Polnyj_kurs_lekcij
.pdfbiokhimija.ru Тимин О.А. Лекции по биологической химии 161
РЕПЛИКАЦИЯ ДНК
Синтез ДНК происходит не беспорядочно, а в |
|
строго определенный период жизни клетки. Всего |
|
выделяют 4 фазы клеточного цикла: митоз (М), син- |
|
тетическую (S), пресинтетическую (G1, от англ. gap – |
|
интервал), постсинтетическую (G2). |
|
Важное участие в регуляции смены фаз клеточ- |
|
ного цикла занимают циклины – белки массой |
|
35-90 кДа, уровень которых меняется в ходе клеточ- |
|
ного цикла. По функции циклины – это активаторные |
|
субъединицы ферментов циклин-зависимых киназ |
|
(ЦЗК). Активные комплексы циклин-ЦЗК фосфори- |
• |
лируют внутриклеточные белки, изменяя их актив- |
|
ность. Этим обеспечивается продвижение по клеточному циклу.
Синтез (репликация, удвоение) ДНК происходит в S-фазу клеточного цикла, когда клетка готовится к делению. Механизм репликации, как установили Мэтью Мезельсон и Франклин Сталь в 1957 г, полуконсервативный, т.е. на каждой нити материнской ДНК синтезируется дочерняя копия.
Как любой матричный биосинтез, репликация требует наличия нескольких компонен-
тов:
o матрица – в ее роли выступает материнская нить ДНК, o растущая цепь – дочерняя нить ДНК,
o субстраты для синтеза – dАТФ, dГТФ, dЦТФ, ТТФ, o источник энергии – dАТФ, dГТФ, dЦТФ, ТТФ,
o ферменты.
Синтез ДНК начинается в определенных участках, получивших название точка ori (англ. origin – начало). На каждой ДНК млекопитающих точек ori насчитывается около 100. Репликация распространяется от этих участков в обе стороны по нитям ДНК с образованием
репликативных "пузырей". В каждом таком "пузыре" имеются две репликативные "вил-
ки", в которых происходит расплетание, раскручивание и непосредственный синтез ДНК. При этом репликативные вилки удаляются друг от друга. В целом вся репликация ДНК у эукариот заканчивается за 9 часов.
Матричные биосинтезы |
162 |
|
|
Синтез новой цепи ДНК идет в направлении от 5'-конца к 3'-концу, т.е. 5'-конец новой ДНК остается свободным, следующие нуклеотиды присоединяются к 3'-гидроксильной группе предыдущего нуклеотида со скоростью порядка 100 нуклеотидов в секунду.
В репликативной вилке в направлении 5'→ 3' непрерывно (т.е. обычным заурядным присоединением последующих нуклеотидов к предыдущим через С3 и С5) синтезируется только одна нить, а именно та, для которой направление синтеза совпадает с направлением движения репликативной вилки и соответствует направлению материнской нити 3' → 5'. По мере расплетания ДНК и движения репликативной вилки на этой материнской нити открываются участки, где возможно безостановочное удлинение ведущей дочерней нити.
Направление 5'→ 3' для другой дочерней нити ДНК противоположно движению репликативной вилки. Поэтому синтез этой отстающей нити (в направлении 5'→ 3') возможен только после расплетания части ДНК и освобождения участка для синтеза.
•
•
biokhimija.ru |
Тимин О.А. Лекции по биологической химии |
163 |
|
|
|
Таким образом, синтез дочерней ДНК идет фрагментарно. По имени японского исследователя синтезируемые на отстающей цепи отрезки ДНК назвали фрагменты Оказаки.
В хронологическом порядке события репликации развертываются примерно следующим образом:
1.ДНК-топоизомеразы, находясь перед репликативной вилкой, разрезают молекулу ДНК для облегчения ее расплетания и раскручивания.
2.ДНК-хеликазы, следуя за топоизомеразами, раскручивают и расплетают молекулу ДНК.
3.ДНК-связывающие белки (ДСБ) связывают расплетенные нити ДНК и стабилизируют их, не допуская обратного "слипания" друг с другом.
