
- •Глава1. История развития биоорганической химии …………………………………
- •Глава 2. Лекции по биоорганической химии …………………………………………
- •Глава 1
- •1.. Характеристика химических связей в биоорганических соединениях
- •2. Сопряженные системы
- •2.1. Общие понятия о строении сопряженных систем
- •2 . 3 . Циклические сопряженные системы. Ароматичность
- •1. Устойчивость к действию окислителя перманганата калия в растворе.
- •3. Способность к реакциям замещения в растворе по ионному( катионному,
- •2.3.1. Современные представления о строении бензола
- •2. 3. 2. Медико-биологическое значение карбоциклических ароматических
- •2. 3. 3. Гетероциклические ароматические соединения
- •2.1. Взаимное влияние атомов в молекулах биоорганических соединений.
- •2.2. Кислотно-основные свойства органических соединений
- •2.3. Медико- биологическое значение изучения темы « Кислотно-основные
- •3.1. Виды изомерии
- •3.2. Структурная изомерия.
- •3.2.1. Изомерия скелета
- •3.3. Динамическая изомерия.
- •3. 3.1. Кето-енольная таутомерия.
- •3.3.2. Лактим-лактамная таутомерия
- •3.4 Пространственная изомерия
- •3.4.1 Геометрическая( цис, транс) изомерия
- •3.4.4. Медико-биологическое значение стереоизомерии
- •4.1 Классификация реакций в биоорганической химии
- •4.1.1 Типы разрыва химических связей
- •4.1.2. Гомолитический тип разрыва связей.
- •4.1.3. Гетеролитический тип разрыва связей
- •4.2.1. Реакции электрофильного присоединения в ряду алкенов(а е)
- •4.2.2. Реакции нуклеофильного присоединения
- •7.Реакции у α- углеродного атома в карбонильных соединениях
- •8. Альдольная конденсация
- •1. Реакция нитрования
- •2. Реация сульфирования
- •3.Реакция галогенирования
- •4. Реакция алкилирования
- •4.2.4. Реакции нуклеофильного замещения ( s n )
- •Лекция 5 карбоновые кислоты и их гетерофункциональные
- •5.1. Классификация карбоновых кислот
- •5.2. Строение карбоксильной группы
- •5.2.1. Значение величин рКа некоторых карбоновых кислот :
- •5.3. Химические свойства карбоновых кислот
- •Этилацетат
- •5.4. Характеристика отдельных представителей монокарбоновых кислот ,
- •Масляная кислота ( н- бутановая кислота)
- •5.5. Непредельные монокарбоновые кислоты
- •5.6. Дикарбоновые кислоты
- •5.7. Непредельные ди- и трикарбоновые кислоты
- •5.8. Гидроксикислоты
- •5.8.3. Дигидроксидикарбоновые кислоты
- •5.9. Oксокарбоновые кислоты( альдегидо -, кетокарбоновые кислоты)
- •5.10 Приложение : Происхождение названий карбоновых кислот Сn н2n о2
- •6.1. Определение « липиды»
- •6.3. Основные представители липидов
- •6.3.1.Природные высшие карбоновые кислоты
- •3. Тиоэфиры
- •4. Дегидрирование насыщенной кислоты в активной форме с участием фермента.
- •6.3.2. Триацилглицерины( триглицериды)
- •6.3.3. Фосфатиды ( фосфолипиды ) и фосфатидовая кислота
- •6. 4. Принципы создания липотропных лекарственных препаратов
- •6.5 . Строение и химический состав мембран клеток
- •7.1. Номенклатура, особенности пространственного и структурного строения природных аминокислот
- •7. 2 Классификация природных аминокислот
- •7. 3Физические свойства природных аминокислот
- •7.4 Поведение аминокислот в водных растворах: образование цвиттер-ионов, изменение заряда и электрофоретической подвижности в зависимости от рН-среды. Изоэлектрическая точка
- •7.5. Качественная реакция обнаружения аминокислот
- •7. 6 . Химические свойства аминокислот
- •7 .6. 1 Химические свойства аминокислот in vitro
- •7.6.2. Химические свойства аминокислот in vivo
- •7.7. Строение витамина в6 и механизм реакции с его участием
- •7.8. Реакция поликонденсации, образование полипептидов
- •7. 9. Медико - биологическое значение аминокислот
- •7. 10. Применение аминокислот и их производных в качестве
- •Незаменимые аминокислоты обозначены звездочкой*
- •8.1. Определения « пептид» «белок»
- •8.2. Классификация белков
- •8.3. Строение пептидов и белков.
- •8.3.1. Первичная структура белка
- •8.3.2. Вторичная структура белка
- •8.3.3. Третичная и четвертичная структура белка
- •8.4. Физико-химические свойства белка
- •8.4.1. Амфотерность - кислотно- основные свойства белков.
- •8.4.2. Денатурация белка
- •8.5.Качественные реакции обнаружения белков в биологических объектах.
