
- •Глава 1. Структурная организация и принципы функционирования белков Основные проявления жизни - результат функционирования белков
- •Аминокислоты - главные составные части белков
- •Свойства аминокислот - основа свойств белков
- •Спектроскопические свойства аминокислот
- •Химические реакции
- •Методы разделения аминокислот
- •Аминокислота, полипептид, белок
- •Свойства белков определяются свойствами аминокислот
- •Знание иэт важно для разделения белков методом электрофореза
- •Гель-электрофорез
- •Белки выполняют роль буферных систем
- •Белки в воде образуют растворы с особыми свойствами
- •В пространственой структуре белков выделяют четыре уровня организации
- •Исследование первичной структуры белков и пептидов
- •Искусственный синтез белков и пептидов
- •Пространственная структура белковой молекулы
- •Вторичная структура белков
- •Третичная структура белков
- •Четвертичная структура белков
- •Белки чувствительны к внешним воздействиям
- •Для определения количества белков используют разные подходы
- •Белки классифицируются разными способами
- •Простые белки построены только из аминокислот
- •Сложные белки содержат небелковые компоненты
- •Глава 2. Ферменты Клинико-лабораторное значение
- •Немного истории
- •В основе классификации ферментов - тип катализируемой реакции
- •Элементы химической логики
- •В основе химических реакций лежит образование и разрыв химических связей
- •У химической реакции есть скорость и порядок
- •На пути к пониманию механизма действия фермента
- •Ферменты – биологические катализаторы белковой природы
- •Методы выделения и очистки ферментов - это методы выделения и очистки белков.
- •Пример вычисления активности фермента:
- •Для работы некоторых ферментов необходимы дополнительные небелковые соединения
- •Белковая природа определяет многие свойства ферментов
- •Повышение температуры неоднозначно влияет на активность фермента
- •Ферменты характеризуются высокой специфичностью
- •Активность фермента зависит от концентрации субстратов.
- •Важной качественной характеристикой фермента является константа Михаэлиса
- •Уравнение Михаэлиса и Ментен графически – прямоугольная гипербола
- •Примеры использования данных кинетических исследований ферментов в медицине
- •Кинетика мультисубстратных реакций
- •Скорость реакции зависит от концентрации фермента
- •Химические реакции протекают медленно
- •Ферменты превосходят другие катализаторы своей молекулярной активностью. Почему?
- •Группы активного центра фермента используют обычные химические принципы катализа
- •Реакции, катализируемые ферментами – основной объект, на который направлено действие регуляторов процессов жизнедеятельности
- •Активность ферментов можно тормозить (ингибировать)
- •Ингибиторы бывают разные: обратимые и необратимые
- •Обратимые ингибиторы могут быть конкурентными и неконкурентными
- •Конкурентные ингибиторы не всегда структурно подобны субстрату.
- •Конкурентные ингибиторы не влияют на Vmax, они понижают Км.
- •Принципы конкурентного торможения находят применение в медицинской практике.
- •Смешанные неконкурентные ингибиторы
- •Кинетика смешанных неконкурентных ингибиторов
- •Неконкурентные ингибиторы не могут связаться со свободным ферментом.
- •Неконкурентных ингибиторы неактивны при низких концентрациях субстрата.
- •Торможение продуктом реакции- пример конкурентного торможения.
- •Субстрат может быть ингибитором фермента
- •Кинетика многих ферментов не подчиняется принципам кинетики Михаэлиса и Ментен
- •У аллостерических ферментов особые свойства
- •Две модели объясняют механизмы аллостерии.
- •В основе связывания субстрата - индуцированное взаимодействие.
- •Изменение конформации одной субъединицы индуцирует изменения структуры другой
- •Какая гипотеза является правильной?
- •Ферменты неравномерно распределены внутри клеток
- •Доступность субстрата или кофактора - важный элемент регуляции активности ферментов
- •Нарушение функции фермента вызывает болезнь.
- •Энзимопатии следствие ошибок в синтезе белков.
- •Исследование активности ферментов помогает врачу в диагностике болезней.
- •Некоторые примеры использования измерения активности ферментов в диагностике
- •Определение концентрации субстратов возможно при помощи ферментов.
- •Ферменты можно использовать как лекарственные препараты.
- •Рибозимы –исключение , подтверждающее правило.
