
- •Глава 1. Структурная организация и принципы функционирования белков Основные проявления жизни - результат функционирования белков
- •Аминокислоты - главные составные части белков
- •Свойства аминокислот - основа свойств белков
- •Спектроскопические свойства аминокислот
- •Химические реакции
- •Методы разделения аминокислот
- •Аминокислота, полипептид, белок
- •Свойства белков определяются свойствами аминокислот
- •Знание иэт важно для разделения белков методом электрофореза
- •Гель-электрофорез
- •Белки выполняют роль буферных систем
- •Белки в воде образуют растворы с особыми свойствами
- •В пространственой структуре белков выделяют четыре уровня организации
- •Исследование первичной структуры белков и пептидов
- •Искусственный синтез белков и пептидов
- •Пространственная структура белковой молекулы
- •Вторичная структура белков
- •Третичная структура белков
- •Четвертичная структура белков
- •Белки чувствительны к внешним воздействиям
- •Для определения количества белков используют разные подходы
- •Белки классифицируются разными способами
- •Простые белки построены только из аминокислот
- •Сложные белки содержат небелковые компоненты
- •Глава 2. Ферменты Клинико-лабораторное значение
- •Немного истории
- •В основе классификации ферментов - тип катализируемой реакции
- •Элементы химической логики
- •В основе химических реакций лежит образование и разрыв химических связей
- •У химической реакции есть скорость и порядок
- •На пути к пониманию механизма действия фермента
- •Ферменты – биологические катализаторы белковой природы
- •Методы выделения и очистки ферментов - это методы выделения и очистки белков.
- •Пример вычисления активности фермента:
- •Для работы некоторых ферментов необходимы дополнительные небелковые соединения
- •Белковая природа определяет многие свойства ферментов
- •Повышение температуры неоднозначно влияет на активность фермента
- •Ферменты характеризуются высокой специфичностью
- •Активность фермента зависит от концентрации субстратов.
- •Важной качественной характеристикой фермента является константа Михаэлиса
- •Уравнение Михаэлиса и Ментен графически – прямоугольная гипербола
- •Примеры использования данных кинетических исследований ферментов в медицине
- •Кинетика мультисубстратных реакций
- •Скорость реакции зависит от концентрации фермента
- •Химические реакции протекают медленно
- •Ферменты превосходят другие катализаторы своей молекулярной активностью. Почему?
- •Группы активного центра фермента используют обычные химические принципы катализа
- •Реакции, катализируемые ферментами – основной объект, на который направлено действие регуляторов процессов жизнедеятельности
- •Активность ферментов можно тормозить (ингибировать)
- •Ингибиторы бывают разные: обратимые и необратимые
- •Обратимые ингибиторы могут быть конкурентными и неконкурентными
- •Конкурентные ингибиторы не всегда структурно подобны субстрату.
- •Конкурентные ингибиторы не влияют на Vmax, они понижают Км.
- •Принципы конкурентного торможения находят применение в медицинской практике.
- •Смешанные неконкурентные ингибиторы
- •Кинетика смешанных неконкурентных ингибиторов
- •Неконкурентные ингибиторы не могут связаться со свободным ферментом.
- •Неконкурентных ингибиторы неактивны при низких концентрациях субстрата.
- •Торможение продуктом реакции- пример конкурентного торможения.
- •Субстрат может быть ингибитором фермента
- •Кинетика многих ферментов не подчиняется принципам кинетики Михаэлиса и Ментен
- •У аллостерических ферментов особые свойства
- •Две модели объясняют механизмы аллостерии.
- •В основе связывания субстрата - индуцированное взаимодействие.
- •Изменение конформации одной субъединицы индуцирует изменения структуры другой
- •Какая гипотеза является правильной?
- •Ферменты неравномерно распределены внутри клеток
- •Доступность субстрата или кофактора - важный элемент регуляции активности ферментов
- •Нарушение функции фермента вызывает болезнь.
- •Энзимопатии следствие ошибок в синтезе белков.
- •Исследование активности ферментов помогает врачу в диагностике болезней.
- •Некоторые примеры использования измерения активности ферментов в диагностике
- •Определение концентрации субстратов возможно при помощи ферментов.
- •Ферменты можно использовать как лекарственные препараты.
- •Рибозимы –исключение , подтверждающее правило.
- •Методы молекулярной инженерии позволяют конструировать новые ферменты
- •Глава 3. Витамины
- •Классификация витаминов
- •Нарушение баланса витаминов в организме
- •Потребность организма человека в витаминах.
- •Причины дисбаланса витаминов в организме.
- •Межвитаминные взаимоотношения
- •Витамин в1 (Tиамин. Антиневритный витамин)
- •Витамин в2(Рибофлавин).
