Вирусология / Coronavirus-2011-5
.pdf
Матрица сравнения полного генома ТОРСкоронавируса с геномами других коронавирусов
Степень гомологии,%
1. bov-ent |
52 Bovine coronavirus (isolate BCoV-ENT) |
2.mhv-2 46 Murine hepatitis virus (strain 2)
3. |
mhv-ml1 |
46 |
Murine |
hepatitis |
virus |
(strain |
ML-11) |
4. |
mhv-ml0 |
46 |
Murine |
hepatitis |
virus |
(strain |
ML-10) |
5.mhv-a59 45 Murine coronavirus MHV (strain A59)
6. |
mhv-pen |
44 |
Murine hepatitis virus (strain Penn 97-1) |
|
7. |
por-pur |
44 |
Porcine |
transmissible gastroenteritis |
|
|
|
(strain Purdue) |
|
8. |
por-cv |
41 |
Porcine |
epidemic diarrhea virus (strain |
|
|
|
|
CV777) |
9.hum-229 40 Human coronavirus (strain 229E)
10. avi-bea |
33 Avian infectious bronchitis virus (strain Beaudette) |
[http://www.gsen.ru/doc/review_19_05.html]
Тяжелый острый респираторный синдром.
Заболеваемость и смертность в некоторых странах мира на 7 августа 2003 г.
Страна |
Число |
Число |
Смертность, |
|
случаев |
смертей |
% |
|
|
|
|
Вьетнам |
63 |
5 |
7,94 |
|
|
|
|
Гонконг |
1756 |
300 |
17,08 |
|
|
|
|
Канада |
251 |
41 |
16,33 |
|
|
|
|
Китай |
5327 |
349 |
6,55 |
|
|
|
|
Россия |
1 |
0 |
0,00 |
|
|
|
|
Сингапур |
238 |
33 |
13,87 |
|
|
|
|
США |
73 |
0 |
0,00 |
|
|
|
|
Тайвань |
665 |
180 |
27,07 |
|
|
|
|
Всего в мире |
8422 |
916 |
10,88 |
|
|
|
|
[http://www.who.int/csr/sars/country/en/country2003_08_15.pdf]
Виды клинических проявлений ТОРС-инфекции
•Асимптоматическое или мягкое респираторное заболевание
•Умеренное респираторное заболевание
-Повышение температуры выше 38 ОС
-Наличие одного или более клинических признаков респираторного заболевания (кашель, учащенное или затрудненное дыхание, гипоксия)
•Тяжелое респираторное заболевание
-Повышение температуры выше 38 ОС
-Наличие одного или более клинических признаков респираторного заболевания (кашель, учащенное или затрудненное дыхание, гипоксия)
-Радиографические данные пневмонии или
-Аутопсийные данные, согласующиеся с пневмонией или
респираторным дистресс-синдромом без лабораторной диагностики случая заболевания
[MMWR, 2003. Vol.52. N 17. P. 391-393.]
ОТ-ПЦР-анализ клинических образцов 20 пациентов
с первоначально положительными ОТ-ПЦР- данными носоглоточных жидкостей и сероконверсией антител к коронавирусу, вызывающему ТОРС
Время после начала симптомов (дни)
Образец |
10 |
13 |
16 |
19 |
21 |
|
|
|
|
|
|
|
процент положительных анализов |
||||
Носоглоточная |
95% |
90% |
90% |
75% |
47% |
жидкость |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Стул |
100% |
100% |
95% |
80% |
67% |
|
|
|
|
|
|
Моча |
50% |
45% |
35% |
30% |
21% |
|
|
|
|
|
|
[Peiris J.S.M. et al., Lancet, 2003]
Культивирование ТОРС-коронавируса
(штамм Франкфурт-1) в клеточных культурах Vero, 293, L-68 and 4647
Культура клеток |
Титр, ТЦПД/мл |
Vero |
5.00 x 106 |
4647 |
1.25 x 104 |
293 |
1.00 x 104 |
L-68 |
2.00 x 103 |
Агафонов А.П. и др., 2003. В печати
Скрининг соединений на антивирусную
активность против ТОРС-коронавируса
Исследованные в культурах клеток:
-β-Интерферон активнее α- и γ-интерферонов [Cinatl J. et al.]