- •Методы молекулярной инженерии позволяют конструировать новые ферменты
- •Глава 3. Витамины
- •Классификация витаминов
- •Нарушение баланса витаминов в организме
- •Потребность организма человека в витаминах.
- •Причины дисбаланса витаминов в организме.
- •Межвитаминные взаимоотношения
- •Витамин в1 (Tиамин. Антиневритный витамин)
- •Витамин в2(Рибофлавин).
- •Пантотеновая кислота (витамин в3).
- •Витамин рр (Витамин в5 , никотиновая кислота, никотинамид, ниацин). Антипеллагрический витамин.
- •Гомоцис- Серин Цистатионин α-кетобутират Цистеин
- •Фолиевая кислота (Фолацин. Витамин в9. Витамин вс).
- •Фолиевая кислота
- •Метилен-тгфк- Метилен-тгфк-
- •Биотин (витамин н).
- •Пропионил-КоА метилмалонил-КоА
- •Метилмалонил-КоА пируват пропионил-КоА оксалацетат
- •Витамин с (аскорбиновая кислота), антицинготный
- •Остаток глутаминовой кислоты Остаток γ-карбоксиглутаминовой кислоты
- •Рибосомы на мембране эндо-
- •Сигнальный пептид
- •Витаминоподобные соединения Витамин f (эссенциальные жирные кислоты)
- •Инозит(Витамин в8)
- •Карнитин
- •Липоевая кислота (витамин n)
- •Пара-Аминобензойная кислота.
- •Витамин u
- •Холин (витамин в4).
- •Ацетилхолинэстераза н2о
- •Глава 4. Введение в термодинамику Биомедицинское значение.
- •Биоэнергетика- составная часть термодинамики
- •Функции состояния системы.
- •Первый закон термодинамики утверждает энергия вселенной не исчезает
- •Второй закон термодинамики указывает на вероятность и направление процесса
- •Свободная энергия и концентрация. Стандартное состояние в биологических реакциях.
- •Изменение свободной энергии и константа равновесия.
- •Примеры вычисления констант равновесия и изменений свободной энергии
- •Сопряженные реакции лежат в основе многих химических процессов в клетке.
- •«Энергетической валютой» клетки является атф
Белки классифицируются разными способами
Большое число белков и их многообразие требует создания классификации белков. К сожалению, обычные принципы классификации, используемые в химии не могут быть использованы в приложении к белкам. Чаще всего пользуются функциональной классификацией, разделяя их по выполняемым ими функциям (см выше). Можно разделить белки по степени сложности их молекул на простые и сложные. Простые построены только из аминокислот, а сложные содержат в своем составе дополнительные небелковые группы. Такие группы называют простетическими. По форме белковой молекулы белки делят на глобулярные (шаровидные) и фибриллярные (нитевидные). По растворимости в воде выделяют водорастворимые, солерастворимые, нерастворимые в воде. Последние характерны для биологических мембран.
Простые белки построены только из аминокислот
Водорастворимые представители простых белков обычно имеют глобулярную форму. Форма их описывается моделью "элипсоид вращения". Соотношение осей в таком элипсоиде может колебаться в широких пределах. Простые белки такого типа обычно находятся в биологических жидкостях, выполняют транспортные функции, являются ферментами и т.д. На основании различной растворимости простых белков в воде и солевых растворах различают альбумины и глобулины.
Глобулины при высаливании осаждаются при относительно низких концентрациях солей, а альбумины - при более высоких. Альбумины имеют более низкую молекулярную массу, глобулины более разнообразны, с широким пределом колебаний молекулярной массы - от нескольких десятков тысяч до миллионов. Альбумины выполняют, в основном, транспортную функцию, а у глобулинов более широкий спектр функций. Это и транспорт веществ, и катализ реакций (ферменты крови), и защитная функция (иммуноглобулины). В крови поддерживается постоянным отношение альбуминов к глобулинам (коэффициент равен 1.7-2.3).
Водонерастворимые простые белки имеют форму нитей. Их называют фибриллярными. Им присуща структурная функция. Они выделены из кожи, костей, сухожилий и других разновидностей соединительной ткани. Эта ткань образует каркас для всего организма и для отдельных органов. Типичным белком этого типа можно считать коллаген. Это один из самых распространенных белков в организме человека.