- •Пантотеновая кислота (витамин в3).
- •Витамин рр (Витамин в5 , никотиновая кислота, никотинамид, ниацин). Антипеллагрический витамин.
- •Гомоцис- Серин Цистатионин α-кетобутират Цистеин
- •Фолиевая кислота (Фолацин. Витамин в9. Витамин вс).
- •Фолиевая кислота
- •Метилен-тгфк- Метилен-тгфк-
- •Биотин (витамин н).
- •Пропионил-КоА метилмалонил-КоА
- •Метилмалонил-КоА пируват пропионил-КоА оксалацетат
- •Витамин с (аскорбиновая кислота), антицинготный
- •Остаток глутаминовой кислоты Остаток γ-карбоксиглутаминовой кислоты
- •Рибосомы на мембране эндо-
- •Сигнальный пептид
- •Витаминоподобные соединения Витамин f (эссенциальные жирные кислоты)
- •Инозит(Витамин в8)
- •Карнитин
- •Липоевая кислота (витамин n)
- •Пара-Аминобензойная кислота.
- •Витамин u
- •Холин (витамин в4).
- •Ацетилхолинэстераза н2о
- •Глава 4. Введение в термодинамику Биомедицинское значение.
- •Биоэнергетика- составная часть термодинамики
- •Функции состояния системы.
- •Первый закон термодинамики утверждает энергия вселенной не исчезает
- •Второй закон термодинамики указывает на вероятность и направление процесса
- •Свободная энергия и концентрация. Стандартное состояние в биологических реакциях.
- •Изменение свободной энергии и константа равновесия.
- •Примеры вычисления констант равновесия и изменений свободной энергии
- •Сопряженные реакции лежат в основе многих химических процессов в клетке.
- •«Энергетической валютой» клетки является атф
Искусственный синтез белков и пептидов
Возможность наработки белков или пептидов в лабораторных или промышленных условиях имеет исключительное значение. Во-первых, это позволяет подтвердить правильность определения их первичной структуры. Во-вторых, синтетическая модификация аминокислотного состава и последовательности пептидных молекул позволяет выяснить механизм их биологического действия, определить функциональную принадлежность отдельных участков пептидных молекул. Одним из наиболее многообещающих приложений полипептидного синтеза является создание лекарственных препаратов (инсулин человека), синтетических вакцин. Последние имеют ряд преимуществ перед вакцинами, приготовленными из "убитых" (инактивированных) или аттенуированных ("живые", но в результате мутации утратили способность вызывать заболевание у человека) вирусов. Использование таких вакцин всегда имеет определенный риск из-за вероятности развития заболевания, связанной с наличием в ней живых и мутировавших вирусов. Эти проблемы отсутствуют, если вакцину приготавливают из синтетических полипептидов, содержащих последовательность аминокислот, которая ответственна за антигенные свойства вирусов (тем самым они стимулируют иммунную систему к выработке антител против них).
Химический синтез полипептидов заключается в последовательном ковалентном связывании аминокислот, по одной за каждый цикл реакций, начиная с С-конца по направлению к N-концу. Это означает, что по завершении каждого цикла у растущей полипептидной цепи на N-конце будет свободная аминогруппа. Чтобы образовалась новая пептидная связь между этой группой и карбоксильной группой новой аминокислоты, аминогруппа этой аминокислоты должна быть заблокирована. В противном случае она будет реагировать с другими группами или с -аминогруппой N-концевой аминокислоты растущей полипептидной цепи. Как только новая аминокислота присоединиться к полипептидной цепи, её аминогруппа должна быть деблокирована для образования следующей пептидной связи. Если такие превращения проводятся в растворе, выход синтезированного полипептида невелик. Уж очень большие потери происходят выделения и очистки продуктов реакции. Этот недостаток успешно преодолел в 1962 г. Брюс Меррифилд, предложив схему твердофазного синтеза (см. рис.1.22).
Рис.1.22. Схематическое изображение синтеза полипептида твердофазным методом
А - активирующая группа; М - остаток аминокислоты, встраиваемый в полипептидную цепь; Б - блокаторы групп в составе аминокислотного радикала; Р - блокаторы групп растущей полипептидной цепи
В соответствии с этим методом наращивание полипептидной цепи происходит на нерастворимой подложке (частицы полистиреновой смолы), с которой эта цепь ковалентно связана обычно своим С-концом. В зону синтеза последовательно вносят соответствующие аминокислоты с заблокированными аминогруппами и другие реагенты. При этом количественный выход и очистку промежуточных продуктов осуществляют простым фильтрованием и промыванием частиц смолы.
Биоинженерный способ синтеза белков и пептидов (см. метод клонирования в гл. 13).