
- •Лекции по курсу биохимия и молекулярная биология для студентов направления биология
- •Оглавление
- •Введение
- •Модуль 1. Статическая биохимия
- •Лекция 1
- •Строение, свойства, биологическая роль
- •Моно – и олигосахаридов
- •Классификация углеводов
- •Моносахариды
- •Стереоизомерия моносахаридов
- •Представители моносахаридов
- •Олигосахариды
- •Отдельные представители дисахаридов
- •Лекция 2 строение, свойства, биологическая роль
- •Отдельные представители полисахаридов
- •Лекция 3 строение, свойства, биологическая роль простых липидов
- •Классификация
- •Стероиды
- •Желчные кислоты
- •Лекция 4 строение, свойства, биологическая роль сложных липидов
- •Лекция 5 аминокислотный состав белков Белки и их функции
- •Функции белков
- •Элементарный состав белков
- •Методы выделения и очистки белков
- •Аминокислотный состав белков
- •Химические свойства аминокислот
- •Классификация аминокислот, заменимые и незаменимые аминокислоты
- •Лекция 6 уровни структурной организации белков Структурная организация белков
- •Первичная структура белка: методы исследования. Структурные особенности пептидной связи
- •Номенклатура пептидов и полипептидов. Природные пептиды: глутатион, карнозин, ансерин, грамицидин s, окситоцин, энкефалины
- •Отдельные представители пептидов
- •Вторичная структура белков: -спираль, ее основные характеристики, -структура, -изгиб. Роль водородных связей в формировании вторичной структуры. Сверхвторичные (надвторичные) структуры белка
- •Третичная структура белков. Типы нековалентных связей, стабилизирующих третичную структуру. Роль s-s-мостиков в формировании третичной структуры некоторых белков
- •Заимодействия между субъединицами, стабилизирующие четвертичную структуру. Функциональное значение четвертичной структуры белков
- •Лекция 7
- •Физико-химические свойства белков
- •Ионизация, гидратация, растворимость,
- •Осмотические и онкотические свойства, оптические свойства
- •Молекулярная масса и размеры белков. Методы определения молекулярной массы белков. Необходимость применения комплекса методов для точной оценки молекулярной массы белков
- •Денатурация белков
- •Лекция 8 классификация белков. Простые и сложные белки Принципы классификации белков
- •Фибриллярные белки
- •Глобулярные белки
- •Сложные белки
- •Липопротеины
- •Гликопротеины
- •Протеогликаны
- •Фосфопротеины
- •Металлопротеины
- •Нуклеопротеины
- •Хромопротеины
- •Гемоглобин
- •Миоглобин
- •Цитохромы электронтранспортной цепи
- •Хлорофиллы
- •Флавопротеины
- •Лекция 9 сложные белки Гликопротеины
- •Фосфопротеины
- •Липопротеины
- •Металлопротеины
- •Лекция 10 строение, свойства, биологическая роль нуклеотидов
- •Циклические нуклеотиды
- •Лекция 11 строение, свойства, биологическая роль нуклеиновых кислот
- •Рибосомальные рнк
- •Лекция 12 витамины – биологическая роль, классификация. Водорастворимые витамины
- •Витамин в1 (тиамин)
- •Витамин в2 (рибофлавин)
- •Витамин в3 (рр, никотиновая кислота, никотинамид)
- •Витамин в5 (пантотеновая кислота)
- •Витамин в6 (пиридоксин, пиридоксаль, пиридоксамин)
- •Витамин в9 (фолиевая кислота)
- •Витамин в12 (кобалами)
- •Витамин н (биотин)
- •Витамин с (аскорбиновая кислота)
- •Витамин р (рутин)
- •Лекция 13 жирорастворимые витамины Витамин а (ретинол)
- •Витамин d (кальциферол)
- •Витамин е (токоферол)
- •Витамин к (нафтохинон)
- •Лекция 14
- •Ферменты – строение: свойства, механизм действия
- •Понятие о ферментах.
