Маслов Лабораторныы практикум Компютерное моделирование графена 2015
.pdfNH + 4NC + 4NN + 4NO , где NH , NC , NN и NO – число атомов водорода, углерода, азота и кислорода соответственно. Молекулярные орбитали (П.2.5) заполняются электронами, число которых равно
NH + 4NC +5NN +6NO (учитывается один валентный электрон на
каждом атоме водорода и четыре, пять и шесть валентных электронов на каждом атоме углерода, азота и кислорода соответственно), в соответствии с функцией распределения Ферми–Дирака и принципом Паули.
При использовании метода молекулярной динамики в рамках неортогональной модели сильной связи сила Fk = −∂E∂Rk , действующая на k-й атом, определяется из (П.2.1)–(П.2.3) после вычисления собственных значений εn и собственных векторов Cinα с учетом формулы, следующей из (П.2.6):
∂ε |
|
|
|
|
|
∂H jβ |
|
∂S jβ |
|
|
|
|
|
−1 |
|||
|
n |
= ∑∑Cnjβ* |
iα |
−εn |
iα |
Cinα |
∑∑Cnjβ*SiαjβCinα . |
||||||||||
|
|
||||||||||||||||
|
|
|
|||||||||||||||
∂R |
k |
iα |
jβ |
|
∂R |
k |
|
∂R |
k |
|
|
iα |
jβ |
|
|
||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
То, что величины Siαjβ и Hiαjβ могут быть вычислены в явном виде (см. далее), существенно облегчает моделирование динамических характеристик сравнительно больших систем. Для Hiαjβ используется следующая параметризация:
Hiαjβ = |
1 Kij Siαjβ (Hα + Hβ ), |
|
где |
2 |
|
|
|
|
1, i = j; |
|
|
|
|
|
Kij = Kij0 exp −δij |
(Rij − Rij0 ) , i ≠ j. |
|
|
|
|
|
Представленный в таком виде потенциал содержит семь подлежащих определению параметров Hα – по числу орбиталей разного типа (α =1S для водорода и α = 2S и 2Pдля углерода, азота и кис-
лорода) и по десять параметров Kij0 , δij , Rij0 – по числу пар атомов разного сорта ij = HH, CH, NH, OH, CC, CN, CO, NN, NO, OO. Ве-
41
личины Siαjβ определяются аналитически по формулам для интегралов перекрытия слэтеровских орбиталей:
φ1S (r)= xp1S3 exp(−x1Sr),
|
|
|
φ2S (r)= |
x52S r exp(−x2Sr), |
|
|
3p |
φ2Pγ (r)= xp52P γexp(−x2P r),
где γ = x, y, z, а параметры ξ2S и ξ2P зависят от типа атома (C, N или O).
Парные потенциалы в формуле (П.2.3) для «классической» составляющей Erep выбирались в виде
Φ(Rij )= Φ0 exp −βij (Rij − Rij0 )
( Φij0 =1 эВ для всех возможных пар атомов, число параметров βij , подлежащих определению, равно десяти). Таким об-
разом, |
полное |
число |
|
подлежащих |
определению параметров |
|||||||||||
(H |
α |
, K 0 |
, δ |
ij |
, R0 |
, Φ0 |
, |
β |
ij |
, ξ |
, ξ |
2S |
, ξ |
2P |
) |
равно пятидесяти четырем. |
|
ij |
|
ij |
ij |
|
|
1S |
|
|
|
|
Один из распространенных способов поиска параметров сводится к минимизации функции
S (Ha , Kij0 ,δij , Rij0 , βij ,ξ1S ,ξ2S ,ξ2P )= Senergy + Slength + Sangle ,
где
Ne |
Eexp |
− Ecalc |
2 |
|||||||
Senergy = ∑ |
|
b |
|
|
b |
|
|
, |
||
|
|
|
exp |
|
||||||
1 |
|
|
Eb |
|
|
|
|
|
||
Nl |
exp |
−expl |
calc 2 |
|
||||||
Slength = ∑ l |
|
l |
|
|
, |
|||||
1 |
|
|
|
|
|
|
|
|||
Na |
|
exp |
−expa |
calc 2 |
|
|||||
Sangle = ∑ a |
|
|
, |
|||||||
1 |
|
a |
|
|
|
|||||
|
42 |
|
|
|
|
|
|
|
при этом Ebexp − Ebcalc , lexp −lcalc и aexp −acalc – разности экспериментальных и соответствующих расчетных значений энергий связи, длин связей и валентных углов соответственно; Ne , Nl , и Na – чис-
ло слагаемых в соответствующих суммах. Минимизация функции S проводилась в рамках подхода Монте-Карло методом Розенброка. Учет энергии нулевых колебаний проводился посредством учета
константы (как дополнительного параметра) Ez. p. = 0,0567 эВ/атом
при расчете энергий связи молекулярных систем. Отметим, что экспериментальные значения Ez. p. для молекул, состоящих из “лег-
ких” химических элементов оцениваются ~ 0,1 эВ/атом. Параметры, использованные при разработке лабораторных ра-
бот приведены в табл. П2.1 и П2.2.