Сложные белки содержат небелковые компоненты
Многие белки в своем составе, помимо аминокислот, могут содержать и небелковые компоненты. Такие небелковые соединения в составе белков получили название простетических групп. В зависимости от химического состава простетической группы сложные белки можно разделить на несколько классов:
1. Хромопротеины. Это белки, простетическая группа которых имеет окраску. К ним относятся многие белки, содержащие металлы. Например, церулоплазмин - белок, содержащий медь, имеет синюю окраску. Белок, переносящий витамин B12, имеет розовый цвет (этот витамин содержит кобальт в своем составе). Хорошо изучены белки, содержащие железо: гемоглобин, миоглобин, цитохромы. Они имеют красную окраску. Присутствие витамина B2 придает белкам желтый цвет (флавопротеины).
2. Гликопротеины. Это белки, простетическая группа которых содержит углеводы. Гликопротеины - это небольшая часть белково-углеводных комплексов, к которым относятся также протеогликаны и мукопротеины. Этим белкам принадлежит важная роль в структурной организации клеток и тканей, они выполняют защитные функции. Основная часть внеклеточных белков - это гликопротеины.
3. Липопротеины. Это белки, простетическая группа которых содержит липиды. Они обеспечивают транспорт липидов в крови, являются компонентами биологических мембран.
4. Металлопротеины. Это белки, частично перекрывающиеся с хромопротеинами. Простетичская группа у них представлена металлами. Они транспортируют или участвуют в депонировании металлов (ферритин, трансферрин).
5. Нуклеопротеины. Простетическая группа у таких белков - нуклеиновая кислота. Различают дезоксирибонуклеопротеины (простетическая группа - ДНК) и рибонуклеопротеины (простетичесая группа - РНК). Им принадлежит важная роль в сохранении, передаче и реализации генетической информации.
6. Фосфопротеины. Белки, которые содержат в своем составе фосфорную кислоту, популярны в клетке потому, что процесс фосфорилирования является способом влияния на конформацию белка и поэтому используется в системах регуляции процессов жизнедеятельности.
Простетические группы соединяются разными типами связей. Так для нуклеопротеинов характерной является ионная связь, у гликопротеинов и фосфопротеинов преобладает ковалентная связь, у липопротеинов - силы гидрофобного взаимодействия, металлопротеинов - донорно-акцепторные связи.
В качестве примера особенности роли структуры в биологических функциях можно привести данные по двум белкам - миоглобине и гемоглобине. Они имеют некоторое структурное и функциональное сходство. Миоглобин и гемоглобин обладают простетичесой групой - гемом. Он, по химической структуре, является циклическим тетрапирролом и придает белкам красный цвет (рис.1.33). Тетрапирол состоит из 4-х пиррольных колец, соединенных в плоскую молекулу метиленовыми мостиками. Атом железа занимает центральное положение
|
|
Рис.1.33. Пространственное строение миоглобина человека |
в этой плоской молекуле. Существуют и другие белки с тетрапиррольными структурами (цитохромы, каталаза и т.д). Железо в составе гема цитохромов способно менять свою валентность. Напротив, в гемоглобине и миоглобине изменение валентности нарушает их функцию. Главная функция этих белков - связывание кислорода.
Миоглобин - это сферическая молекула 4.5х3.5х2.5 нм, состоит из 153 аминокислот с общей молекулярной массой 17000. На уровне вторичной структуры он образует 8 -спиральных участков, захватывающих почти 75% всех аминокислот молекулы. Атом железа в геме миоглобина, не связанном с кислородом, выступает из плоскости молекулы на 0.03 нм. В оксигенированной форме атом железа как бы погружается в плоскость молекулы гема.
|
|
Рис.1.34. Изменение ориентации гема в результате связывания кислорода (слева - дезоксигенированное состояние) |
Образуя связь с одной из молекул гистидина глобиновой части, железо при соединении с кислородом изменяет и конформацию белковой части. Чем можно объяснить тот факт, что миоглобин удобен для хранения кислорода, но не удобен для транспорта его по крови? Ответ на этот вопрос можно получить, если познакомиться с графическим выражением процесса насыщения миоглобина и гемоглобина кислородом в зависимости от парциального давления кислорода.
|
|
Рис. 1.35. Различия в насыщении кислородом миоглобина и гемоглобина в зависимости от его парциального давления |
Кривая насыщения миоглобина кислородом представлена гиперболой (рис.1.35). В сосудах легких, где парциальное давление кислорода 100 мм Hg, миоглобин бы хорошо насыщался кислородом. Однако в венозной крови это давление составляет 40 мм Hg а в мыщцах - 20. В таких условиях миоглобин отдает довольно мало кислорода, поэтому он был бы недостаточно эффективен в транспорте кислорода от легких к тканям. Эту функцию успешно осуществляет гемоглобин.
