
- •Глава 1. Структурная организация и принципы функционирования белков Основные проявления жизни - результат функционирования белков
- •Аминокислоты - главные составные части белков
- •Свойства аминокислот - основа свойств белков
- •Спектроскопические свойства аминокислот
- •Химические реакции
- •Методы разделения аминокислот
- •Аминокислота, полипептид, белок
- •Свойства белков определяются свойствами аминокислот
- •Знание иэт важно для разделения белков методом электрофореза
- •Гель-электрофорез
- •Белки выполняют роль буферных систем
- •Белки в воде образуют растворы с особыми свойствами
- •В пространственой структуре белков выделяют четыре уровня организации
- •Исследование первичной структуры белков и пептидов
- •Искусственный синтез белков и пептидов
- •Пространственная структура белковой молекулы
- •Вторичная структура белков
- •Третичная структура белков
- •Четвертичная структура белков
- •Белки чувствительны к внешним воздействиям
- •Для определения количества белков используют разные подходы
- •Белки классифицируются разными способами
- •Простые белки построены только из аминокислот
- •Сложные белки содержат небелковые компоненты
- •Глава 2. Ферменты Клинико-лабораторное значение
- •Немного истории
- •В основе классификации ферментов - тип катализируемой реакции
- •Элементы химической логики
- •В основе химических реакций лежит образование и разрыв химических связей
- •У химической реакции есть скорость и порядок
- •На пути к пониманию механизма действия фермента
- •Ферменты – биологические катализаторы белковой природы
- •Методы выделения и очистки ферментов - это методы выделения и очистки белков.
- •Пример вычисления активности фермента:
- •Для работы некоторых ферментов необходимы дополнительные небелковые соединения
- •Белковая природа определяет многие свойства ферментов
- •Повышение температуры неоднозначно влияет на активность фермента
- •Ферменты характеризуются высокой специфичностью
- •Активность фермента зависит от концентрации субстратов.
- •Важной качественной характеристикой фермента является константа Михаэлиса
- •Уравнение Михаэлиса и Ментен графически – прямоугольная гипербола
- •Примеры использования данных кинетических исследований ферментов в медицине
- •Кинетика мультисубстратных реакций
- •Скорость реакции зависит от концентрации фермента
- •Химические реакции протекают медленно
- •Ферменты превосходят другие катализаторы своей молекулярной активностью. Почему?
- •Группы активного центра фермента используют обычные химические принципы катализа
- •Реакции, катализируемые ферментами – основной объект, на который направлено действие регуляторов процессов жизнедеятельности
- •Активность ферментов можно тормозить (ингибировать)
- •Ингибиторы бывают разные: обратимые и необратимые
- •Обратимые ингибиторы могут быть конкурентными и неконкурентными
- •Конкурентные ингибиторы не всегда структурно подобны субстрату.
- •Конкурентные ингибиторы не влияют на Vmax, они понижают Км.
- •Принципы конкурентного торможения находят применение в медицинской практике.
- •Смешанные неконкурентные ингибиторы
- •Кинетика смешанных неконкурентных ингибиторов
- •Неконкурентные ингибиторы не могут связаться со свободным ферментом.
- •Неконкурентных ингибиторы неактивны при низких концентрациях субстрата.
- •Торможение продуктом реакции- пример конкурентного торможения.
- •Субстрат может быть ингибитором фермента
- •Кинетика многих ферментов не подчиняется принципам кинетики Михаэлиса и Ментен
- •У аллостерических ферментов особые свойства
- •Две модели объясняют механизмы аллостерии.
- •В основе связывания субстрата - индуцированное взаимодействие.
- •Изменение конформации одной субъединицы индуцирует изменения структуры другой
- •Какая гипотеза является правильной?
- •Ферменты неравномерно распределены внутри клеток
- •Доступность субстрата или кофактора - важный элемент регуляции активности ферментов
- •Нарушение функции фермента вызывает болезнь.
- •Энзимопатии следствие ошибок в синтезе белков.
