Добавил:
ivanov666
Опубликованный материал нарушает ваши авторские права? Сообщите нам.
Вуз:
Предмет:
Файл:Электрически индуцированные конформационные изменения макромолекул на поверхности металлических наночастиц. Учебное пособие
.pdf
Заключение
В учебном пособии был рассмотрен метод молекулярной динамики, а также
особенности молекулярно-динамического моделирования макроцепей, содержащих
в своей структуре заряженные звенья, на поверхности металлических наночастиц
различной формы, в том числе заряженных и поляризованных как в статическом,
так и переменном электрическом поле.
Рассмотрено применение метода молекулярной динамики для исследования
конформационной структуры полиамфолитного полипептида на плоской
заряженной поверхности кристалла золота, в том числе с атомарными кластерами в
структуре макроцепи. Также рассмотрена перестройка конформаций
полиамфолитов и полиэлектролитов на поверхности заряженных и поляризованных
сферической и сфероидальной золотых наночастиц, поверхности цилиндрического
золотого нанопровода. Рассчитаны распределения плотности атомов
адсорбированной макромолекулы на поверхности нанообъектов в зависимости от
величины полного заряда наночастицы, дипольного момента наночастицы, в том
числе при его периодическом изменении со сверхвысокой частотой.
101
Список использованных источников
1 Хеерман, Д. В. Методы компьютерного эксперимента в теоретической
физике / Д. В. Хеерман. – М: Наука. – 1990. – 176 с.
2 Deuflhard, P. Computational Molecular Dynamics: challenges, methods, ideas / P.
Deuflhard //Springer. – 1997. – 504 p.
3 Becker, O.M. Computational Biochemistry and Biophysics / O.M. Becker, A.D.
Mackerell Jr., B. Roux, M. Watanabe // Marcel Dekker. – 2001. – 525 p.
4 Frenkel, D. Understanding Molecular Simulation / D. Frenkel, B. Smit //San
Diego, California: Academic Press. –2002. – 658 p.
5 Ciccotti, G. Molecular - Dynamics simulation of statistical-mechanical systems /
G. Ciccotti, W. G. Hoover //North-Holland. – 1986. – 622p.
6 Hiechliffe, A. Modelling Molecular Structures / A. Hiechliffe // JOHN WILEY &
SONS. – 1997. – 336 p.
7 Rogers, D. Computational Chemistry Using the PC / Rogers D. – John Wiley &
Sons. – 2003. – 349 p.
8 Allen, M. P. Computer Simulation of Liquids / M. P. Allen, A. K. Tildesley //
Oxford: Clarendon Press. – 1987. – 385 p.
9 Wang, L. Molecular Dynamics – Studies of Synthetic and Biological
Macromolecules / L. Wang // InTech. – 2012. – 432 p.
10 MacKerell Jr., A. D. All-atom empirical potential for molecular modeling and
dynamics studies of proteins / A. D. MacKerell Jr., D. Bashford, M. Bellott, R.L.
Dunbrack Jr., J.D. Evanseck, M.J. Field, S. Fischer, J. Gao., H. Guo, S. Ha, D. JosephMcCarthy, L. Kuchnir, K. Kuczera, F.T.K. Lau, C. Mattos, S. Michnick., T. Ngo., D.T.
Nguyen.T., B. Prodhom, W.E. Reiher III, B. Roux, M. Schlenkrich, J.C. Smith, R. Stote, J.
Straub, M. Watanabe, J. Wiorkiewicz-Kuczera, D. Yin., M. Karplus // Journal of Physical
Chemistry B. – 1998. – V. 102. – P. 3586-3616.
102
11 Huang, J. CHARMM36m: an improved force field for folded and intrinsically
dis-ordered proteins/ J. Huang, S. Rauscher, G. Nawrocki, T. Ran, M. Feig, B.L. de Groot,
H. Grubmüller, A.D. MacKerell Jr. // Nature Methods. – 2016. – V. 14. P. 71–73.
12 Vanommeslaeghe, K. CHARMM General Force Field: A Force field for Drug-
Like Molecules Compatible with the CHARMM All-Atom Additive Biological Force
Field / K. Vanommeslaeghe, E. Hatcher, C. Acharya, S. Kundu, S. Zhong, J. Shim, E.
Darian, O. Guvench, P. Lopes., I. Vorobyov, A.D. MacKerell Jr. // J. Comput. Chem. –
2010. – V. 31. – P. 671-690.
13 Yu, W. Extension of the CHARMM General Force Field to Sulfonyl-Containing
Compounds and Its Utility in Biomolecular Simulations / W. Yu, X. He, K.
Vanommeslaeghe, A.D. MacKerell Jr. // J. Com-put. Chem. – 2012. – V. 33. – P. 2451-
2468.
14 Berendsen, H. J. C. Molecular dynamics with coupling to an external bath /
H.J.C. Berendsen, J.P.M. Postma, W. F. van Gunsteren, A. DiNola, J.R. Haak // The
Journal of Chemical Physics. –1984. – V. 81. – P.3684.
15 Phillips, J. C. Scalable molecular dynamics with NAMD / J. C. Phillips, R.
Braun, W. Wang, J. Gumbart, E. Tajkhorshid, E. Villa, C. Chipot, R. D. Skeel, L. Kale, K.
Schulten //Journal of Computational Chemistry. – 2005. – V. 26 –P. 1781-1802.
16 Andersen, H.C. Molecular dynamics simulations at constant pressure and/or
temperature/ H.C. Andersen // The Journal of Chemical Physics. –1980. –V. 72. –P. 2384.
