.2.1 Получение рмм (FeIii) сорбента
- •2.2.2 Определение удельной поверхности сорбента
- •2.2.3 Определение сорбционной емкости сорбента
- •2.2.3.1 Проведение металл-аффинного анализа
- •2.2.3.2 Определение влажности рмм Fe(III) сорбента
- •2.2.3.3 Определение влажности коммерческого сорбента
- •2.2.4 Анализ фосфорилированных пептидов казеина молока коровы
- •2.2.4.1 Выделение суммарного белка из обезжиренного сухого молока
- •2.2.4.2 Гидролиз суммарного белка молока коровы в присутствии трипсина
- •2.2.5 Анализ фосфонилированных пептидов сывороточного альбумина человека
- •2.2.5.1 Гидролиз сывороточного альбумина человека в присутствии пепсина
- •2.2.6 Масс-спектрометрический анализ
- •2.2.6.1 Масс-спектрометрический анализ методом maldi-tof и maldi-tof-tof
- •2.2.6.2 Обработка данных масс-спектрометрического анализа
- •3. Экспериментальная часть
- •3.1. Получение рмм Fe(III) сорбента
- •3.2 Определение удельной поверхности
- •3.3 Определение электрокинетического потенциала и размера частиц.
- •3.4 Определение сорбционной емкости сорбента
- •3.4.1Проведение металл-аффинного анализа
- •3.4.2 Определение содержание пептида в проскоке и контрольном образце
- •3.4.3 Определение влажности коммерческого сорбента и рммс Fe(III)
- •3.5 Анализ фосфорилированных пептидов казеина молока коровы
- •3.5.1 Приготовление микроколонки с сорбентом
- •3.5.2 Металл-аффинная хроматография на коммерческом сорбенте
- •3.5.3 Металл-аффинная хроматография на рммс Fe(III)
- •3.6 Анализ фосфонилированных пептидов сывороточного альбумина человека
- •3.6.1 Приготовление металл-аффинной колонки
- •3.6.2 Выбор элюэнта
- •3.6.3 Металл-аффинная хроматография на коммерческом сорбенте
- •3.6.4 Металл-аффинная хроматография на рммс Fe(III)
- •3.7 Масс-спектрометрический анализ
- •3.7.1 Проведение масс-спектрометрического анализа
- •4 Обсуждение результатов эксперимента
- •4.1 Охарактеризация сорбента
- •4.1.1. Получение рмм сорбента, содержащего ионы железа (III) и приготовление хроматографических колонок.
- •4.1.2 Определение удельной поверхности
- •4.1.3 Определение емкости сорбента
- •4.1.4 Микроэлектрофоретические исследования.
- •4.1.4.1 Определение электрокинетического потенциала
- •4.1.4.2 Расчет удельной поверхности рмм сорбента
- •4.2 Исследование возможности специфичного выделения фосфорилированных пептидов из биологического образца методом металл-аффинной хроматографии с использованием рммс(Fe III)
- •4.3 Разработка метода металл-аффинного выделения прямых ковалентных аддуктов зомана с сывороточным альбумином с помощью рмм сорбентов Fe(III) для последующего масс-спектрометрического анализа
- •4.3.1 Поиск и идентификация аддуктов сывороточного альбумина человека с зоманом
- •4.3.2 Выделение фосфонилированных пептидов сывороточного альбумина человека с использованием рммс (Fe III)
- •4.3.2 Масс-спектрометрическая идентификация сайтов связывания зомана с альбумином при взаимодействии с белками in vitro
- •Выводы по работе:
- •Список использованных источников.
- •Приложение а Технико-экономическая оценка научно-исследовательской работы Обоснование договорной цены на разработку
- •Расчет затрат на научно-исследовательскую разработку
- •Расчет затрат на сырье, материалы, реактивы, покупные изделия и полуфабрикаты
- •Расчет затрат на энергоресурсы
- •Расчет затрат на приборы, оборудование для научно-экспериментальных работ и суммы амортизационных отчислений
- •Расчет затрат на оплату труда с обязательными начислениями
- •Прочие затраты Расчет суммы расходов по использованию вычислительной техники.
- •Затраты на выполнение специальных анализов.