- •Сущность явлений ферментативного катализа
- •Структурная организация ферментов
- •3. Роль металлов в регуляции aктивности ферментов
- •Изоферменты: биологическая роль
- •Механизм действия ферментов
- •Специфичность действия ферментов
- •Стационарная кинетика ферментативных реакций
- •Концентрация субстрата
- •Концентрация фермента
- •Температура
- •Уравнение Михаэлиса-Ментен
- •Единицы ферментов
- •Лекция 15
- •Ингибиторы ферментов
- •Регуляция каталитичекой активности ферментов
- •Изостерическая регуляция
- •Аллостерический контроль активности ферментов
- •Регуляция ферментов ковалентной модификацией
- •Регуляция ферментов ограниченным протеолизом (активация зимогенов)
- •Регуляция активности мультиэнзимных комплексов
- •Классификация и номенклатура ферментов
- •Характеристика отдельных классов ферментов
- •Ферменты в клинической диагностике. Энзимопатии
- •Модуль II. Динамическая биохимия
- •Катаболические, анаболические, амфиболические пути
- •Метаболизм углеводов
- •Расщепление углеводов в пищеварительном тракте
- •Переваривание углеводов в ротовой полости
- •Переваривание углеводов в кишечнике
- •Амилолитические ферменты: характеристика Панкреатическая -амилаза
- •Сахаразо-изомальтазный комплекс
- •Гликоамилазный комплекс
- •Трегалаза
- •Всасывание моносахаридов в тонком кишечнике и их дальнейший транспорт. Глюкозные транспортеры
- •Всасывание моносахаридов в кишечнике
- •Транспорт глюкозы из крови в клетки
- •Лекция 17
- •Анаэробный катаболизм углеводов
- •Анаэробное окисление глюкозы. Гликолиз. Внутриклеточная
- •Локализация процесса
- •Отдельные реакции гликолиза, их термодинамические характеристики. Образование 2,3-дифосфоглицерата в шунте Рапопорта-Люберинга
- •Расщепление гликогена (гликогенолиз). Строение, механизм действия и регуляция гликогенфосфорилазы
- •Спиртовое и молочнокислое брожение
- •Лекция 18
- •Аэробный катаболизм углеводов (часть 1)
- •Аэробный метаболизм пирувата. Митохондрии: структура
- •И энергетические функции
- •Окислительное декарбоксилирование пирувата. Строение
- •Цикл лимонной кислоты. Отдельные реакции цикла, их термодинамическая характеристики. Суммарное уравнение окисления ацетил-CоА в цикле Кребса
- •Лекция 19
- •Аэробный катаболизм углеводов (часть 2)
- •Регуляция цикла Кребса на уровне цитратсинтазы,
- •Изоцитратдегидрогеназы и -кетоглутаратдегидрогеназного комплекса
- •Амфиболическое значение цикла Кребса. Необходимость анаплеротических путей, пополняющих запас компонентов, участвующих в цикле
- •Зависимое от атp и биотина карбоксилирование пирувата: анаплеротический путь синтеза оксалоацетата
- •Пентозофосфатный путь (гексозомонофосфатный шунт)
- •Отдельные реакции пфп, их термодинамические характеристики.
- •Суммарное уравнение пентозофосфатного пути.
- •Регуляция пентозофосфатного пути на уровне
- •Глюкозо-6-фосфатдегидрогеназы
- •Участки перекреста пфп с гликолизом
- •Циклический характер пфп
- •Лекция 20 биосинтез углеводов
- •Глюконеогенез
- •В последующей реакции, катализируемой ферментом фосфоенолпируваткарбоксикиназой, из оксалоацетата образуется фосфоенолпируват. Реакция Mg2-зависимая и донором фосфата служит gtp.