4.ДНК-полимераза δ (греч.: δ – дельта), согласовано со скоростью движения репликативной вилки, осуществляет элонгацию ведущей цепи дочерней ДНК в направлении 5'→ 3' на матрице одной из нитей материнской ДНК (скорость 100 пар нуклеотидов в секунду).
5.ДНК-полимераза α присоединяется к другой нити ДНК сразу после расплетания и в направлении 5'→ 3' синтезирует праймер (РНК-затравку) – последовательность РНК на матрице ДНК длиной от 10 до 200 нуклеотидов. После этого фермент удаляется с нити ДНК.
6.ДНК-полимераза ε проводит синтез фрагмента (длина 150-200 нуклеотидов) отстающей цепи дочерней ДНК в продолжение праймера. Она работает до тех пор, пока не встретит праймер предыдущего фрагмента Оказаки (синтезированного ранее). После этого данный фермент удаляется с цепи.
7.ДНК-полимераза β встает вместо ДНК-полимеразы ε, движется в том же направлении (5'→ 3') и удаляет рибонуклеотиды праймера, одновременно встраивая дезоксирибонуклеотиды на их место. Фермент работает до полного удаления праймера, после чего сходит с цепи.
8.ДНК-лигаза производит сшивку отрезка, синтезированного ДНК-полимеразой ε, и участка отстающей цепи дочерней ДНК, встроенного ДНК-полимеразой β, (фрагментов Ока-
заки).
•
Матричные биосинтезы |
164 |
|
|
|
|
ПОВРЕЖДЕНИЯ И РЕПАРАЦИЯ ДНК
Так как на геном любой неделящейся клетки постоянно оказывает влияние окружающая среда, то вполне вероятны повреждения в составе нуклеотида, также возможно встраивание неправильного нуклеотида при репликации. Такие нарушения быстро определяются специальными ферментами, пораженный участок удаляется экзонуклеазами, заполняется
ДНК-полимеразой β и сшивается ДНК-лигазой.
В случае изменения структуры основания (например, его дезаминирование) это основание удаляется ДНК-N-гликозидазой, затем другими ферментами удаляется дезоксирибоза и на ее место ДНК-полимеразой β и ДНК-лигазой встраивается нужный нуклеотид.
Отрыв пуриновых и пиримидиновых оснований от дезоксирибозы устраняется ДНК-инсертазами, которые присоединяют к оставшейся дезоксирибозе соответствующие основания.
ГИБРИДИЗАЦИЯ ДНКДНК И ДНКРНК
Если нагреть раствор ДНК выше температуры 90°С или сдвинуть рН в резко щелочную или резко кислую стороны, то водородные связи между нитями ДНК разрушаются и двойная спираль расплетается. Происходит денатурация ДНК или, по-другому, плавление. Если удалить агрессивный фактор, то происходит ренатурация или отжиг. При отжиге нити ДНК "отыскивают" комплементарные участки друг у друга и, в конце концов, вновь сворачиваются в двойную спираль.
Если в одной "пробирке" провести плавление и отжиг смеси ДНК человека и мыши, то некоторые участки цепей ДНК мыши будут воссоединяться с комплементарными участками цепей ДНК человека с образованием гибридов. Число таких участков зависит от степени родства видов. Чем ближе виды между собой, тем больше участков комплементарности нитей ДНК. Это явление называется гибридизация ДНК-ДНК.
Если в растворе присутствует РНК, то можно осуществить гибридизацию ДНК-РНК. Такая гибридизация помогает установить близость определенных последовательностей ДНК с какой-либо РНК.
Гибридизация ДНК-ДНК и ДНК-РНК используется как эффективное средство в молекулярной генетике.
ТРАНСКРИПЦИЯ
Прежде чем начнут синтезироваться белки, информацию об их строении необходимо "достать" из ДНК и доставить ее к месту синтеза белков. Этим занимаются информационные или матричные РНК. Одновременно клетке нужны транспортеры аминокислот – транспортные РНК и структурные компоненты органелл, синтезирующих белок, – рибосомальные РНК. Вся информация о строении транспортных и рибосомальных РНК также находится в ДНК.
Поэтому существует процесс переписывания или транскрипции данных с ДНК на РНК (англ. transcription – переписывание) – биосинтез РНК на матрице ДНК.
