Вирусология / Flavi-Basic-2011-6
.pdf
Таксономическая ситуация
•Царство – вирусы
•Отряд (порядок)/Order – не определен
•Семейство/Family - Flaviviridae
Семейство Flaviviridae
Состоит из трех родов :
Flavivirus Pestivirus Hepacivirus
|
|
|
|
|
|
|
Вирус желтой |
|
Вирус |
|
Вирус |
|
лихорадки |
|
классической |
|
гепатита С |
|
|
|
чумы свиней |
|
|
Таксономия Рода Flavivirus
•Род Flavivirus состоит из более чем 80 видов вирусов, часть из которых объединена в серокомплексы: вирусов клещевого энцефалита, вирусов денге (4 вида) и вирусов Японского энцефалита
•Вирусы желтой лихорадки и летучих мышей Дакара образуют две отдельные группы
Серокомплексы
E-Protein Amino Acid Homology (%)
100
90
80
70
60
50
40
DEN |
JE |
|
TBE |
DEN |
WN KUN MVE JE SLE |
YF |
POW LGT LI TBE |
3 1 2 |
4 |
|
CEE RSSE |
|
93 |
|
96 |
|
|
91-94 |
|
|
|
|
|
|
82 |
|
85-89 |
|
|
|
|
77 |
77-78 |
|
77-78 |
|
|
|
72-74
69
62
46-53
40-44
Эволюционное древо флавивирусов, рассчитанное на основе гомологии аминокислотных последовательностей гена поверхностного белка Е.
(Beckman Microgenie software package, Version 4.0. DEN, dengue; WN, West Nile; KUN, Kunjin; MVE, Murray Valley encephalitis; JE, Japanese encephalitis; SLE, St. Louis encephalitis; YF, yellow fever; POW, Powassan; LGT, Langat; LI, louping ill; TBE, tickbome encephalitis. Modified from Mandl et al. (342) and Heinz et al. (221).
The main flavivirus human infections
•Yellow Fever
•Dengue
•Japanese encephalitis
•Tick-borne encephalitis
•West Nile fever
Характеристики вирионов
•Форма – сферическая
•Размеры (диаметр) – 40-60 нм
•Липидная оболочка – имеется
•Капсид – имеется, диаметр – 30 нм
•Репликация – в цитоплазме
•Сборка вирионов идет в ЭР
•Выход из клетки – через массовый выход секреторными путями путем экзоцитоза
Незрелый вирион |
Зрелый вирион |
prM |
M |
E |
E |
Нуклеокапсид (C-белок)
Слева – Схемы строения зрелого и незрелого вирионов.
Справа - Криомикроскопическая электронная микрофотография зрелого и незрелого вирионов вируса клещевого энцефалита (Fuller et al., unpublished data). Стрелки указывают на незрелые вирионы.
Характеристики генома
•Геном представлен одноцепочечной РНК положительной полярности, длиной примерно 10,5 кb
•ORF (открытая рамка считывания) – более 3000 кодонов
•5’-NCR - около 100 нуклеотидов, есть «Кэп»
•3’-NCR - от 400 до 700 нуклеотидов, очень разные по составу, имеется структурная петля в 120 п.н.
•НЕТ полиА на 3’-конце
Геном представителя рода Flavivirus
5’m7G |
|
|
Структурные гены |
Неструктурные гены |
|
|
3’OH |
|
|
|
|
||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
? |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
P |
H |
|
|
|
|
|
|
|
R |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
ancC prM |
E |
NS1 NS2A NS2B |
NS3 |
|
NS4A NS4B |
|
NS5 |
||||||||||||||
C |
|
|
|
|
|
M |
Сигнальная пептидаза |
|
Протеаза аппарата |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Гольджи |
|
|
|
|
pr |
|
|
|||
|
|
|
|
|
|
|
NS3-протеаза |
? |
Неизвестная ЭР- |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
протеаза |
Карта генома дана не в масштабе. Прямоугольники ниже карты генома показывают вирусные белки, производимые из полипротеина путем процессинга клеточными и вирусными протеазами. Структурные белки выделены черным цветом. Буквы P, H и R показывают расположение вирусных NS3-протеазы, NS3 РНК-геликазы и NS5 РНКзависимой РНК-полимеразы.