
- •Глава 1. Структурная организация и принципы функционирования белков Основные проявления жизни - результат функционирования белков
- •Аминокислоты - главные составные части белков
- •Свойства аминокислот - основа свойств белков
- •Спектроскопические свойства аминокислот
- •Химические реакции
- •Методы разделения аминокислот
- •Аминокислота, полипептид, белок
- •Свойства белков определяются свойствами аминокислот
- •Знание иэт важно для разделения белков методом электрофореза
- •Гель-электрофорез
- •Белки выполняют роль буферных систем
- •Белки в воде образуют растворы с особыми свойствами
- •В пространственой структуре белков выделяют четыре уровня организации
- •Исследование первичной структуры белков и пептидов
- •Искусственный синтез белков и пептидов
- •Пространственная структура белковой молекулы
- •Вторичная структура белков
- •Третичная структура белков
- •Четвертичная структура белков
- •Белки чувствительны к внешним воздействиям
- •Для определения количества белков используют разные подходы
- •Белки классифицируются разными способами
- •Простые белки построены только из аминокислот
- •Сложные белки содержат небелковые компоненты
- •Глава 2. Ферменты Клинико-лабораторное значение
- •Немного истории
- •В основе классификации ферментов - тип катализируемой реакции
- •Элементы химической логики
- •В основе химических реакций лежит образование и разрыв химических связей
- •У химической реакции есть скорость и порядок
- •На пути к пониманию механизма действия фермента
- •Ферменты – биологические катализаторы белковой природы
- •Методы выделения и очистки ферментов - это методы выделения и очистки белков.
- •Пример вычисления активности фермента:
- •Для работы некоторых ферментов необходимы дополнительные небелковые соединения
- •Белковая природа определяет многие свойства ферментов
- •Повышение температуры неоднозначно влияет на активность фермента
- •Ферменты характеризуются высокой специфичностью
- •Активность фермента зависит от концентрации субстратов.
- •Важной качественной характеристикой фермента является константа Михаэлиса
- •Уравнение Михаэлиса и Ментен графически – прямоугольная гипербола
- •Примеры использования данных кинетических исследований ферментов в медицине
- •Кинетика мультисубстратных реакций
- •Скорость реакции зависит от концентрации фермента
- •Химические реакции протекают медленно
- •Ферменты превосходят другие катализаторы своей молекулярной активностью. Почему?
- •Группы активного центра фермента используют обычные химические принципы катализа
- •Реакции, катализируемые ферментами – основной объект, на который направлено действие регуляторов процессов жизнедеятельности
- •Активность ферментов можно тормозить (ингибировать)
- •Ингибиторы бывают разные: обратимые и необратимые
- •Обратимые ингибиторы могут быть конкурентными и неконкурентными
- •Конкурентные ингибиторы не всегда структурно подобны субстрату.
- •Конкурентные ингибиторы не влияют на Vmax, они понижают Км.
- •Принципы конкурентного торможения находят применение в медицинской практике.
- •Смешанные неконкурентные ингибиторы
- •Кинетика смешанных неконкурентных ингибиторов
- •Неконкурентные ингибиторы не могут связаться со свободным ферментом.
- •Неконкурентных ингибиторы неактивны при низких концентрациях субстрата.
- •Торможение продуктом реакции- пример конкурентного торможения.
- •Субстрат может быть ингибитором фермента
- •Кинетика многих ферментов не подчиняется принципам кинетики Михаэлиса и Ментен
- •У аллостерических ферментов особые свойства
- •Две модели объясняют механизмы аллостерии.
- •В основе связывания субстрата - индуцированное взаимодействие.
- •Изменение конформации одной субъединицы индуцирует изменения структуры другой
- •Какая гипотеза является правильной?
- •Ферменты неравномерно распределены внутри клеток
- •Доступность субстрата или кофактора - важный элемент регуляции активности ферментов
- •Нарушение функции фермента вызывает болезнь.
- •Энзимопатии следствие ошибок в синтезе белков.