В отличие от миоглобина гемоглобин - это белок с четвертичной структурой. Он состоит из 4-х попарно одинаковых полипептидных цепей. Эти цепи обозначаются буквами греческого алфавита - , -, - и т. д. Тетрамеры пептидных цепей формируют молекулы,
обозначаемые буквами латинского алфавита. Основной гемоглобин взрослого здорового человека обозначается Hb A и состоит из двух (141 аминокислота) и двух (146 аминокислот) цепей.
Гемоглобин связывает 4 молекулы кислорода. Кривая насыщения гемоглобина кислородом в отличие от миоглобина имеет S-образный характер (рис.1.35, слева). Такой тип кривой показыает, что присоединение одной молекулы кислорода ускоряет присоединение последующих, что свидетельствует о кинетике кооперативного связывания. Сравнение зависимости насыщения от парциального давления кислорода показывает, что при парциальных давлениях кислорода, характерных для тканей, гемоглобин отдает значительные количества кислорода. Это позволяет придти к заключению о том, что гемоглобин - хорошее транспортное средство для переноса кислорода и обеспечении им тканей.
Подобно изменениям, отмеченным выше при описании механизма насыщения кислородом миоглобина, в гемоглобине также происходит перемещение атома железа в плоскость гема с одновременным изменением конформации полипептидной цепи. Однако гемоглобин - белок с четвертичной структурой, и отдельные его цепи связаны между собой. В результате изменения конформации передаются на область связи между полипептидными цепями, а это, в свою очередь, изменяет положение в пространстве всей молекулы и облегчает доступ кислорода к остальным гемам молекулы гемоглобина. Одновременно это изменение
Рис.1.36. Изменения конформации гемоглобина в результате связывания с кислородом
конформации сопровождается появлением на поверхности групп, которые, диссоциируя, отдают протоны в окружающую среду.
При понижении парциального давления кислорода события повторяются, но уже в обратном направлении: отдача кислорода идет по мере снижения парциального давления, гемоглобин переходит в другое конформационное состояние, при этом из окружающей среды (ткани), где высока концентрация протонов, последние присоединяются к гемоглобину.
Такие изменения конформации позволяют гемоглобину не только регулировать обеспечение кислородом тканей (подробней см. главу "Ферменты"), но и участвовать в поддержании кислотно-щелочного равновесия в организме.
Типы гемоглобинов человека. Ниже представлены основные типы гемоглобина, которые встречаются у человека в различные периоды его развития.
Таблица 1.2.
Структурные признаки гемоглобинов человека
Белок |
Состав глобиновой цепи |
Распространение |
Гемоглобин А (Hb A) |
22 |
Основной тип гемоглобина у взрослых (95-98%) |
Гемоглобин А2 (Hb A2) |
22 |
Минорный тип гемоглобина у взрослых (1,5-3,5%) |
Гемоглобин F (Hb F) |
22 |
Основной тип гемоглобина у плода; у взрослых - 0,5-1% |
Hb Гувер-1 |
22 |
Эмбриональный гемоглобин |
Hb Гувер-2 |
22 |
Эмбриональный гемоглобин |
Hb Портланд |
22 |
Эмбриональный гемоглобин |
Во время внутриутробного развития плод получает кислород из крови матери через плаценту. Для обеспечения бесперебойного поступления кислорода таким путем кровь плода должна иметь большее сродство к кислороду, чем кровь матери. За счет чего это достигается?
У плода образуется Hb F, молекула которого также состоит из четырех субъединиц, двух - и двух - . Наиболее значительным отличием -глобиновой субъединицы от -глобиновой субъединицы является замещение остатка полярной заряженной аминокислоты Гис143 в -субъединице незаряженной аминокислотой Сер в -субъединице. Это приводит к тому, что Hb F имеет более низкое сродство для аллостерического регулятора 2,3-бис-фосфоглицерата (см. главу "Обмен углеводов"), чем Hb A. Тем самым он обладает гораздо большим сродством к кислороду.
