
- •Глава 1. Структурная организация и принципы функционирования белков Основные проявления жизни - результат функционирования белков
- •Аминокислоты - главные составные части белков
- •Свойства аминокислот - основа свойств белков
- •Спектроскопические свойства аминокислот
- •Химические реакции
- •Методы разделения аминокислот
- •Аминокислота, полипептид, белок
- •Свойства белков определяются свойствами аминокислот
- •Знание иэт важно для разделения белков методом электрофореза
- •Гель-электрофорез
- •Белки выполняют роль буферных систем
- •Белки в воде образуют растворы с особыми свойствами
- •В пространственой структуре белков выделяют четыре уровня организации
- •Исследование первичной структуры белков и пептидов
- •Искусственный синтез белков и пептидов
- •Пространственная структура белковой молекулы
- •Вторичная структура белков
- •Третичная структура белков
- •Четвертичная структура белков
- •Белки чувствительны к внешним воздействиям
- •Для определения количества белков используют разные подходы
- •Белки классифицируются разными способами
- •Простые белки построены только из аминокислот
- •Сложные белки содержат небелковые компоненты
- •Глава 2. Ферменты Клинико-лабораторное значение
- •Немного истории
- •В основе классификации ферментов - тип катализируемой реакции
- •Элементы химической логики
- •В основе химических реакций лежит образование и разрыв химических связей
- •У химической реакции есть скорость и порядок
- •На пути к пониманию механизма действия фермента
- •Ферменты – биологические катализаторы белковой природы
- •Методы выделения и очистки ферментов - это методы выделения и очистки белков.
- •Пример вычисления активности фермента:
- •Для работы некоторых ферментов необходимы дополнительные небелковые соединения
- •Белковая природа определяет многие свойства ферментов
- •Повышение температуры неоднозначно влияет на активность фермента
- •Ферменты характеризуются высокой специфичностью
- •Активность фермента зависит от концентрации субстратов.
- •Важной качественной характеристикой фермента является константа Михаэлиса
- •Уравнение Михаэлиса и Ментен графически – прямоугольная гипербола
- •Примеры использования данных кинетических исследований ферментов в медицине
- •Кинетика мультисубстратных реакций
- •Скорость реакции зависит от концентрации фермента
- •Химические реакции протекают медленно
- •Ферменты превосходят другие катализаторы своей молекулярной активностью. Почему?
- •Группы активного центра фермента используют обычные химические принципы катализа
- •Реакции, катализируемые ферментами – основной объект, на который направлено действие регуляторов процессов жизнедеятельности
- •Активность ферментов можно тормозить (ингибировать)
- •Ингибиторы бывают разные: обратимые и необратимые
- •Обратимые ингибиторы могут быть конкурентными и неконкурентными
- •Конкурентные ингибиторы не всегда структурно подобны субстрату.
- •Конкурентные ингибиторы не влияют на Vmax, они понижают Км.
- •Принципы конкурентного торможения находят применение в медицинской практике.
- •Смешанные неконкурентные ингибиторы
- •Кинетика смешанных неконкурентных ингибиторов
- •Неконкурентные ингибиторы не могут связаться со свободным ферментом.
- •Неконкурентных ингибиторы неактивны при низких концентрациях субстрата.
- •Торможение продуктом реакции- пример конкурентного торможения.
- •Субстрат может быть ингибитором фермента
- •Кинетика многих ферментов не подчиняется принципам кинетики Михаэлиса и Ментен
- •У аллостерических ферментов особые свойства
- •Две модели объясняют механизмы аллостерии.
- •В основе связывания субстрата - индуцированное взаимодействие.
- •Изменение конформации одной субъединицы индуцирует изменения структуры другой
- •Какая гипотеза является правильной?
- •Ферменты неравномерно распределены внутри клеток
- •Доступность субстрата или кофактора - важный элемент регуляции активности ферментов
- •Нарушение функции фермента вызывает болезнь.
- •Энзимопатии следствие ошибок в синтезе белков.
- •Исследование активности ферментов помогает врачу в диагностике болезней.
- •Некоторые примеры использования измерения активности ферментов в диагностике
- •Определение концентрации субстратов возможно при помощи ферментов.
- •Ферменты можно использовать как лекарственные препараты.
- •Рибозимы –исключение , подтверждающее правило.
- •Методы молекулярной инженерии позволяют конструировать новые ферменты
- •Глава 3. Витамины
- •Классификация витаминов
- •Нарушение баланса витаминов в организме
- •Потребность организма человека в витаминах.
- •Причины дисбаланса витаминов в организме.
- •Межвитаминные взаимоотношения
- •Витамин в1 (Tиамин. Антиневритный витамин)
- •Витамин в2(Рибофлавин).
- •Пантотеновая кислота (витамин в3).
- •Витамин рр (Витамин в5 , никотиновая кислота, никотинамид, ниацин). Антипеллагрический витамин.
- •Гомоцис- Серин Цистатионин α-кетобутират Цистеин
- •Фолиевая кислота (Фолацин. Витамин в9. Витамин вс).
- •Фолиевая кислота
- •Метилен-тгфк- Метилен-тгфк-
- •Биотин (витамин н).
- •Пропионил-КоА метилмалонил-КоА
- •Метилмалонил-КоА пируват пропионил-КоА оксалацетат
- •Витамин с (аскорбиновая кислота), антицинготный
- •Остаток глутаминовой кислоты Остаток γ-карбоксиглутаминовой кислоты
- •Рибосомы на мембране эндо-
- •Сигнальный пептид
- •Витаминоподобные соединения Витамин f (эссенциальные жирные кислоты)
- •Инозит(Витамин в8)
- •Карнитин
- •Липоевая кислота (витамин n)
- •Пара-Аминобензойная кислота.