- •Исследование активности ферментов помогает врачу в диагностике болезней.
- •Некоторые примеры использования измерения активности ферментов в диагностике
- •Определение концентрации субстратов возможно при помощи ферментов.
- •Ферменты можно использовать как лекарственные препараты.
- •Рибозимы –исключение , подтверждающее правило.
- •Методы молекулярной инженерии позволяют конструировать новые ферменты
- •Глава 3. Витамины
- •Классификация витаминов
- •Нарушение баланса витаминов в организме
- •Потребность организма человека в витаминах.
- •Причины дисбаланса витаминов в организме.
- •Межвитаминные взаимоотношения
- •Витамин в1 (Tиамин. Антиневритный витамин)
- •Витамин в2(Рибофлавин).
- •Пантотеновая кислота (витамин в3).
- •Витамин рр (Витамин в5 , никотиновая кислота, никотинамид, ниацин). Антипеллагрический витамин.
- •Гомоцис- Серин Цистатионин α-кетобутират Цистеин
- •Фолиевая кислота (Фолацин. Витамин в9. Витамин вс).
- •Фолиевая кислота
- •Метилен-тгфк- Метилен-тгфк-
- •Биотин (витамин н).
- •Пропионил-КоА метилмалонил-КоА
- •Метилмалонил-КоА пируват пропионил-КоА оксалацетат
- •Витамин с (аскорбиновая кислота), антицинготный
- •Остаток глутаминовой кислоты Остаток γ-карбоксиглутаминовой кислоты
- •Рибосомы на мембране эндо-
- •Сигнальный пептид
- •Витаминоподобные соединения Витамин f (эссенциальные жирные кислоты)
- •Инозит(Витамин в8)
- •Карнитин
- •Липоевая кислота (витамин n)
- •Пара-Аминобензойная кислота.
- •Витамин u
- •Холин (витамин в4).
- •Ацетилхолинэстераза н2о
- •Глава 4. Введение в термодинамику Биомедицинское значение.
- •Биоэнергетика- составная часть термодинамики
- •Функции состояния системы.
- •Первый закон термодинамики утверждает энергия вселенной не исчезает
- •Второй закон термодинамики указывает на вероятность и направление процесса
- •Свободная энергия и концентрация. Стандартное состояние в биологических реакциях.
- •Изменение свободной энергии и константа равновесия.
- •Примеры вычисления констант равновесия и изменений свободной энергии
- •Сопряженные реакции лежат в основе многих химических процессов в клетке.
- •«Энергетической валютой» клетки является атф
Свободная энергия и концентрация. Стандартное состояние в биологических реакциях.
Чтобы термодинамические данные можно было использовать при химических расчетах, необходимы какие-то состояния элементов или соединений принять за стандартные. Для реакций, протекающих в растворе, таким условием является 1 М концентрация реагирующих веществ. Стандартная свободная энергия обозначается символом:
Go
Свободная энергия любого компонента реакции (Х) связана со стандартной свободной энергией следующим образом:
G = Go + RTln[X] (6)
Из уравнения 6 можно увидеть, что если компонент X, или любой другой компонент присутствует в концентрации 1M, то ln [1] равен нулю и:
G = Go (7)
Полезность вычислений свободной энергии может быть показана при рассмотрении диффузии вещества через мембрану. Рассмотрим перемещающуюся молекулу с одной стороны мембраны, через которую она может пройти (область 1) на другую (область 2). Свободная энергия движущейся Aиз области 1 описывается
G1 = Go + RTln[А]1
Свободная энергия движущейся Aв область 2
G2 = Go + RTln[А]2
Итого,
G
= G1
+ G2
=RT (ln[A]2+
ln[A]1)=
RTln{[A]2/[A]1}
Рис 4-3. Схема процесса диффузии частиц через мембрану по градиенту концентрации.
Таким образом, если концентрация в области 2 более низкая, чем в области 1, значение G отрицательно и процесс термодинамически благоприятен. С другой стороны, если концентрация в области 2 выше чем в области 1, G положительна и процесс термодинамически не благоприятен.
