Новітній час
З розпадом СРСР тиск атеїстичної влади послабився, Лавра змогла розширити свою діяльність — відкрився лаврський Свято-Духівський скит, в місті Крем'янець Лаврі була повернена будівля музею, з 1991 року відновилися лаврські освітні заклади — пастирські курси, духовне училище - з 1994 року як духовна семінарія. При розколі в Українській православній церкві 1992 року лаврська монашеська братія воліла залишитися у складі Російської православної церкви, йдучи на конфлікт з о.Яковом (Панчуком) - тодішнім намісником, що дотримувався протилежної думки.
З 1990 року намісники Лаври зазвичай знаходяться в єпископському сані, з титулом Почаївський, вікаріїв Тернопільської, з 2000 року — Київської єпархії. З 1996 року Лавра є ставропігіальним монастирем Української православної церкви (Московського патріархату).
Почаївська лавра — одне з величних в Україні місць прощі на 5 серпня — Почаївської Божої матері, Успіння Пресвятої Богородиці (28 серпня) і преподобного Йова (10 вересня).
До святинь належать: слід стопи Матері Божої з джерелом цілющої води, її чудотворна ікона, мощі преподобних Іова та Амфілохія, який лікував повстанців УПА Амфілохій Почаївський - святий УПЦ МП, який допомагав підпіллю УПА.
Святині монастиря
В Успенському Соборі за невеликою латунною огорожею біля першої колони знаходиться слід правої Стопи Пресвятої Богородиці. Над Стопою, подібно древньому вівтарю, ковчег з шовковим платом. На платі — зображення Стопи Богородиці, за ним на стіні відлите з бронзи, прикрашене золотом, сріблом барельєфне зображення явлення Богоматері. Під ковчегом — на камені знаходиться слід Стопи, з якого б'є джерело.
В Успенському Храмі, над Царськими вратами, в зіркоподібному, сяючому різнокольоровими каменями кіоті — чудотворна Почаївська Ікона Богородиці — друга Лаврська святиня, подарував 1559 року грецький митрополит Неофіт місцевій поміщиці Ганні Гойській.
Ікона писана візантійським стилем на невеликій липовій дошці. Богородиця прихилила свій лик до Сина, якого тримає на правій руці, в лівій — плат, їм Вона прикриває ноги Богонемовляти. Десниця Ісуса піднята для благословення всіх, для кого Він — «шлях, істина і життя». На голові у Богоматері і Спасителя прикрашені корони. З обох сторін і внизу на іконі є невеликі зображення святих: праворуч — пророка Іллі, мученика Мини, ліворуч — первомученика Стефана, преподобного Авраамія, внизу — великомучениці Катерини, праворуч від неї — святої Параскеви, ліворуч — святої Ірини.
Дізнавшись чудодійну силу Почаївської Ікони Божої Матері після зцілення свого сліпонародженого брата Пилипа, Ганна Гойська 1597 року передала святиню Почаївському монастирю.