- •Витамин u
- •Холин (витамин в4).
- •Ацетилхолинэстераза н2о
- •Глава 4. Введение в термодинамику Биомедицинское значение.
- •Биоэнергетика- составная часть термодинамики
- •Функции состояния системы.
- •Первый закон термодинамики утверждает энергия вселенной не исчезает
- •Второй закон термодинамики указывает на вероятность и направление процесса
- •Свободная энергия и концентрация. Стандартное состояние в биологических реакциях.
- •Изменение свободной энергии и константа равновесия.
- •Примеры вычисления констант равновесия и изменений свободной энергии
- •Сопряженные реакции лежат в основе многих химических процессов в клетке.
- •«Энергетической валютой» клетки является атф
У химической реакции есть скорость и порядок
А. Реакции первого порядка. Рассмотрим самую простую реакцию необратимого превращения S P . Однонаправленная стрелка указывает на то, что обратная реакция протекает очень медленно и равновесие сдвинуто вправо. Скорость такой реакции - это скорость образования продукта
V = d[P] /dt
Единица скорости такой реакции - моль/л/с, если P - молярная концентрация вещества P.
Образование P будет сопровождаться снижением количества S, и следовательно, скорость можно определить по уменьшению количества S:
V = -d [S] /dt
Превращение каждой молекулы S в P - независимое событие. Поэтому по мере снижения концентрации S будет снижаться и скорость реакции, т.е. скорость реакции будет пропорциональна концентрации S. Суммируя, можно утверждать, что
V = d [P] /dT = -d [S] /dT = k1 [S]
В этом уравнении k1 - это константа скорости реакции. Единица измерения константы скорости приведенной реакции секунда-1. В уравнении скорости большая информация содержится в показателе степени при концентрациях реагирующих веществ. В приведенных примерах этот показатель равен единице, это означает, что ее скорость в первую очередь зависит от концентрации субстрата. Если значение k1 большое, реакция протекает быстро, а если - маленькое, реакция протекает медленно. Реакции такого типа называют реакциями первого порядка. График этого уравнения (Рис 2-2) показывает, что концентрация снижается по
Рис 2-2. Изменение концентрации реагирующего вещества во времени. Справа изменения концентрации выражены в логарифмической шкале
экспоненте во времени. Количество времени, необходимого для уменьшения концентрации S в 2 раза, называется периодом полураспада и обозначается t1/2. Период полураспада обратно пропорционален k1.
График ln[S] против t, как показано на Рис 2-2 справа , будет всегда прямой линией с наклоном = -k1, если это реакция первого порядка.
Наиболее широко приводимый пример реакции первого порядка - распад радиоактивных элементов.
Описанный выше подход нельзя полностью применить к реакциям, протекающим в биологических системах, где многие реакции и процессы являются обратимыми. Это означает, что по мере накопления продукта приобретает значение обратная реакция. Например, в реакции S < = > P, константа прямой реакции, k1 определяет реакцию, идущую вправо, а константа обратной реакции, k -1 определяет реакцию, идущую влево.
Поскольку молекула Sиспользуется в реакции идущей вправо и образуется в реакции идущей влево, то соответствующее уравнение скорости
-V = d[S]/dt = -k1[S] + k-1[P]
Здесь, k1 и k-1 - константы скорости для прямой и обратной реакций первого порядка. Такая реакция постепенно приближается к состоянию равновесия, при котором скорости прямой и обратной реакции становятся равными, а скорость суммарной реакции становится равной нулю
0 = -k1[S]равн + k-1[P]равн или
[P]равн/[S]равн = k1/k-1 = K
где K - константа равновесия. Для обратимой реакции, которая является реакцией первого порядка в обоих направлениях, константа равновесия - всегда отношение констант прямой и обратной реакции.
Б. Реакции второго порядка. Реакции первого порядка описывают изменения индивидуальных молекул. Но многие биохимические реакции включают взаимодействия между несколькими молекулами
Реакции второго порядка характерны для взаимодействия двух молекул, которое заканчивается образованием одного продукта. Простейший пример
S+S S2
Скорость такой реакции пропорциональна квадрату концентрации реагирующих молекул. Поэтому
V = -d[S]/dt = -k2[S]2
Здесь k2 константа скорости реакции второго порядка. Она имеет размерность (моль/л)-1s-1.
В случае, если один из участников реакции присутствует в избытке и изменения его в ходе реакции незначительны (например, реакции гидролиза) выделяют реакции псевдо первого порядка.
Порядок данной реакции можно определить, если построить график зависимости начальной скорости реакции от различных стартовых концентраций ([S]0). На рис 2-3 представлены такие графики для реакций нулевого, первого и второго порядков.
Еще более сложный род реакций включает комплексные многоступенчатые процессы. Мы не затрагиваем их кинетику, хотя мы потом увидим, что реакции, катализируемые ферментами, если их анализировать в деталях, в целом более сложны, чем описанные выше. Довольно часто анализ схем многоступенчатых процессов позволяет упростить их введением понятия «ключевая реакция». В ряде случаев скорость реакции не зависит от текущей концентрации реагента. Тогда говорят о нулевой степени этой концентрации, данную реакцию относят к реакциям нулевого порядка
Рис 2-3. График зависимости начальной скорости реакции от различных стартовых концентраций ([S]0).
.