Изменение свободной энергии и константа равновесия.
Если свободная энергия - функция состояния, то G реакции зависит лишь от свободной энергии исходного состояния (реагентов) и свободной энергии конечного состояния (продуктов):
G = G(продукты) - G(реагенты)
Возьмем реакцию aA+bB<=>cC+dD, гдеa- число молей компонентаA,b- число молей компонентаB, и т.д.
Используя вышеприведенное уравнение и обозначив условия стандартного состояния одним символом Go, получаем
G = Go + RT ln {([C]c[D]d)/([A]a[B]b)}
Упрощая (и запомнив, что концентрация продуктов и реагентов должны выражаться в одинаковых величинах) получаем следующее общее уравнение для определения G при любых состояниях, гдеGo- изменение свободной энергии для стандартного состояния (1M):
G = Go + RT ln{[продукты]/[реагенты]}
При равновесии константа равновесия Kдля реакции определяется как
K = {([C]c[D]d)/([A]a[B]b)}
Отметив, что при равновесии G= 0, получаем
0 = Go + RT ln K,
-Go
= RT lnK,
или
Примеры вычисления констант равновесия и изменений свободной энергии
Вычислим изменение свободной энергии одной из важнейших реакций в биохимии.
- гидролиза ATФ
ATФ-4 + H2O AДФ-3 + HPO4-2 + H+
Свободная энергия для этой реакции
Проведем некоторые преобразования в формуле
G =Go + RT ln{([AДФ3-][HPO42-]) / ([ATФ4-])} + RT ln{[H+]/[H2O]}
Из формулы видно, что pHраствора, в котором проводится реакция, оказывает влияние на равновесие реакции. Учитывая факт, что все реакции в клетке проходят в водной среде и что [H2O] и [H+] (RTln{[H+] / [H2O]}) по существу постоянны, эти значения при вычислении свободной энергии, включаются в уравнение свободной энергии. При этом вводится новое стандартное изменение свободной энергииGo':
Go' = Go + RTln{[H+]/[H2O]}
Для дальнейшего упрощения принимаем :
AДФ вместо AДФ-3
ATФ, вместо ATФ-4
Фн, вместо HPO4-2.
И
получаем уравнение изменения свободной
энергии для этой реакции.
Теперь мы можем приступить к конкретным вычислениям.
1. Если равновесная концентрация АТФ = 1x10-7M,AДФ = 0.165Mи Фн = 0.1M, какова константа равновесия иGo'для гидролиза АТФ при 37oC?.
Используем данные для расчета Keq
Используем величину Keq для расчета Go'
Go'= -RTlnKeq
Go'= - 8.314x10-3кДж/мольx310oxln(1.65x105)
Go'= -31 кДж/моль.
2. Какова свободная энергия гидролизаATФ при типичных для клетки условиях: температура 37oC, концентрации АТФ= 8x10-3M,AДФ = 1x10-3M, и Фн = 8x10-3M.?
Примечание:
1.Принимаемые за стандартные, концентрации реагирующих веществ в 1М не встречаются в биологических системах. Поэтому следует сделать следующие замечания по поводу используемых обозначений изменения свободной энергии:
G - Изменение общей свободной энергии для реакции при любых состояниях
Go - Свободная энергия при нормальных условиях (все концентрации 1M)
Go', Изменение свободной энергии при стандартных биологических состояниях (все концентрации 1M, [H2O] = постоянно, иpH= 7.0)
Положительное Gданной реакции может указывать на невозможность самопроизвольного ее протекания, но условия в клетке могут сделать общееG для реакции отрицательной.
2. G и толькоG (!) определяет, является ли данная реакция термодинамически благоприятной. Знаки Goили Go' не определяют направление продолжения реакции.
G зависит от температуры (G=H-TS). Это может быть важным фактором для данной реакции, встречающейся у различных организмов, живущих в различных температурных условиях.