Регуляция на уровне транскрипции требует специфического взаимодействия днк и белков

Модель пространственной структуры ДНК предложенная Криком и Уотсоном в 1953 г на первый взгляд казалась монотонно устроенной структурой с жестко детерминированными расстояниями и углами поворота между основаниями. Однако более детальное исследование показало существование локальных особенностей структуры, позволяющих специфически узнавать эти особенности молекулам белков. Химические группы пар азотистых оснований хорошо «просматриваются» в большой и малой бороздках молекулы ДНК, создавая неповторимые сочетания, которые могут выполнять роль специфических знаков для узнавания белками.

Рис. Схема расположения групп, участвующих в белков-нуклеиновокислотном узнава Выделены и исследованы сотни последовательностей нуклеотидов, используемых для специфического узнавания белками. Это обычно небольшие отрезки ДНК, некоторые из них приводятся ниже в таблице 10-9.

. Белки регуляторы и узнаваемая ими последовательность нуклеотидов на ДНК
	Белок	Последовательность
E.Coli	Lac-репрессор	ААТТГТГАГЦГГАТААЦААТТ ТТААЦАЦТЦГЦЦТАТТГТТАА
	САР	ТГТГАГТТАГЦТЦАЦТ АЦАЦТЦААТЦГАГТГА
Дрожжи	GAL-4	ЦГГАГГАЦТГТЦЦТЦЦГ ГЦЦТЦЦТГАЦАГГАГГЦ
Животные	Oct-1	АТГЦАААТ ТАЦГТТТА
	GATA-1	ТГАТАГ АЦТАТЦ

В основе молекулярного узнавания лежит принцип комплемнтарности между поверхностями двух молекул. В случае взаимодействия регуляторного белка и молекулы ДНК между поверхностью белка и структурой ДНК образуется множество специфических контактов (по меньшей мере, в 20 точках) при участии водородных связей, ионного и гидрофобного взаимодействий. Слабые взаимодествия в таком количестве делают это взаимодействие достаточно прочным. Исследование структуры многих белков, участвующих в регуляции экспрессии генов, позволило выделить несколько групп белков, объединенных общими признаками в структурной организации.

Спираль-поворот-спираль. Первой изученной связывающей ДНК структурой в белке была структура названная спираль- поворот- спираль. Подобная структура, обеспечивающая специфическое связывание белка и ДНК обнаружена в сотнях ДНК связыващих белков и у прокариот и у эукриот. 2 спиральных участка молекулы согнутые под углом в области короткого линейного отрезка располагались таким образом, что С-концевой отрезок вписывался в большую бороздку ДНК и специфически узнавал определенную последовательность нуклеотидов. Как правило, все белки с такой структурой выполняли свою функцию в виде димеров. К этой группе белков относятся и гомеодомен:гомеодомен - высоко консервативный домен из 60 аминокислот, обнаруженный среди большого семейства факторов транскрипции. Это семейство было сначала идентифицировано уDrosophila (до 60 белков),а впоследующем обнаружены у всех живых организмов от дрожжей до человека. Эти белки кодируются группой генов, изменение которых, может вызвать нарушение номального формирования организма ( преобразования одной части тела в другую, так называемые гомеотические преобразования). Этот класс генов был идентифицирован как у беспозвоночных так и позвоночных. Сам гомеодомен формирует структуру, высоко подобную бактериальным белкам типа спираль-поворот-спираль.

Цинковые пальцы:Если структура спираль-поворот-спираль состоит только из аминокислот, второй тип наиболее часто встречающихся типов структур узнающих ДНК содержит в качестве стабилизирующего элемента ион цинка. Существует целое семейство таких белков, наиболее простой из которых составлен изспирального отрезка цепи и отрезка сструктурой, связанных между собой ионами цинка. Этот тип белков участвует в регуляции транскрипции рибосомных РНК (фактор транскрипции РНКpolIII,TFIIIA). Второй вариант такой структуры составлен из 2-хспиральных участков, также связанных ионами цинка. К ним относятся внутриклеточные рецепторы стероидных гормонов и гомонов щитовидной железы. Атомы цинка связываются с остатками цистеина и гистидина, способствуя формированию пальцевидных структур. И тот и другой варианты используют-спиральные структуры для узнавания участков. Области пальца могут "вставляться " в главное углубление спирали ДНК. Интервал цинковой области пальца в этом классе факторов транскрипции совпадает с полуповоротом двойной спирали.

Спираль-петля-спираль (HLH):HLHдомен формирует димеры.HLHдомен составлен из двух- спиральных областей , разделенных областью переменной длины, которая формирует петлю между 2– спиралями. Этот домен подобен структуре спираль-поворот-спираль,спиральные области структурно подобны и необходимы для взаимодействия белка с элементами последовательности, которые обладают двойной осью симметрии. Этот класс факторов транскрипции наиболее часто содержит область основных аминокислот, расположенных на N – концевом участкеHLHдомена (такие белки обозначают какHLHбелки). Эти аминокислоты необходимы для связывания с ДНК по специфическим последовательностям. HLH область функционирует в форме гомо и гетеродимеров. Среди белков, имеющихHLHдомен можно назватьMyoD( фактор транскрипции идуцирующий миогенез) иc-Myc(первоначально идентифицированный как ретровирусный онкоген). Некоторые HLH белки не содержат основной области и, образуя гетеродимеры с белкамиHLH, действуют как репрессоры, подавляя активностьHLHбелков.

Лейциновая застежка - молния: как указывалось выше большинство белков, взаимодействуют с ДНК в форме димеров, причем в образовании димера участвуют последовательности аминокислот, которые не задействованы в самом механизме взаимодействия с ДНК.

Белки с лейциновым доменом застежки - молнии сочетают при этом обе функции и образование димера и связывание с ДНК. В белке имеются участки богатые гидрофобными аминокислотами (часто лейцином) радикалы которого выступают из  спиральной структуры этого белка. Два белка с такими участками могут формировать суперспираль в которой выступающие группы радикалов лейцина взаимодействуют с лейциновыми радикалами другого мономера подобно застежке - молнии. Димер при этом приобретает Y- форму. Ножки этой структуры содержат участки узнавания последовательности ДНК. Область лейциновой застежки - молнии присутствует в многих связывающих ДНК белках, типа c-Myc, C/EBP и т.д.