- •8. 6. Приложение. История развития химии белков
- •9. 1. Классификация углеводов
- •9.2. Моносахариды
- •9.3. Изомерия моносахаридов. Стереоизомерия. L- и д- ряды. Диастереомеры, энантиомеры, эпимеры. Значение отдельных представителей
- •9.4 Химические свойства моносахаридов
- •9.4. 3. Фосфорные эфиры
- •9.4.3 Образование гликозидов
- •9.4.4. Реакции восстановления
- •9.4.5Реакции окисления моносахаридов
- •9.5. Биологическое значение моносахаридов и их производных.
- •10.1. Олигосахариды. Дисахариды
- •10.1.1. Нередуцирующие дисахариды
- •10.1.2 Редуцирующие дисахариды.
- •10.2. Полисахариды
- •10.2.1.Гомополисахариды
- •11.1. Классификация нуклеиновых кислот, отличия в строении и составе как следствие различных биологических функций
- •11.2.Азотистые основания нуклеиновых кислот
- •11.2.2. Азотистые основания- производные пурина( аденин, гуанин)
- •11.3. Нуклеозиды
- •11.4. Нуклеотиды
- •11.5.Строение нуклеиновых кислот
- •11.6.Метаболизм пуриновых соединений в клетке
- •11.7. Биологически важные соединения- мононуклеотиды, динуклеотиды- участники важнейших биохимических процессов
- •11.8 Приложение . Справочные материалы к теме лекции
- •1953 – Дж. Уотсон и ф. Крик - модель двухцепочечной структуры днк.
- •12.1 Современная концепция создания биоорганических соединений –
- •12.1.1. Особые химические требования к лекарственному веществу
- •12.1.3. . Пути поиска и создания лекарственных препаратов
- •12.1.4 Классификация лекарственных веществ
- •12.2 Синтез, химические и физическиесвойства лекарственных соединений
- •12.2.1. Производные 4-аминобензойной кислоты
- •12.2.2. Производные 4-аминобензолсульфокислоты
- •Hso3Cl сульфохлорирование h2nr’ амин
- •Ацетиланилин
- •12. 2. 3. Лекарственные средства, производные салициловой кислоты
- •12.2.4. Лекарственные средства, производные 4 –аминофенола
- •12.2.5 Лекарственные средства на основе пиридинкарбоновых кислот
- •12. 2. 6. Производные пиримидина
- •12. 2 .7. Производные пурина- кофеин, теофиллин, теобромин
- •13.1. Номенклатура алкалоидов
- •13.2. Классификация алкалоидов
- •13. 3. Функции алкалоидов
- •13.4. Содержание в растениях
- •13.5. Качественные реакции обнаружения алкалоидов
- •13.6. Фармакологическая активность- общий взгляд
- •13.7. Отдельные представители
- •13. 7.1. Алкалоиды группы фенилэтиламина
- •7.2 Производные пяти – и шестичленных гетероциклических соединений
- •137.3. Группа тропана
- •13.8. Витамины
- •Действие в организме
- •Стадии зрительного процесса на сетчатке глаза
- •14.1. Полимеры-определение. Виды полимеров
- •14. 2. Классификация вмс
- •14.3. Реакции полимеризации
- •14.3.1. Номенклатура полимеров.
- •14.3.2 . Общая характеристика мономеров.
- •14.3.3. Механизмы реакции полимеризации
- •14.4. Радикальная полимеризация
- •14.5. Ионная полимеризация
- •14.5.1. Катионная полимеризация
- •14.5.2. Анионная полимеризация
- •14.6. Координационная полимеризация
- •14.7.1. Блочная полимеризация
- •14.7.2. Эмульсионная полимеризация
- •14.7.3. Полимеризация в растворе
- •14.8. Конфигурация полимеров
- •14. 10. Физическое состояние полимеров
- •14.10.1. Аморфные полимеры
- •14 10.2. Кристаллические полимеры
- •14.11. Натуральный каучук
- •14.12 . Конденсационные полимеры
- •14. 13 Основные представители вмс
- •2. Структурные формулы биоорганических соединений
- •Сопряженные соединения
- •Карбоновые кислоты (указаны тривиальные названия)
- •Незаменимые аминокислоты обозначены звездочкой -*
- •Углеводы и их производные
- •Азотистые основания и их производные
- •1. Теоретические положения строения и свойств биоорганических
- •2. Важнейшие биополимеры организма
- •3. Липиды и низкомолекулярные регуляторы метаболизма.Важнейшие группы лекарственных средств
- •Курс лекций по биоорганической химии
- •060103 – Педиатрия
- •060104 –Медико-профилактическое дело
- •060105 - Стоматология
2. 3. 2. Медико-биологическое значение карбоциклических ароматических
соединений
Бензольные циклы присутствуют в природных биоактивных соединениях.
