Синодальний період
25 жовтня 1831 року монастир був повернений у відання православного духовенства (на цей раз Російській Патріархії, розмістилася кафедра Волинської єпархії РПЦ). У 1833 році обитель отримала статус лаври з присвоєнням четвертого місця в числі існуючих в Російській імперії. В синодальний період священноархимандритами Почаївської Лаври були Волинські (1840–1860-х роках — Варшавські) архиєреї. На початку 1840-х років Лавра була місцеперебуванням Острозького вікарія.
В Соборному храмі Успіння Божої Матері були зроблені два бокових вівтаря: один 1842 року в ім'я святого Миколая Чудотворця, інший 1859 року в честь святого Алєксандра Невського. В соборному храмі над царськими воротами в зірковому кіоті помістили чудотворну Почаївську ікону Божої Матері. В печерному храмі Святої Трійці в срібній раці, влаштованій в 1842 році графинею Анною Алєксєєвною Орловою-Чєсменською, спочивали мощі преподобного Іова Почаївського. При Лаврі була іконописна майстерня, школа для навчання різних ремесел, три готелі, лікарня для прочан.Монастир став оплотом русифікації регіону, після указу Ніколая II 1905 — осередком діяльності чорної сотні.
Часи першої світової війни та національно-визвольних змагань (1914–1920 роки)
Під час Першої світової війни 1914–1918 років з Лаври вивозилося все, що представляло хоч якусь цінність: від дзвонів до архіву, бібліотеки, свічного заводу. Чудотворний Почаївський образ Божої Матері, мощі преподобного Іова в срібній раці були доставлені в Житомир (пробули до 1918 року). Більша частина братії була евакуйована доСвятогірської пустині Харківської єпархії. В Почаївській обителі побажали залишитися 18 чоловік; представники австро-угорського війська, що зайняли монастир в серпні 1915 року, відправили їх в Угорщину в табір полонених,обитель обібрали наскільки було можливо. В травні 1916 року, внаслідок Брусиловського наступу в Галичині, вПочаїв входять російські війська. В Лаврі відновлюється православне богослужіння, повертаються ікони, починає налагоджуватися господарське життя обителі.
Під час національно-визвольних змагань навколо Лаври не затихали бої. Насельники сховали більшість із святинь Лаври, самі трудилися, маючи лише мізерні запаси. На початку 1919 року Лавра була захоплена більшовиками: розграбували те останнє майно, що залишалося, кровопролиття не було.
В Польській республіці
8 вересня 1920 р. захід Волині, зокрема Почаїв та околиці, були окуповані поляками, офіційно увійшли до Польської республіки. До 1939 року монастир належав Польщі, входив до складу Польської православної церкви. Існуванню Лаври, як православній обителі, загрожувала «ревіндикація» — передача храмів Римо-Католицькій Церкві; проти виступила вся православна спільнота, святині відстояли. З 1925 року в монастирі діяла монашеська школа, ряд господарських закладів, що свідчило про деякий духовний та господарський підйом.
Воєнні роки та радянський період
1939 р. після приєднання західних регіонів України до СРСР лавра увійшла в молитовне спілкування з Російською церквою. В Лаврі звершувалися єпископські хіротонії, в тому числі лаврських насельників Веніаміна (Новицького), Димитрія (Магана), для різних міст України. Влада забрала в лаври типографію, іконописну майстерню, іночеську лікарню, монастирський млин, архиєрейський дім, свічний завод разом з полями, лісами, садами та господарським інвентарем. Та монастир жив.
Під час гітлерівської окупації в ході Другої світової війни Лавра належала до канонічної Української автономної православної церкви, що зберегла спілкування з Московською Патріархією. Тут мав своє місцеперебування постриженик Лаври владика Веніамін (Новицький), проводилися пастирські курси.
В радянський період, позбавлена багатьох угідь і можливостей, Лавра продовжувала бути опорою Православ'я, тут подвизалися святі - преподобні Амфілохій Почаївський, Кукша Одеський. 1960 рр. Лавра витримала нову хвилю антирелігійних гонінь, не була закрита. Зокрема, було ув'язнено архимандрита Аліпія. В наступні десятиліття радянського режиму влада знову неодноразово намагалися закрити монастир. В цей період священноархимандритами Лаври були Львівські архиєреї.