Таблица П.2.1 Параметры для атомов водорода, углерода, азота и кислорода,
использованные при подготовке лабораторных работ (n – главное квантовое число)
Элемент |
n |
ξnS , Å–1 |
HnS , ýÂ |
ξnP , Å–1 |
HnP , eV |
H |
1 |
2,45664 |
-10,7000 |
— |
— |
C |
2 |
2,99116 |
-16,1580 |
3,85786 |
-10,0783 |
N |
2 |
4,36134 |
-23,7679 |
4,31608 |
-10,9683 |
O |
2 |
5,98113 |
-22,0946 |
4,46228 |
-11,2490 |
Таблица П.2.2 Параметры, описывающие взаимодействие между атомами водорода,
углерода, азота и кислорода, использованные при подготовке лабораторных работ
Взаимодействие |
K 0 |
δ, Å–1 |
R0 , Å |
β, Å–1 |
H–H |
1,85205 |
0,13000 |
0,71368 |
6,84000 |
H–C |
1,79045 |
0,01435 |
0,98387 |
9,43359 |
H–N |
1,82238 |
0,01457 |
0,91117 |
9,74435 |
H–O |
3,31413 |
0,48773 |
1,04792 |
7,29874 |
C–C |
2,67193 |
0,16426 |
1,57073 |
4,91262 |
C–N |
2,71669 |
0,16213 |
1,53352 |
4,91602 |
C–O |
2,79746 |
0,15384 |
1,50558 |
4,75915 |
N–N |
4,00147 |
0,17734 |
2,24635 |
2,84271 |
N–O |
2,69876 |
0,21072 |
1,19816 |
11,6082 |
O–O |
4,45263 |
0,28183 |
2,14582 |
2,62577 |
43
В заключение отметим, что модели сильной связи требует гораздо меньших затрат вычислительных ресурсов, чем ab initio подходы, поэтому позволяют изучать эволюцию системы из 10–100 атомов в течение достаточного для набора необходимой статистики времени, вплоть до микросекунд.
Рекомендуемая литература
1.Maslov M.M., Podlivaev A.I., Openov L.A. Nonorthogonal tightbinding model for hydrocarbons // Physics Letters A. 2009. V. 373. P. 1653.
2.Катин К.П., Маслов М.М. О термической устойчивости нитрозамещенных производных углеводородного кубана // Хим. физи-
ка. 2011. Т. 30. С. 41.
3.Maslov M.M., Podlivaev A.I., Katin K.P. Nonorthogonal tightbinding model with H–C–N–O parameterisation // Molecular Simulation. 2015. DOI: 10.1080/08927022.2015.1044453
___________
Редактор Е.Г. Станкевич
Подписано в печать 20.11.2015. Формат 60x84 1/16
Уч.-изд. л. 2,75. Печ. л. 2,75. Тираж 60 экз.
Изд. № 1/55. Заказ № 36.
Национальный исследовательский ядерный университет «МИФИ». 115409, Москва, Каширское ш., 31.
ООО «Баркас». 115230, Москва, Каширское ш., 4.