Как в любом матричном биосинтезе в транскрипции выделяют 5 необходимых элемен-
тов:
o матрица – одна из цепей ДНК, o растущая цепь – РНК,
o субстрат для синтеза – рибонуклеотиды (УТФ, ГТФ, ЦТФ, АТФ),
biokhimija.ru |
Тимин О.А. Лекции по биологической химии |
165 |
|
|
|
o источник энергии – УТФ, ГТФ, ЦТФ, АТФ.
o ферменты РНК-полимеразы и белковые факторы транскрипции.
Биосинтез РНК происходит в участке ДНК, который называется транскриптон, с одного края он ограничен промотором (начало), с другого – терминатором (конец).
РНК-полимеразы эукариот имеют по две больших субъединицы и несколько малых субъединиц.
СТАДИИ ТРАНСКРИПЦИИ
Выделяют три стадии транскрипции: инициация, элонгация и терминация.
ИНИЦИАЦИЯ
Промотор содержит стартовый сигнал транскрипции – ТАТА-бокс – определенную последовательность нуклеотидов ДНК, связывающую первый фактор инициации ТАТА-фактор. Этот ТАТА-фактор обеспечивает присоединение РНК-полимеразы к той нити ДНК, которая будет использоваться в качестве шаблона для транскрипции (матричная нить ДНК). Так как промотор ассиметричен ("ТАТА"), то он связывает РНК-полимеразу только в одной ориентации, что определяет направление транскрипции от 5'-конца к 3'-концу (5'→ 3'). Для связывания РНК-полимеразы с промотором необходим еще один фактор инициации – σ-фактор (греч. σ – "сигма"), но сразу после синтеза затравочного фрагмента РНК (длиной 8-10 рибонуклеотидов) σ-фактор отрывается от фермента.
Другие факторы инициации раскручивают спираль ДНК перед РНК-полимеразой.
ЭЛОНГАЦИЯ
Белковые факторы элонгации обеспечивают продвижение РНК-полимеразы вдоль ДНК и расплетают молекулу ДНК на протяжении примерно 17 нуклеотидных пар. РНК-полимераза продвигается со скоростью 40-50 нуклеотидов в секунду в направлении 5'→ 3'. Фермент использует АТФ, ГТФ, ЦТФ, УТФ одновременно в качестве субстрата и в качестве источника энергии.
•
Матричные биосинтезы |
166 |
|
|
ТЕРМИНАЦИЯ
РНК-полимераза остановится, когда достигнет терминирующих кодонов. С помощью белкового фактора терминации, так называемого ρ-фактора (греч. ρ – "ро"), от матрицы ДНК отделяются фермент и синтезированная молекула РНК, которая является первичным транскриптом, предшественником мРНК или тРНК или рРНК.
ПРОЦЕССИНГ РНК
Сразу после синтеза первичные транскрипты РНК по разным причинам еще не имеют активности, являются "незрелыми" и в дальнейшем претерпевают ряд изменений, которые называются процессинг. У эукариот процессингу подвергаются все виды пре-РНК, у прокариот – только предшественники рРНК и тРНК.
ПРОЦЕССИНГ ПРЕДШЕСТВЕННИКА РРНК
Предшественники рРНК являются более крупными молекулами по сравнению со зрелыми рРНК. Их созревание сводится к разрезанию прерибосомной РНК на более мелкие формы, которые уже непосредственно участвуют в формировании рибосомы. У эукариот существуют 5S-, 5,8S-, 18S-, и 28S-рРНК. При этом 5S-рРНК синтезируется отдельно, а большая прерибосомная 45S-РНК расщепляется специфичными нуклеазами с образованием
5,8S-рРНК, 18S-рРНК, и 28S-рРНК.
Упрокариот молекулы рибосомальной РНК совсем иные по своим свойствам (5S-, 16S-
,23S-рРНК), что является основой изобретения и использования ряда антибиотиков в медицине
ПРОЦЕССИНГ ПРЕДШЕСТВЕННИКА МРНК
При транскрипции участков ДНК, несущих информацию о белках, образуются гетерогенные ядерные РНК, по размеру намного превосходящие мРНК. Дело в том, что из-за мозаичной структуры генов эти гетерогенные РНК включают в себя информативные (экзоны)
инеинформативные (интроны) участки.