- •Лекция 21 расщепление пищевых и тканевых липидов
- •Катаболизм липидов
- •Всасывание продуктов расщепления липидов
- •Транспорт липидов
- •Метаболизм глицерола
- •Лекция 22 катаболизм жирных кислот
- •Активация жирной кислоты
- •Транспорт ацил-СоА в митохондрии
- •Катаболизм ненасыщенных жирных кислот
- •Катаболизм жирных кислот с нечетным числом атомов углерода
- •Образование кетоновых тел (кетогенез)
- •Кетоновые тела как источники энергии
- •Глиоксилатный цикл
- •Лекция 23 биосинтез жирных кислот и триацилглицеролов
- •Строение синтазы жирных кислот
- •Механизм синтеза жирных кислот
- •Транспорт ацетил-СоА из митохондрий в цитозоль
- •Образование малонил-СоА
- •Наращивание (элонгация) углеродной цепи жирной кислоты
- •Синтез других предельных и непредельных жк
- •Биосинтез триацилглицеролов
- •Лекция 24 биосинтез холестерола и желчных кислот
- •Биосинтез холестерола
- •Регуляция биосинтеза хс
- •Биосинтез желчных кислот
- •Лекция 25
- •Биологическое окисление. Ферменты, участвующие в биологическом окислении
- •Свободное окисление и его биологическая роль. Цитохром р-450
- •Микросомальная система окисления
- •Механизм гидроксилирования
- •Лекция 26
- •Цепь переноса электронов и протонов внутренней мембраны
- •Митохондрий (дыхательная цепь, редокс-цепь). Компоненты
- •Дыхательной цепи: флавопротеины, железосерные белки, коэнзим q, цитохромы в, с1, с, аа3. Топография дыхательных переносчиков
- •В редокс-цепи
- •Убихинон окисленный CoQ
- •Энергетическое значение ступенчатого транспорта электронов от окисляемых субстратов к молекулярному кислороду. Окислительное фосфорилирование в дыхательной цепи
- •Организация компонентов дыхательной цепи в виде четырех
- •Локализация пунктов сопряжения окисления и фосфорилирования в дыхательной цепи на основании редокс-потенциалов, действия специфических ингибиторов (ротенон, амитал, антимицин а, цианид, со, NaN3)
- •Полные и редуцированные дыхательные цепи
- •Лекция 27
- •Строение атp-синтазного комплекса. Механизм образования атp. Обратимость реакции, катализируемой атp-синтазой. Разобщение транспорта электронов и синтеза атp; действие 2,4-динитрофенола
- •Механизм образования атp
- •Окисление цитоплазматического nadh в дыхательной цепи. Глицеролфосфатный и малат-аспартатный челночные механизм
- •Лекция 28 интеграция клеточного метаболизма
- •Основные аспекты регуляции метаболизма
- •Регуляция на уровне транскрипции
- •Аллостерическая регуляция активности ферментов
- •Ковалентная модификация ферментов
- •Гормональная регуляция
- •Посттранскрипционная и посттрансляционная модификация макромолекул
- •Изменение концентрации метаболитов
- •Мембранная регуляция
- •Модуль III. Молекулярная биология лекция 29 репликация днк
- •Точность репликации
- •Репликация днк у эукариот
- •Репаративный синтез днк
- •Лекция 30 транскрипция (биосинтез рнк)
- •Транскрипция у прокариот
- •Инициация транскрипции
- •Элонгация транскрипции
- •Терминация транскрипции
- •Транскрипция у эукариот
- •Механизм индукции на примере Lac-оперона
- •Катаболитная репрессия
- •Лекция 31 тРансляция (биосинтез белка)
- •Роль тРнк в трансляции
- •Аминоацил-тРнк-синтетазы
- •Белоксинтезирующая система клетки
- •Эффективность трансляции
- •Точность белкового синтеза
- •Энергетические затраты на трансляцию
- •Посттрансляционные модификации полипептидной цепи
- •Библиографический список Основная литература
- •Дополнительная литература
Организация компонентов дыхательной цепи в виде четырех
комплексов: NADH-дегидрогеназы, сукцинатдегидрогеназы, цитохромов вс1, цитохромоксидазы. Роль коэнзима Q и цитохрома с в интеграции комплексов. Коллекторная функция NAD+ и коэнзима Q в дыхательной цепи. Коэффициент окислительного фосфорилирования Р/О, Р/2е
Основные переносчики электронов дыхательной цепи организованы в 4 комплекса. Пространственное расположение компонентов таково, что оно облегчает их функционирование и соответствует возрастанию окислительно-восстановительного потенциала. Во внутренней мембране митохондрий выделяют 4 ферментных комплекса: NADH-дегидрогеназа (комплекс I), сукцинатдегидрогеназа (комплекс II), цитохромы bс1 (комплекс III) и цитохромоксидаза (комплекс IV).