17 Lemak, A. S. A Comparison Between Collisional Dynamics and Brownian
Dynamics / A. S. Lemak, N. K. Balabaev // Molecular Simulation. - 1995. - V. 15.- P.
223-231.
18 Lemak, A. S. Molecular dynamics simulation of a polymer chain in solution by
collisional dynamics method / A. S. Lemak, N. K. Balabaev // Journal of Computational
Chemistry. - 1996. - V. 17.- P. 1685-1695.
19 Nose, S. Constant-Temperature Molecular-Dynamics / S. Nose // Journal of
Physics - Condensed Matter. – 1990. – V. 2. – P. SA115-SA119.
103
20 Chen, Y. Electrically induced conformational change of peptides on metallic
nanosurfaces / Chen Y., Cruz-Chu E.R., Woodard J., Gartia M.R., Schulten K., Liu L. //
ACS Nano. 2012. V. 6. P. 8847-8856.
21 Гросберг, А. Ю. Статистическая физика макромолекул / А. Ю. Гросберг,
А.P. Хохлов. - М.: Наука. – 1989. – 344 с.
22 Jorgensen, W. L. Comparison of simple potential functions for simulating liquid
water / W.L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J.D. Madura, R.W. Impey, M.L. Klein // J.
Chem. Phys. – 1983. – V. 79. – P. 926-935.
23 Heinz, H. Accurate Simulation of Surfaces and Interfaces of Face-Centered
Cubic Metals Using 12−6 and 9−6 Lennard-Jones Potentials / H. Heinz, R.A. Vaia, B. L.
Farmer, R. R. Naik // J. Phys. Chem. C. – 2008. – V. 112. – P. 17281–17290.
24 Darden, T. Particle mesh ewald: An n log(n) method for ewald sums in large
systems / T. Darden, D. York, L. Pedersen // J. Chem. Phys. – 1993. – V. 98. –. P. 10089-
10092.
25 Кручинин, Н.Ю. Электрически индуцированные конформационные
изменения связанных с кластером золота полиамфолитных полипептидов на золотой
поверхности: молекулярно-динамическое моделирование / Н.Ю. Кручинин, М.Г.
Кучеренко // Журнал физической химии. – 2020. – Т. 94, № 7. – С. 1066-1072.
26 Кучеренко, М. Г. Размещение звеньев полимерной цепи в поле гладкой
твердой поверхности и в нанополостях пористого сорбента / М. Г. Кучеренко, Т. М.
Чмерева // Вестник ОГУ. – 2008. – №9. – С. 177-184.
27 Ландау, Л. Д. Электродинамика сплошных сред / Л. Д. Ландау, Е.М.
Лифшиц // М.: Наука. - 1982. – 621 с.
28 Кручинин, Н.Ю. Молекулярно-динамическое моделирование
перестройки конформационной структуры полиамфолитных макромолекул на
поверхности поляризованной металлической наночастицы / Н.Ю. Кручинин,
М.Г. Кучеренко // Коллоидный журнал. – 2020. – Т. 82, № 2. – С. 177-185.
29 Кручинин, Н.Ю. Конформационные изменения однородно
заряженных цепей полиэлектролитов на поверхности поляризованной золотой
наночастицы: молекулярно-динамическое моделирование и теория гауссовой
104
цепи в поле / Н.Ю. Кручинин, М.Г. Кучеренко, П.П. Неясов // Журнал
физической химии. – 2021. – Т. 95, № 2. – С. 262-271.
30 Kruchinin, N.Yu. Rearrangements in the conformational structure of
polyampholytic polypeptides on the surface of a uniformly charged and polarized
nanowire: molecular dynamics simulation / N.Yu. Kruchinin, M.G. Kucherenko //
Surfaces and Interfaces. – 2021. – V. 27. – P. 101517.
31 Кручинин, Н.Ю. Молекулярно-динамическое моделирование
конформационных изменений макромолекул полиэлектролитов на
поверхности заряженной или поляризованной вытянутой сфероидальной
металлической наночастицы / Н.Ю. Кручинин, М.Г. Кучеренко // Коллоидный
журнал. – 2021. – Т. 83, № 5. – С. 557-571.
32 Кручинин, Н.Ю. Конформации однородных полипептидов на
поверхности поляризованного вытянутого металлического наносфероида при
изменении водородного показателя: молекулярно-динамическое
моделирование / Н.Ю. Кручинин, М.Г. Кучеренко // Журнал физической химии.
– 2022. – Т. 96, № 3. – С. 416-425.
33 Кручинин, Н.Ю. Перестройка конформационной структуры
полипептидов на поверхности металлического нанопровода во вращающемся
электрическом поле: молекулярно-динамическое моделирование / Н.Ю.
Кручинин, М.Г. Кучеренко // Коллоидный журнал. – 2021. – Т. 83, № 1. – С. 57-
65.
34 Кручинин, Н.Ю. Конформационные изменения полиамфолитных
макроцепей на поверхности сплюснутого металлического наносфероида в
переменном электрическом поле / Н.Ю. Кручинин, М.Г. Кучеренко // Химия
высоких энергий. – 2022. – Т. 56, № 6. – С. 485-496.
35 Кручинин, Н.Ю. Конформационные изменения макромолекул
полиэлектролитов на поверхности заряженного металлического вытянутого
наносфероида в переменном электрическом поле / Н.Ю. Кручинин, М.Г.
Кучеренко // Высокомолекулярные соединения. Серия А. – 2022. – Т. 64, № 3.
– С. 223-238.
105
Соседние файлы в предмете [НЕСОРТИРОВАННОЕ]