1.Сплайсинг (англ. splice – склеивать встык) – особый процесс, в котором при участии малых ядерных РНК происходит удаление интронов и сохранение экзонов.
•
biokhimija.ru |
Тимин О.А. Лекции по биологической химии |
167 |
|
|
|
2. Кэпирование (англ. cap – шапка) – происходит еще во время транскрипции. Процесс состоит в присоединении к 5'-трифосфату концевого нуклеотида пре-мРНК 5'-углерода N7-метил-гуанозина.
•
"Кэп" необходим для защиты молекулы РНК от экзонуклеаз, работающих с 5'-конца, а также для связывания мРНК с рибосомой и для начала трансляции.
3. Полиаденилирование – при помощи полиаденилат-полимеразы с использованием молекул АТФ происходит присоединение к 3'-концу РНК от 100 до 200 адениловых нуклеотидов, формирующих поли (А)-хвост. Поли (А)-хвост необходим для защиты молекулы РНК от экзонуклеаз, работающих с 3'-конца.
ПРОЦЕССИНГ ПРЕДШЕСТВЕННИКА ТРНК
1.Формирование на 3'-конце последовательности Ц-Ц-А. Для этого у одних пре-тРНК с 3'-конца удаляются лишние нуклеотиды до "обнажения" триплета Ц-Ц-А, у других идет присоединение этой последовательности.
2.Формирование антикодоновой петли происходит путем сплайсинга и удаления интрона в средней части пре-тРНК.
3.Модификация нуклеотидов в молекуле путем дезаминирования, метилирования, восстановления. Например, образование псевдоуридина и дигидроуридина.
•
Матричные биосинтезы |
168 |
|
|
РЕГУЛЯЦИЯ ТРАНСКРИПЦИИ
Так как транскрипция связывает ядро – "мозг" клетки, ее "банк знаний" и белки, "рабочих лошадок" клетки, то от качества и активности транскрипции зависит объем синтеза тех или иных белков, жизнедеятельность клетки, ее способность адаптироваться к окружающей обстановке.
У прокариот и эукариот регуляция транскрипции происходит, естественно, по-разному, хотя некоторые моменты похожи
ПРОКАРИОТЫ
Регуляция биосинтеза белка у прокариот осуществляется на уровне транскрипции мРНК. В настоящее время принята теория оперона, сформулированная Франсуа Жакобом и Жаком Моно. В основе теории лежат следующие понятия:
oконституитивные ферменты – те, которые присутствуют в клетках всегда, независимо от ее активности,
oиндуцибельные ферменты – те, которые синтезируются при появлении субстрата (структурные гены),
oоперон – группа тесно связанных между собой генов (несколько структурных генов и один ген-оператор), которые регулируют образование ферментов в организме,
oген-регулятор – ген, регулирующий работу оперона, но не входящий в его состав. Он синтезирует белок-регулятор (чаще называемый белок-репрессор), который может быть в активной или неактивной форме.
•
Лактозный оперон
Лактозный оперон в целом отвечает за катаболизм лактозы.
При изучении E.coli было замечено, что в клетке может быть две взаимоисключающие ситуации:
oактивность одного из ферментов катаболизма лактозы низка, если в среде имеется глюкоза.
o но активность этого фермента резко повышается в обратной ситуации, т.е. при от-
сутствии глюкозы и при наличии лактозы.
На основании этих наблюдений была предложена схема регуляции оперона по меха-
низму индукции:
1.В отсутствие лактозы активный белок-репрессор связывается с оператором и блокирует синтез мРНК, кодирующей ферменты катаболизма лактозы. В результате эти ферменты
не образуются.
2.Если глюкозы нет, а лактоза есть, то последняя связывается с белком-репрессором и ингибирует его, не давая связаться с геном-оператором. Это позволяет РНК-полимеразе считывать информацию, отвечающую за синтез ферментов катаболизма лактозы, и синтезировать мРНК.
Таким образом, лактоза является индуктором транскрипции.
biokhimija.ru |
Тимин О.А. Лекции по биологической химии |
169 |
|
|
|
•
Триптофановый оперон
Триптофановый оперон в целом отвечает за синтез триптофана.