С другой стороны, изменения аминокислотного состава глобиновых субъединиц, возникающие в результате мутаций соответствующих генов, приводят к образованию патологических форм гемоглобина и развитию заболеваний - гемоглобинопатий.
Таблица 1.3.
Виды гемоглобинопатий
Эффект |
Гемоглобин |
Мутация |
Последствия |
Сниженное сродство к кислороду |
Hb Канзас |
Асн102Тре |
Небольшой цианоз |
Увеличенное сродство к кислороду |
Hb Шеферда - Буша |
Гли74Асп |
Сниженное связывание бис-фосфоглице-рата; полицитемия |
Окисленный гем |
Hb М |
Гис87Тир |
Метгемоглобин; цианоз |
Потеря (в результате нарушения связывания) гема |
Hb Хаммерсмита |
Фен42Сер |
Нестабильная -субъединица |
Серповидные клетки |
Hb S |
Глю6Вал |
Гемолитическая анемия |
Диссоциация на димеры |
Hb Бибба |
Лей136Про |
Нестабильный тетрамер |
Нарушенный синтез |
Hb Агнана |
Вставка ТГ в 94 кодоне - образование -субъединицы со 156 аминокислотами |
Доминантная талассемия, анемия |
Талассемические синдромы развиваются вследствие нефункционирующих глобиновых генов. При этом недостаточный синтез любой из субъединиц гемоглобина приводит к гемолитической анемии. Тяжесть этого состояния зависит от количества генов в аллельной паре, подвергшихся мутации. Различают -талассемию, при которой снижен уровень -глобина. В этом случае в качестве компенсаторной реакции в организме продолжается образование Hb F (22). -талассемия характеризуется сниженным уровнем образования -глобина. Обычно это более тяжелое состояние, чем -талассемия. Клинически проявления могут варьировать от средней и тяжелой анемии до мертворождения. Компенсаторно при -талассемии образуется Hb H (4) и гемоглобин Барта (4). Надо отметить, что ни один из этих гемоглобинов не подвержен аллостерической регуляции и эффекту Бора; они оба остаются в R-конформационном состоянии (рис.1.36).
Серповидно-клеточная анемия возникает в результате точечной мутации гена -глобина, которая приводит при его экспрессии к замене в шестом положении -глобиновой полипептидной цепи Глю на Вал. Следовательно, у индивидуумов с HbS заменена полярная группа боковых цепей на внешней поверхности молекулы неполярной гидрофобной группой боковых цепей (неконсервативная мутация). За счет гидрофобного взаимодействия между этими неполярными радикалами валина HbS в его дезоксиконформации полимеризуется с другими молекулами дезокси HbS, приводя к осаждению гемоглобина в эритроцитах. Осаждение гемоглобина придает эритроциту форму серпа и неустойчивость, что приводит к ускорению гемолиза и изменению эластических свойств мембраны, необходимых во время кровообращения через маленькие капилляры. Такие эритроциты вызывают закупоривание капилляров.
Серповидно-клеточная анемия является наследуемым мультисистемным заболеванием, для которого характерны как физиологические, так и психосоциальные проявления. Различают три генотипа с различной клинической картиной проявления этого расстройства:
У гомозигот (Hb SS) - тяжелая серповидно-клеточная анемия
У гетерозигот (Hb AS) - слабо выражена клиническая симптоматика
Смешаная форма серповидно-клеточного заболевания и 4-талассемии. При ней наследуются два патологических типа гемоглобина. Для неё характерна благоприятная клиническая симптоматика. Гематологически тяжесть его обратно пропорциональна количеству Hb А. Последнее может колебаться от 3 до 25%.
Основные симптомами этого заболевания являются гемолитическая анемия и периодически проявляющийся болевой синдром. Интересно, что индивидуумы, гетерозиготные по HbS, устойчивы к паразиту малярии, который проводит часть своего жизненного цикла в эритроцитах. Это является фактором отбора гена HbS в малярийных регионах мира.
HbS открывается гель электрофорезом. Отсутствие Глу делает его менее кислым, чем гемоглобин А, поэтому он мигрирует не так быстро при электрофорезе. Возможна диагностика и генрекомбинантым методом.