- •Исследование активности ферментов помогает врачу в диагностике болезней.
- •Некоторые примеры использования измерения активности ферментов в диагностике
- •Определение концентрации субстратов возможно при помощи ферментов.
- •Ферменты можно использовать как лекарственные препараты.
- •Рибозимы –исключение , подтверждающее правило.
- •Методы молекулярной инженерии позволяют конструировать новые ферменты
- •Глава 3. Витамины
- •Классификация витаминов
- •Нарушение баланса витаминов в организме
- •Потребность организма человека в витаминах.
- •Причины дисбаланса витаминов в организме.
- •Межвитаминные взаимоотношения
- •Витамин в1 (Tиамин. Антиневритный витамин)
- •Витамин в2(Рибофлавин).
- •Пантотеновая кислота (витамин в3).
- •Витамин рр (Витамин в5 , никотиновая кислота, никотинамид, ниацин). Антипеллагрический витамин.
- •Гомоцис- Серин Цистатионин α-кетобутират Цистеин
- •Фолиевая кислота (Фолацин. Витамин в9. Витамин вс).
- •Фолиевая кислота
- •Метилен-тгфк- Метилен-тгфк-
- •Биотин (витамин н).
- •Пропионил-КоА метилмалонил-КоА
- •Метилмалонил-КоА пируват пропионил-КоА оксалацетат
- •Витамин с (аскорбиновая кислота), антицинготный
- •Остаток глутаминовой кислоты Остаток γ-карбоксиглутаминовой кислоты
- •Рибосомы на мембране эндо-
- •Сигнальный пептид
- •Витаминоподобные соединения Витамин f (эссенциальные жирные кислоты)
- •Инозит(Витамин в8)
- •Карнитин
- •Липоевая кислота (витамин n)
- •Пара-Аминобензойная кислота.
- •Витамин u
- •Холин (витамин в4).
- •Ацетилхолинэстераза н2о
- •Глава 4. Введение в термодинамику Биомедицинское значение.
- •Биоэнергетика- составная часть термодинамики
- •Функции состояния системы.
- •Первый закон термодинамики утверждает энергия вселенной не исчезает
- •Второй закон термодинамики указывает на вероятность и направление процесса
- •Свободная энергия и концентрация. Стандартное состояние в биологических реакциях.
- •Изменение свободной энергии и константа равновесия.
- •Примеры вычисления констант равновесия и изменений свободной энергии
- •Сопряженные реакции лежат в основе многих химических процессов в клетке.
- •«Энергетической валютой» клетки является атф
Сопряженные реакции лежат в основе многих химических процессов в клетке.
Две или несколько реакций в клетке иногда могут быть сопряжены таким образом, что общее изменение суммы их свободных энергий может обеспечить проведение процесса в благоприятном с позиций термодинамики направлении. В этих условиях изменение общей свободной энергии процесса – сумма индивидуальных изменений свободных энергий каждой реакции. Такой принцип сопряженных реакций действует на всех уровнях внутриклеточного обмена.
Посмотрим это на примере реакции фосфорилирования глюкозы - одной из важнейших клеточных реакций, с которой начинается использование глюкозы в клетке.
Глюкоза + Фн глюкоза-6-фосфат + H2O
Go' этой реакции + 14 кДж/моль, что указывает на невозможность самопроизвольного протекания этой реакции. Это эндэргоническая реакция. Однако эту реакцию можно представить в виде двух реакций
Глюкоза + Фн глюкоза-6-фосфат + H2O Go' =+ 14 кДж/моль
ATФ + H2O AДФ + Фн, G = - 31 kДж/моль, Это выраженная экзэргоническая реакция.
При суммировании двух реакций:
Глюкоза + ATФ глюкоза-6-фосфат + AДФ Go' = - 17 kДж/моль, что указывает на термодинамически благоприятное протекание реакции. Эта реакция катализируется в клетке ферментом гексокиназой
Таким образом, в обеспечении протекания в благоприятном с позиций термодинамики направлении реакций в клетке особую роль приобретают молекулы, реакция гидролиза которых характеризуется высокими отрицательными значениями G. Такие соединения получили название макроэргических (высокоэнергетических) соединений или макроэргов.