- •Расчет суммы накладных расходов
- •Расчет сметы затрат на разработку
- •Приложение б Охрана труда и окружающей среды
- •1 Опасные и вредные производственные факторы
- •2 Пожарная безопасность
- •3 Обеспечение санитарно-гигиенических условий
- •4 Вентиляция
- •5 Аптечка и ее содержание
- •6 Освещение помещения
- •7 Безопасность выполнения работы в лаборатории
- •8 Анализ технологических операций
- •9 Меры первой помощи
- •Охрана окружающей среды
- •Приложение в
- •Приложение г Масс-спектры смеси триптических пептидов казеина, элюированных с колонки с сорбентом, содержащим ионы железа.
3.7 Масс-спектрометрический анализ
Масс-спектрометрический анализ проводили на следующих масс-спектрометрах: Axima Mass Spectrometer (TOF-TOF, Shimadzu, Япония) и Varian 902-MS MALDI (Fourier Transform (Ion Cyclotron Resonance) Mass Spectrometer (FT(ICR)MS), Varian, США). Подготовку мишени и образцов, а так же обработку данных осуществляли по методике, описанной в п.2.2.6.
3.7.1 Проведение масс-спектрометрического анализа
Ион-циклотронный масс-спектрометр Varian 902-MS MALDI со сверхпроводящим магнитом 9.4 Тесла. Десорбцию и ионизацию пробы осуществляли с помощью третей гармоники (355 нм) Nd:YAG лазера. Ионы детектировали в диапазоне m/z от 350 до 4500. Масс-спектры регистрировали при помощи программы Omega (Varian, США). В качестве внутреннего стандарта использовали пики автолиза трипсина (m/z 842.508, 1045.563, 2211.093), которые при обработке удалялись из масс-листов.
Исследования с помощью времяпролетного масс-спектрометра Axima Perfomance с источником MALDI, оснащенном УФ-лазером (337 нм) проводили при следующих настройках: режим детектирования положительных ионов с использованием рефлектрона при следующих настройках ионного источника: напряжение - 20 кВ, напряжение на линзах (lens) 6.5 кВ, напряжения на рефлектроне (Ref) - 24.38 кВ. Ионы детектировали в диапазоне m/z от 800 до 5000 (в эксперименте in vivo 1900-3000). Анализ проводили в режимах рефлектрона и линейном. Масс-спектры регистрировали при помощи программы MALDI-MS Shimadzu Biotech (Shimadzu, Япония). Калибровку проводили по масс-спектру смеси пептидов: ангиотензин 2 (МН+ 1046,542 Да), ангиотензин 1 (МН+ 2296,685 Да), N-ацетил ренин (МН+ 1800,943 Да), аденокортикотропный гормон (1-17) (МН+ 2093,086 Да).
-
4 Обсуждение результатов эксперимента
В связи со спецификой металл-аффинного анализа биологических образцов сорбенты должны соответствовать следующим требованиям.
-
Ионы металла должны быть доступны для исследуемых молекул;
-
Ионы металла должны находится в активной форме;
-
Ионы металла не должны переходить в раствор вместе с исследуемым веществом.
Эти требования трудно удовлетворимы из-за того, что на поверхности твердого тела металл находится чаще всего в форме оксидов. В нашем случае, железо в форме оксида альфа-Fe2O3. Однако, пленки Лэнгмюра-Блоджетт, или системы, полученные путем диспергирования монослоев стеариновой кислоты, снятых с поверхности водной субфазы, содержащей ионы Fe (III) имеют поверхность, которая состоит преимущественно из ионов железа, надежно связанных с поверхностью твердого тела. Ранее, было проведено масс-спектрометрическое исследование состава таких пленок и было показано, что основным структурным звеном монослоя является St2Fe+ [29], что позволило сделать предположение, что описанные структуры могут являться металл-аффинными сорбентами, а содержание в них железа (III) обуславливает их специфичность к фосфорсодержащим пептидам.
Пептиды можно отнести к макромолекулам. Молекулярные массы пептидов, успешно анализируемых методом MALDI-масс-спектрометрии, варьируются в диапазоне 1000-3000 Да. Соответственно, можно ожидать, что основную роль будет играть не удельная поверхность сорбента, т.к. анализируются микроколичества вещества, а непосредственно структура поверхности (количество и форма существования ионов металла). Необходимо отметить, что пористость также не должна оказывать влияние на эффективность сорбции, т.к. адсорбция больших органических молекул происходит не в порах, а на геометрической поверхности сорбента. Кроме того, если макромолекулы и проникали бы в поры, было бы затруднительно их оттуда извлечь. Таким образом, регулярные мультимолекулярные структуры (пленки Лэнгмюра-Блоджетт), содержащие железо (III) (РММС Fe(III)) соответствуют требованиям, предъявляемым металл-аффинным сорбентам.