- •Ядерный остов молекул
- •Адиабатическое приближение
- •Статичная модель ядерного остова
- •Конфигурационное пространство
- •Пространственная
- •Энергетические карты и профили
- •Матрица инциденций
- •Топологический граф фермента «алкогольдегидрогеназа»
- •Химические формы (указаны все химические связи)
- •Химические превращения
- •В совокупности из 10 химических форм возможно 90 химических реакций (или 45 двусторонних)
- •Класс типа С2
- •Класс типа С3
- •Химические превращения и энергия
- •Поверхность
- •Энергетический профиль ЭА
- •Стерический множитель (S) — доля траекторий, приводящих к вершине барьера
- •Теория абсолютных скоростей (ТАС)
- •Принцип Белла-Эванса-Поляни (БЭП)
- •При постоянной верхней кривой, описывающей разрывающуюся связь, величина энергии активации будет тем меньше,
- •Для газофазных реакций присоединения- элиминирования имеют место соотношения:
- •Метод молекулярной механики
- •Энергия активации для реакции замещения
- •Два типа элементарных реакций (Хэммонд)
- •Приближение «изолированной молекулы»
- •Атом i, подвергающийся атаке, отличается:
- •Энергия возмущения электронной оболочки в
- •Приближение «локализации электронов»
- •Принцип сохранения орбитальной симметрии (Р. Вудворд, Р. Хоффман)
- •Дисротаторный механизм
- •МО исходной молекулы
- •Симметрия переходного состояния
- •транс,транс-гексадиен-2,4
Ядерный остов молекул
Адиабатическое приближение
Ψвнутр(Xi, Yi, Zi, xj, yj, zj) = Ψядерн(Xi, Yi, Zi) Ψэлектр(xj, yj, zj)
Ψядерн |
Ψядерн |
Ψядерн |
Ψэлектр
Х
Статичная модель ядерного остова
Z
z
|
|
|
Пространственная |
||
|
|
|
КОНФИГУРАЦИЯ |
||
|
|
y |
Y |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
x |
|
x1 |
y1 |
z1 |
X |
|
|
|||
|
|
x2 |
y2 |
z2 |
|
|
|
МОЛЕКУЛА |
|||
|
|
………… |
|||
|
|
|
|||
|
|
|
xn |
yn |
zn |
Конфигурационное пространство
RHH
Изображающая
точка
ROH1
|
|
|
O |
|
|
|
|
1 |
|
|
2 |
R |
H |
|
O |
||
O |
|
|
|
||
|
|
R |
H |
||
|
|
|
|
|
H H
RHH
ROH2
Пространственная
КОНФИГУРАЦИЯ
МОЛЕКУЛА |
{ Rij } |
Пространственная |
|
Энергия |
конфигурация |
|
электронной |
ядерного остова |
|
оболочки |
Епотенц = Тэ + Uэ-я + Uэ-э + uя-я
( ядра считаются неподвижными, т.е. Тя = 0 )
Епотенц = F ( Rij )
Поверхность потенциальной энергии (ППЭ)
(при изменении ядерной конфигурации энергия изменяется адиабатически, т.е. посредством совершения работы)
Е |
Молекула водорода |
|
|
|
ППЭ |
|
возбужденного |
|
состояния ( Φu ) |
Rmin |
RНН |
|
ППЭ основного
состояния ( Φg )
Emin
КОНФИГУРАЦИИ
УСТОЙЧИВЫЕ |
НЕУСТОЙЧИВЫЕ |
(равновесные) |
(неравновесные) |
Энергетические карты и профили
Е
q
q1
q2
Е |
Топология молекул |
|
Атомы i и j не связаны химической связью (силы отталкивания)
Rij
Атомы i и j связаны химической связью (силы притяжения)
Топологический
граф
|
|
|
O |
|
|
|
|
1 |
|
|
2 |
R |
H |
|
O |
||
O |
|
|
|
||
|
|
R |
H |
||
|
|
|
|
|
H H
RHH
ФИЗИЧЕСКОЕ
представление
Пространственная
конфигурация
|
|
|
O |
|
|
|
1 |
|
|
2 |
|
|
H |
|
|
||
|
O |
|
|
H |
|
|
|
|
НОН |
O |
|
H |
|
|
|
H |
|
|
|
|
|
ХИМИЧЕСКОЕ
представление
— длина химической связи— валентный угол
1
А =
Топологические графы и матрицы
|
2 |
|
|
|
|
2 |
|
|
|
|
|
|
1 |
|
|
|
|
|
|
|
4 |
|
|
|
|
4 |
3 |
|
|
|
|
3 |
|
|
|
0 |
1 |
0 |
0 |
|
0 |
1 |
0 |
0 |
1 |
0 |
1 |
0 |
А = |
1 |
0 |
1 |
1 |
0 |
1 |
0 |
1 |
0 |
1 |
0 |
0 |
|
0 |
0 |
1 |
0 |
|
0 |
1 |
0 |
0 |
Топологическая матрица (матрица смежности)
Аij = |
1, |
если атомы |
i |
и |
j |
связаны |
0, |
если атомы |
i |
и |
j |
не связаны |