- •Оглавление.
- •V. Выводы. 70
- •Введение.
- •I. Обзор литературы.
- •1. Гемостаз.
- •1.1. Плазменная система свертывания крови.
- •1.1.1. Состав, каскадная структура.
- •1.1.2. Сборка мебранных комплексов внутреннй теназы и протромбиназы.
- •1.2. Нарушения свертывания крови.
- •2. Экспериментальные исследования свертывания in vitro.
- •2.1. Стандартные гомогенные тесты.
- •2.2. Исследование пространственных эффектов в гомогенной постановке.
- •2.3. Пространственная динамика роста сгустка в неперемешиваемой плазме крови.
- •3. Математические модели плазменного звена свертывания крови.
- •3.1. Модели свертывания, основанные на каскадном устройстве системы и описывающие ее на качественном уровне.
- •3.1.1. Открытый ферментативный каскад.
- •3.1.2. Каскад с утечкой.
- •3.1.3. Учет положительных обратных связей через кофакторы.
- •3.1.4. Модельные ферментативные каскады.
- •3.2. Детальные, количественные модели свертывания.
- •3.2.1. Гомогенное тромбообразование.
- •3.2.2. Тромбообразование в ространственно-распределенной системе.
- •3.2.3. Механизменная модель свертывания крови в системе без перемешивания.
- •3.2.4. Феноменологическая автоволновая модель тромбообразования в системе без перемешивания.
- •3.3. Описание исходной модели.
- •II. Методы.
- •1. Методы численного решения уравнений.
- •2. Программа для расчета.
- •III. Результаты.
- •1. Уточнение исходной модели
- •1.1. Роль редуцированных ранее переменных – концентраций мембранных комплексов.
- •1.2. Учет реакций активации факторов IX и X фактором viIa.
- •1.3. Варьирование константы активации фактора XI тромбином.
- •2. Первоначальное упрощение исходной модели.
- •3. Вклад диффузионных членов в динамику поведения системы.
- •4. Редукция факторов VII и viIa. Введение новых переменных.
- •5. Аппроксимация формы бегущих импульсов факторов viiIa, Va и xIa.
- •5.1. Аппроксимация формы бегущего импульса фактора viiIa.
- •5.2. Распространение подхода на факторы Va и xIa.
- •6. Вклад диффузии мембранных комплексов и переход к концентрации свободного фактора Xa.
- •7. Верификация редуцированной модели.
- •IV. Обсуждение результатов.
- •1. Реальная размерность системы.
- •2. Характер поведения системы на различных стадиях свертывания.
- •3. Численное решение диффузионной задачи.
- •4. Упрощение алгебраических выражений в кинетических уравнениях.
- •5. Нормировка концентраций факторов.
- •6. Применение теоремы Тихонова к системе уравнений вида “реакция-диффузия”.
- •7. Смысл переменной е.
- •8. Аппроксимация формы бегущих импульсов факторов viiIa, Va и xIa.
- •9. Редукция блока внешней теназы.
- •V. Выводы.
- •Приложение а. Исходная модель.
- •Приложение б. Уточнение и упрощение исходной модели.
- •Приложение в. Упрощенная исходная модель.
- •Приложение г. Нормированная система.
- •Приложение д. Редуцированная модель.
- •Список литературы.
II. Методы.
1. Методы численного решения уравнений.
Численное
интегрирование системы обыкновенных
дифференциальных уравнений в системе
с перемешиванием производилось вложенным
методом Рунге-Кутты-Фельберга порядка
2(3) – РКФ2(3) – с автоматическим управлением
длиной шага [65]. Идея вложенных методов
Рунге-Кутты состоит в вычислении на
каждом шаге двух значений искомой
функции в последующей точке: приближенного
значения y и более точного
.
В случае метода РКФ2(3) порядок точности
y равен 2,
-
3, т.е. при уменьшении длины шага
интегрирования в 2 раза отклонение y и
от точного значения уменьшается в 4 и
8 раз, соответственно. Значения y и
сравниваются, и, если различие превышает
требуемую точность, шаг уменьшается.
При решении систем дифференциальных
уравнений y и
-
векторы значений всех переменных
системы.
При численном интегрировании
дифференциальных уравнений в частных
производных для пространственной
задачи использован метод Штёрмера и
Энке, согласно которому значение функции
в точке вычисляются по формуле
,
где h - шаг по пространству. Интергирование
проводилось на отрезке длиной L=3мм,
который разбивался на N=200 точек. Показано,
что увеличение количества точек
разбиения отрезка интегрирования
приводит лишь к незначительному
количественному изменению численного
решения.
На границах отрезка были заданы условия непротекания для всех переменных, кроме концентраций факторов свертывания, участвующих или образующихся в реакциях на активирующей поверхности (левая граница отрезка). Для последних задавалось равенство потока вещества через границу и скорости его расходования (производства) в поверхностной реакции:
,
где
Di
- коэффициент диффузии фактора,
концентрация которого равна yi,
- концентрации всех реагентов.
Погрешность интегрирования ε=0.01 задавалась по смешанной норме:
Увеличение точности не приводило к значительному изменению численного решения.
2. Программа для расчета.
Все численные расчеты проводились автором с помощью специально написанной программы на языке Паскаль в среде Borland Delphi 5.0. Алгоритм решения систем дифференциальных уравнений методом РКФ2(3) был любезно предоставлен Пантелеевым М.А.
Тестирование программы проводилось путем решения простых задач гомогенной кинетики и кинетики пространственно-распределенных систем. Полученные численные решения хорошо совпадают с теоретическими.
III. Результаты.
1. Уточнение исходной модели
Численные расчеты при уточнении исходной модели (ее уравнения выписаны в Приложении А) проводили в ее расширенном варианте, в котором концентрации факторов XI, IX, X и pC не были положены постоянными.
1.1. Роль редуцированных ранее переменных – концентраций мембранных комплексов.
Переменные x10, x5, x9, x8 исходной модели, как уже указывалось, - это полные концентрации активных факторов Xa, Va, IXa и VIIIa соответственно: x10=xf10+xb10, x5=xf5+xb5, x9=x f9+xb9, x8=xf8+xb8, где xf - концентрация свободного фактора, xb- связанного в теназный или протромбиназный комплекс. Так как эти комплексы обладают ограниченной поверхностной подвижностью, а миграция тромбоцитов или микровезикул, на поверхности которых они находятся, вероятно, происходит довольно медленно, то определяющий вклад в диффузионное распространение активных факторов свертывания вносит диффузия свободных факторов. Математически это можно выразить, оставив под оператором Лапласа только xfi вместо полной концентрации xi (i=10, 5, 9, 8). Тогда соответствующие кинетические уравнения вместо
примут вид
Численный расчет по полной модели показывает, что такой учет диффузии только свободных факторов приводит к уменьшению скорости роста сгустка с 50 до 30 мкм/мин и размера сгустка на 40-й минуте с 1.9 до 1.3 мм. Это - довольно значительный эффект.
