Матрица инциденций
2 |
2 |
1 |
|
|
|
|
|
1 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
4 |
|
|
|
|
|
|
|
3 |
|
|
|
|
|
3 |
|
|
||
В = |
1 |
1 |
0 |
0 |
|
В = |
1 |
1 |
0 |
0 |
|
0 |
1 |
1 |
0 |
|
0 |
1 |
1 |
0 |
|||
|
|||||||||||
|
0 |
0 |
1 |
1 |
|
0 |
1 |
0 |
1 |
||
4
Вij = |
1, |
если атом i |
и ребро j |
инцидентны |
0, |
если атомы |
i и ребро |
j не инцидентны |
Топологический граф фермента «алкогольдегидрогеназа»
Химические формы (указаны все химические связи)
a |
b |
a |
|
|
Набор |
|
c |
одновалентных |
|||
|
|
|
|||
c |
d |
|
b |
d |
атомов (галогены, |
|
0 |
|
|
|
водород) |
|
|
|
|
|
a |
|
b |
|
a |
|
b |
|
a |
|
b |
|
a |
|
b |
|
a |
|
b |
|
a |
b |
c |
|
d |
|
c |
|
d |
|
c |
|
d |
|
c |
|
d |
|
c |
|
d |
|
c |
d |
|
1 |
|
|
|
2 |
|
|
|
3 |
|
|
|
4 |
|
|
|
5 |
|
|
|
6 |
a |
b |
|
a |
b |
|
a |
b |
c |
d |
|
c |
d |
|
c |
d |
7 |
|
8 |
|
|
|
9 |
|
Химические превращения
|
|
|
a |
b |
|
|
|
a |
b |
|
|
Химическая |
||
|
|
|
c |
d |
|
|
|
c |
d |
|
|
реакция |
||
|
|
|
|
|
|
|
|
(обмена) |
||||||
|
|
|
|
8 |
|
|
|
|
7 |
|
|
|
|
|
0 |
0 |
1 |
0 |
|
0 |
0 |
0 |
1 |
0 |
1 |
0 |
0 |
Матричное |
|
0 |
0 |
0 |
1 |
= |
0 |
0 |
1 |
0 |
1 |
0 |
0 |
0 |
||
представление |
||||||||||||||
1 |
0 |
0 |
0 |
0 |
1 |
0 |
0 |
• 0 0 |
0 |
1 |
||||
реакции |
||||||||||||||
0 |
1 |
0 |
0 |
|
1 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
1 |
0 |
||
|
|
|||||||||||||
Топологическая |
Оператор |
Топологическая |
|
|||||||||||
матрица |
|
реакции |
|
матрица |
|
|||||||||
|
ХФ № 8 |
|
|
обмена |
|
ХФ № 7 |
|
|||||||
А8 = С87 • А7 |
А7 = С78 • А8 |
В совокупности из 10 химических форм возможно 90 химических реакций (или 45 двусторонних)
Для записи этих химических реакций в матричной форме требуется 24 оператора типа Сij
Они образуют ГРУППУ, изоморфную точечной группе тетраэдра Td или группе перестановок S4
Эту группу можно разделить на 5 классов эквивалентости:
Е, |
6 , |
3 С2, |
8 С3, 6 S4 |
( группа Td ) |
[1,1,1,1] |
[1,1,2] |
[2,2] |
[1,3] [4] |
( группа S4 ) |
Класс типа С2 |
или [2,2] |
Класс типа или [1,1,2] |
|||||
|
6 |
|
|
8 |
4 |
1 |
7 |
|
5 |
|
|
3 |
|
0 |
2 |
8 |
|
|
7 |
|
|||
|
|
|
|
|
|
||
|
0 |
|
|
|
6 |
5 |
|
|
4 |
1 |
|
|
|
|
|
3 |
9 |
|
2 |
|
|
9 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Реакции присоединения – |
Реакции диссоциации – |
||||||
элиминирования – обмена (9) |
рекомбинации (12) |
||||||
А |
В |
А |
В |
A |
B |
|
A—B |
С |
D |
С |
D |
|
|||
|
|
|
|
||||
Класс типа С3 |
или [1,3] |
|
8 |
2 |
|
3 |
|
6 |
|
0 |
9 |
5 |
|
4 |
7 |
1 |
|
Реакции замещения (12) |
||
A—B C 
A B—C
|
Класс типа S4 |
или [4] |
||
|
|
6 |
|
|
|
|
5 |
|
|
|
8 |
|
|
7 |
|
|
0 |
|
|
|
1 |
|
4 |
|
|
2 |
9 |
|
3 |
|
|
|
|
|
|
Реакции сложного типа (12) |
|||
A |
B—C |
D |
A—B |
C—D |
Химические превращения и энергия
|
Н—Н + D |
Н |
+ H—D |
|
Химическая форма А |
Химическая форма В |
|
RHD |
А |
|
|
|
|
|
Поверхность |
|
|
|
потенциальной |
|
|
|
энергии |
|
|
|
(вид сверху) |
|
X |
В |
Конфигурационная |
|
траектория |
||
|
|
|
химического |
|
0 |
RHH |
превращения |
|
|
|
|
Поверхность
потенциальной
энергии
Реакция R–Cl + KCl* 
R–Cl* + KCl