Три комплекса – I, III и IV – функционируют как зависящие от транспорта электронов протонные помпы, т.е. используя энергию электронов, эти комплексы обеспечивают перенос Н+ из матрикса в межмембранное пространство. В результате возникает протонный электрохимический потенциал. Комплекс II катализирует окисление сукцината убихиноном. При достижении определенного значения электрохимического потенциала происходит активация АТФ-синтазы (комплекс V), в ней открывается канал, через который протоны возвращаются из межмембранного пространства, а энергия ΔН+ используется для синтеза АТР. Каждый из трех комплексов обеспечивает необходимый протонный градиент для активации АТФ-синтазы и синтеза 1 молекулы АТР.
Митохондриальная протон-транслоцирующая NADH-дегидрогеназа (первый пункт энергетического сопряжения) катализирует окисление NADH убихиноном. Реакция сопровождается трансмембранным переносом 4-х протонов при окислении одной молекулы NADH (2 электрона) и генерацией на сопрягающей мембране митохондрий разности электрохимических потенциалов. Комплекс I состоит из 46 субъединиц. В составе фермента обнаружено несколько редокс-компонентов, участвующих в передаче электронов с NADH на убихинон – FMN, несколько Fe-S-кластеров и прочно связанный убихинон (Рис.26.4).
На рис. 26.4. контуры поверхности белка приведены по данным реконструкции электронных микрофотографий фермента N.сrassa. Гидрофобный домен фермента погружен в липидный бислой. Расположение отдельных субъединиц в мембранной и периферической части фермента показано на основании результатов хроматографического разделения Комплекса I сердца быка на отдельные фрагменты.
Комплекс II (молекулярная масса 125 кДа) катализирует окисление сукцината убихиноном. Он состоит из 4 субъединиц: флавинопротеина, с молекулярной массой 70 кДа; железосерного белка, с молекулярной массой 30 кДа и двух гидрофобных заякоренных субъединиц по 7 и 17 кДа. Флавинопротеид содержит ковалентно связанный флавинмононуклеотид. Железосерные белки – это три различных железосерных кластера: [2Fe-2S] – центр S1; [3Fe-4S] – центр S2; [4Fe-4S] – центр S3. Две субъединицы являются цитохромом b и убихинон-связывающим белком.
Комплекс III имеет четыре редокс-центра: гемы bl и bh, связанные с цитохромом b; негемовый железосерный кластер FeSIII; включенный в соответствующий апопротеин; гем с, присоединенный к апопротеину цитохрома с1 (Рис.26.5). Наряду с переносчиками восстановительных эквивалентов в состав комплекса входит 8 полипептидов, лишенных простетических групп. Функционирует комплекс III по типу Q-цикла. Участвует в генерации протонного градиента, перенося 2 протона водорода из матрикса в межмембранное пространство.
Рис.26.4. Схематическое изображение структуры комплекса I
Цитохромоксидаза (комплекс IV) катализирует окисление восстановленного цитохрома с молекулярным кислородом. Эта реакция сопряжена с генерацией ΔμН. Восстановитель цитохромоксидазы цитохром с представляет собой очень стабильный гемопротеин, состоящий из 104 аминокислот и гема с. Гем ковалентно связан с апобелком (через SH-группы Cys-14, Cys-17). Цитохромоксидаза содержит 4 редокс-центра: 2 гема а-типа (а и а3) и 2 атома меди (CuA и CuB). Цитохромоксидаза содержит 3 крупные субъединицы, кодируемых митохондриальной ДНК, и еще 9 мелких субъединиц, синтезируемых в цитоплазме. Цитохромоксидаза частично погружена в мембрану, а частично экспонирована в воду. Гемы ориентированы перпендикулярно плоскости мембраны.
Рис.26.5. Комплекс III (bc1)
Электрон, отнятый от цитохрома с переносится непосредственно на Cuа. Двигаясь от поверхности в глубь мембраны, электрон переносится от Cuа к гему а и далее к комплексу гема а3 и Cub – последнему компоненту в дыхательной цепи, который восстанавливает О2.