Ведущие макроэрги в клетке - соединения, содержащие макроэргическую фосфатную группу.
Наиболее
популярными макроэргами в клетке
являются соединения,
содержащие макроэргическую фосфатную
группу.
Для обозначения такой группы был введен
специальный
символ «~ Р» или «~Ф» означающий наличие
макроэргической эфирной связи. Гидролиз
фосфатной группы может сопровождаться
изменением свободной энергии в диапазоне
от -10 до -62kДж/моль.
(рис. ). Такие величины изменений
свободной энергии связаны с особенностями
строения этих молекул, что выражается
в:
Резонансной стабилизация фосфатсодержащих продуктов реакции.
На рисунке сверху показана резонансная стабилизация ортофосфата, HPO42- (сокращенно Фн). Существуют множественные резонансные формы, имеющие равную энергию, но они не все реализуются, когда фосфорнокислая группа связана в сложном эфире, типа ATP. Если же Фн высвобождается при гидролизе, множественные резонансные формы увеличивают полную энтропию системы, энергетически благоприятствуя процессу.
Дополнительной гидратации продуктов гидролиза. Высвобождение Фн создает большие возможности для гидратации. Гидратация - энергетически благоприятное состояние.
Электростатическом отталкивании между заряженными продуктами- Если оба прод
укта гидролиза отрицательно заряжены (например, АДФ и Фн при гидролизе АТФ), отталкивание ионизированных продуктов способствует гидролизу. Заряженные фосфатные группы вATФ тесно расположены друг около друга. Часть этого неблагоприятного электростатического взаимодействия уменьшается при превращенииATФ вAДФ; Равное количество освобождается, когда АДФ преобразуется в АМФ. Гидролиз АДФ имеет такжеGo'= - 31kДж/моль.
Повышенной резонансной стабилизации или таутомеризации продуктов реакции. - Гидролизу способствуют молекулы, способные принимать множественные молекулярные формы. Например, пировиноградная кислота имеет две молекулярные формы, в то время как фосфоенолпируват - только одну
Высвобождении протонов в окружающую среду– высвобождаемые протоны при некоторых реакциях гидролиза (см рис ) оказывают влияние на реакцию.
Таблица 4-6. Стандартная свободная энергия гидролиза некоторых органических фосфатов, используемых в клетке.
Соединение |
Go’ кДж/моль |
Фосфоенолпируват |
-61.9 |
Карбамоилфосфат |
-51.4 |
1,3 дифосфоглицерат |
-49.3 |
Креатинфосфат |
-43.1 |
АТФ→ АДФ+ Фн |
-30.5 |
АДФ→АМФ+Фн |
-27.6 |
Пирофосфат |
-27.6 |
Глюкоза-1-фосфат |
-20.9 |
Фруктоза-6-фосфат |
-15.9 |
АМФ |
-14.2 |
Глюкоза-6-фосфат |
-13.8 |
Глицерол-3-фосфат |
-9.2 |
.
Рис. 4-4. Реакции гидролиза некоторых биохимически важных фосфат содержащих соединений.
Как видно из таблицы 4-6 и рис. 4-4 молекула АТФ разделяет все соединения с фосфоэфирной связью на две группы. Одна группа, расположенная на рис. 4-4 выше АТФ, имеет значения Go’ значительно более высокие, чем у АТФ. Эту группу макроэргов можно разделить по типу химической связи на
ангидриды (АТФ, АДФ, 1,3 дифосфоглицерат);
енолфосфаты (фосфоенолпируват);
фосфогуанидины( креатинфосфат, аргининфосфат);
тиоловые эфиры (ацетил- КоА);
Соединения, расположенные ниже АТФ отличаются более низкими значениями Go’ и как правило не называются макроэргами.