-активны римантадин, α- и β-интерфероны [Huggins J. et al.]
-не активен рибавирин [Huggins J. et al.]
-активна глицирризиновая кислота [Cinatl J. et al.]
-начат скрининг более 100 тыс. соединений в клеточных культурах (Huggins J. et al., USAMRIID, США)
Предлагаемые для испытаний:
-Пентоксифиллин [Bermejo M.J.F. et al.]
-Ингибиторы протеаз KZ7088 (производное AG7088), октапептид AVLQSGFR [Chou K.C. et al.], цистатин
Предлагаемые для поиска:
-Эффективные в отношении других вирусов ингибиторы связывания с рецепторами, ингибиторы слияния, синтеза РНК, сборки вирусов, почкования и секреции [Holmes K.]
Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей S-гена коронавирусов животных и ТОРС-коронавируса человека
•Полные геномные последовательности человека и животных имели 99,8% гомологии.
•SZ3 и SZ16 различались по 18 нуклеотидам (3 нуклеотида в S- гене), тогда как вирусы человека из 5 различных географических мест (CZ50, CUHK-W1, Tor-2, HKU-39848 и Урбани)
отличались только по 14 нуклеотидам.
[Guan Y. et al. Science, 2003]
Различия геномов ТОРС-коронавирусов человека и подобных ему вирусов пальмовых циветт
•Между полными геномными последовательностями ТОРС-
подобных коронавирусов человека и животных обнаружено от 43 до 57 нуклеотидных различий, большинство их которых находятся в гене S. У штамма Урбани имеется 16, а у штамма Торонто-2 – 17 значащих замен в гене S по сравнению с вирусом циветт SZ16.
•По сравнению с геномами вирусов животных у SARS-CoV
человека обнаружена делеция длиной 29 нуклеотидов (остатки 27869-27897), которая находится на расстоянии 246 нуклеотидов влево от стартового кодона гена N (в ORF10’), и в результате которой образовались 2 перекрывающиеся рамки считывания ORF 10 (27772-27900) и ORF11 (27860-28115). Только один из исследованных геномов вируса человека (GZ01) был без делеции.
[Guan et al., Science. 2003.]
Делеция длиной 29 нуклеотидов в геноме SARS-CoV человека по сравнению
с SARS-CoV-подобными вирусами животных
Человек
Животное
Клинические связи между 14 изолятами ТОРС-коронавируса
BJ01 |
|
BJ02 |
|
BJ03 |
|
BJ04 |
|
GZ01 |
|
CUHK-W1 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Пекин |
Гуандун |
Гонконг |
||||||
Гонконг, |
Пациент А* |
Гуандун, |
|
отель М |
|||
|
|||
|
Китай |
||
|
|
Сингапур |
Канада |
|
Гонконг |
Ханой |
|||||||||||
|
|
|
|||||||||||||
|
SIN2500 |
|
|
TOR2 |
|
HKU39849 |
|
Пациент В* |
|||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
SINxxx* |
|
|
|||||||
SIN2748 |
|
SIN2679 |
|
SIN2774 |
|
|
Urbani |
||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
SIN2677 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
•HKU и CUHK-W1 –вирусы человека из Гонконга; Urbani –из Ханоя, TOR2 –
из Канады,GZ – из Гуанчжоу, SZ1, SZ3, SZ16 – вирусы пальмовых циветт
(Paguma larvata), SZ13 – енотовидной собаки (Nyctereutes procyonoides).
•Сплошные стрелки – прямые пути переноса из отеля М. Пунктирные стрелки - прямые связи не установлены. Пациент А – путешественник из провинции
Гуандун в Гонконг, перенесший ТОРС-коронавирус жильцам отеля М, которые