Функционирование триптофанового оперона в некотором смысле противоположно лактозному. Регуляция осуществляется по механизму репрессии.
1.В отличие от лактозного оперона, белок-репрессор синтезируется в неактивном состоянии и не может заблокировать транскрипцию генов, кодирующих ферменты синтеза триптофана. Синтез этой аминокислоты будет в клетке продолжаться до тех пор, пока в питательной среде не появится триптофан.
2.Триптофан соединяется с белком-репрессором и активирует его. Далее такой активный комплекс присоединяется к гену-оператору и блокирует транскрипцию. Таким образом, при наличии триптофана в среде прекращается его внутриклеточный синтез, экономятся ресурсы и энергия бактериальной клетки.
Вэтом случае триптофан является репрессором транскрипции.
•
ЭУКАРИОТЫ
Внутриклеточная регуляция
Существенное усложнение эукариотических организмов повлекло за собой появление новых способов регуляции активности транскрипции.
Амплификация – это увеличение количества генов, точнее многократное копирование одного гена. Естественно, все полученные копии равнозначны и одинаково активно обеспечивают транскрипцию.
Матричные биосинтезы |
170 |
|
|
Энхансеры (англ. to enhance усиливать) – это участки ДНК в 10-20 пар оснований, способные значительно усиливать экспрессию генов той же ДНК. В отличие от промоторов они значительно удалены от транскрипционного участка и могут располагаться от него в любом направлении (к 5'-концу или к 3'-концу). Сами энхансеры не кодируют какие-либо белки, но способны связываться с регуляторными белками (подавляющими транскрипцию).
Сайленсеры (англ. silence – молчание) – участки ДНК, в принципе схожие с энхансерами, но они способны замедлять транскрипцию генов, связываясь с регуляторными белками (которые ее активируют).
Перестройка генов. К подобным процессам относится кроссинговер – обмен участками гомологичных хромосом, и более сложный процесс – сайт-специфичная рекомбинация, которая изменяет положение и порядок нуклеотидных последовательностей в геноме.
Нуклеотидные последовательности, кодирующие одну белковую молекулу, могут быть разделены на отдельные сегменты, не связанные между собой. При дифференцировке В-лимфоцитов значительно удаленные сегменты генетического материала переносятся и группируются рядом. Затем на их основе синтезируется единая мРНК.
Процессинг мРНК – некоторые пре-мРНК подвергаются разным вариантам сплайсинга (альтернативный сплайсинг) в результате чего образуются разные мРНК, и соответственно, белки с разной функцией.
Примером может служить образование двух типов тяжелых цепей IgM в В-лимфоцитах, один из которых удерживает IgM на мембране, другой позволяет антителу нормально секретироваться наружу.
Изменение стабильности мРНК – чем выше продолжительность жизни мРНК в цитозоле клетки, тем больше синтезируется соответствующего белка.
Установлено, что при наличии пролактина в клетках молочной железы время полужизни мРНК белка казеина значительно увеличивается, а эстрадиол продлевает время полужизни мРНК белка вителлогенина в десятки раз.
Лекарственная регуляция
Ингибирование
1.Гетероциклические соединения доксорубицин, дауномицин и актиномицин D об-
ладают способностью интеркалировать (встраиваться между нитей молекулы ДНК) между двумя соседними парами оснований Г-Ц. В результате возникает препятствие для движения РНК-полимеразы ("заедание молнии") и остановка транскрипции.
2.Рифампицин связывается с β-субъединицей РНК-полимеразы прокариот и ингибирует ее. Благодаря такой избирательности действия рифампицин действует только на бактерии и является препаратом для лечения туберкулеза.
3.α-Аманитин, октапептид бледной поганки (Amanita phalloides) блокирует РНК-полимеразу II эукариот и предотвращает продукцию мРНК.
Активация
Активация транскрипции используется в клинике намного реже и заключается в применении аналогов стероидных гормонов для достижения анаболического эффекта в органемишени (см "Гормоны"/"Механизм действия стероидных гормонов").
ГЕНЕТИЧЕСКИЙ КОД
Генетический (биологический) код – это способ перевода четырехзначного (А, Г, У, Ц) языка нуклеотидов в двадцатизначный язык аминокислотной последовательности.