Между комплексами электроны переносятся с помощью подвижных переносчиков: убихинона и цитохрома с. Двигаясь диффузно через липидный бислой мембраны, убихинон связывает комплексы I и III. Цитохром с выполняет аналогичную челночную функцию на участке между комплексами III и IV, диффундируя вдоль поверхности мембраны.
Функцию коллектора восстановительных эквивалентов в дыхательной цепи выполняют NAD+ и убихинон. Восстановительные эквиваленты могут поступать в дыхательную цепь на ее различных уровнях, в зависимости от редокс-потенциала окисляемого субстрата. Если он меньше, равен или немного больше -0,3 В (редокс-потенциал пары NADН/NAD+), в окислении такого субстрата участвует вся дыхательная цепь. Именно так окисляется большинство субстратов. Часто NAD+ служит непосредственным окислителем субстрата (ЦТК, окисление жирных кислот и т.д.). В редких случаях NADP, а не NAD служит окислителем субстрата. Образовавшийся NADPH может восстанавливать NAD+ в трансгидрогеназной реакции. Однако этого не происходит в энергезированной мембране, т.к. трансгидрогеназа служит потребителем ΔμН, действующим в направлении NADPH→NADP+. По этой причине NADPH обычно не подключается к дыхательной цепи, а используется в реакциях восстановительных биосинтезов.
Если редокс-потенциал субстрата значительно ниже, чем у NAD+, восстановительные эквиваленты переносятся на средний или конечный участок дыхательной цепи. Так окисляется один из субстратов цикла трикарбоновых кислот сукцинат (редокс-потенциал +0,03 В), а также ацил-СоА – субстрат первой оксидоредукции в системе β-окисления жирных кислот. Сукцинат и ацил-СоА-дегидрогеназы питают электронами дыхательную цепь на уровне комплекса bc1. В очень редких случаях редокс-потенциал окисляемого субстрата более положителен, чем у СоQ. Тогда восстановительные эквиваленты входят в цепь на уровне цитохрома с, так что только цитохромоксидазый ΔμН-генератор участвует в трансформации энергии. Пример – аскорбиновая кислота.
Мерой эффективности дыхания как поставщика энергии для синтеза АТР, предложенной в 1939 г. В.А. Белицером и Е.Т. Цыбаковой, может служить отношение количества синтезированного АТР или эстерифицированного фосфата к количеству потребляемого кислорода (АТР/O, P/O, Р/2е). Этот критерий, называемый коэффициентом фосфорилирования, отражает количество молей АТР, образованных при восстановлении 1 атома кислорода до Н2О дыхательной цепи (т.е. при прохождении 2 электронов по дыхательной цепи). Для митохондрий, окисляющих NAD-зависимые субстраты, сукцинат или аскорбат, экспериментально измеренные величины Р/O оказываются соответственно 3, 2, 1. Эти величины близки величинам, рассчитанным теоретически.
При участии АТР/АDP-транслоказы АТР транспортируется в цитоплазму в обмен на ADP. В цитоплазме АТР используется для совершения работы. При увеличении расхода АТР в клетке увеличивается поступление ADP в митохондрии. Повышение концентрации ADP (субстрата АТФ-синтазы) увеличивает скорость синтеза АТР. При этом увеличивается скорость дыхания. Таким образом, скорость синтеза АТР точно соответствует потребностям клетки в энергии. Ускорение окислительного фосфорилирования и дыхания при повышении концентрации ADP называется дыхательным контролем.
В реакциях дыхательной цепи часть энергии не превращается в энергию макроэргических связей АТР, а рассеивается в виде тепла. Тепло, освобождающееся в реакциях энергетического обмена, участвует в поддержке температуры тела у теплокровных животных. Некоторые липофильные вещества (жирные кислоты, динитрофенол и др.) могут переносить ионы водорода через внутреннюю мембрану митохондрий, минуя канал АТР-синтазы, убирая таким образом протонный градиент. Они разобщают процесс переноса электронов по дыхательной цепи и синтез АТР и поэтому называются разобщителями. При действии разобщающих факторов коэффициент Р/О снижается, часть энергии выделяется в виде тепла.