К ним следует отнести аминокислоты фенилаланин, тирозин
Производные аминокислоты тирозина- гормон адреналин, гормон и нейромедиатор норадреналин , гормон щитовидной железы тироксин, медиатор дофамин. Ароматическая бензольная система присутствует в женских половых гормонах эстрогенах, в то время как структурно им близкие мужские половые гормоны андрогены эту систему не содержат.
На основе ароматических соединений получено множество лекарств.
К производным бензола следует отнести сульфаниламидные препараты, обезболивающие ( новокаин, анестезин и их аналоги), аспирин и многие другие. Цикл нафталина содержится в витамине К и его синтетическом препарате викасоле. Викасол останавливает кишечные кровотечения , витамин К участвует в образовании факторов свертывающей системы крови и необходим для правильного формирования минерализованных тканей костей и зубов.
Устойчивость бензольной системы к действию окислителей замедляет метаболизм бензола и его производных в организме.
Отмечено накопление ароматических соединений в тканях с высоким содержанием липидов ( кроветворные органы, подкожно-жировая клетчатка, легкие), задержка в печени, где происходит основное разрушение этих веществ. Бензол избирательно накапливается в эндометрии матки и может оказывать тератогенное действие, вызывая появление уродств при развития плода.
Женщинам-химикам в детородном возрасте не рекомендуется работать с бензолом. Высокая токсичность многоядерных конденсированных ароматических соединений связывают с тем, что продукты их метаболизма обладают канцерогенной активностью. Многоядерные ароматические соединения легче и быстрее метаболизируют ( изменяются) в организме, поскольку в них наблюдается неравномерное распределение электронной плотности, и они легче поддаются реакциям окисления, которые лежат в основе детоксикации чужеродных для организма соединений ( ксенобиотиков). Процессы обезвреживания происходят в печени, почках, легких, коже и других тканях и органах с участием особого фермента цитохрома
р-450. Длительная работа с ароматическими углеводородами без соблюдения надлежащих правил техники безопасности сопровождается хроническим отравлением организма и развитием у химиков профессиональной болезни.
2. 3. 3. Гетероциклические ароматические соединения
Наиболее важные биоорганические соединения, встречающиеся в составе нуклеиновых кислот, витаминов, аминокислот, белков , содержат пятичленные и шестичленные циклы. В составе этих циклов присутствуют атомы азота, кислорода, серы, что и обусловило их название- гетероциклы ( гетер- греч- разный, другой)
Шестичленные ароматические гетероциклы
Шестичленные природные гетероциклические ароматические соединения содержат один или несколько атомов азота. В пиридине присутствует один атом азота, а в пиримидине два атома в положении 1,3 относительно друг друга.
.. Пиридин один основный центр |
.. Пиримидин два основных центра |
Рассмотрим диаграммы распределения электронов на валентных орбиталях в
шестичленных ароматических гетероциклах.
Вспомним диаграммы распределения электронов атомов углерода и азота в возбужденном sp2-состоянии.
--↑--
С sp2--↑-- --↑-- --↑--электрон π- связи.
3электрона σ - связей
--↑--
пиридиновый атом азотаNsp2--↑↓-- --↑-- --↑-электрон π- связи
2электрона σ - связей
неподеленная
пара
Все атомы углерода и азота находятся в sp2- гибридном состоянии . У атома азота на трех гибридизованных орбиталях находятся 2 одиночных электрона, которые образуют 2σ -связи цикла и неподеленная пара электронов , которая не участвует в образовании химических связей в соединении.
Негибридная орбиталь содержит один электрон, который включается в образовании
π- связи.
Таким образом, атом азота образует 3 связи ( две( σ) и одну ( π ) , сохраняя при этом свободную неподеленную пару электронов, которая отвечает за основные свойства «пиридинового» атома азота
Шестичленные гетероциклы сохраняют основные свойства( более слабые по сравнению с аммиаком) В молекуле пиридина один основный атом азота, а в пиримидине- два основных атома азота. Образование соли не нарушает ароматическую систему, но усиливает неравномерное распределение электронной плотности .
+H+—>
.. | +
пиридин Н ион пиридиния
Ароматические свойства шестичленных азотсодержащих гетероциклов менее выражены по сравнению с бензолом.
Электроотрицательность Nsp2больше, чемCsp2, возникает неравномерное распределение электронной плотности, которое не согласуется с классическим понятиемароматическоесостояние ( делокализованная , равномерно распределенная электронная плотность). Гетероатомы снижают энергию делокализации.
Чем больше атомов азота, тем больше отклонение от ароматического состояния. Пиридин и пиримидин называют « π -недостаточные циклы илиπ- дефицитные»
Ароматические свойства убывают в последовательности
бензол > пиридин > пиримидин
Пятичленные ароматические гетероциклы
Пятичленные ароматические гетероциклы образованы с участием атомов азота, кислорода, серы.
Фуран |
Тиофен |
Пиррол |
Имидазол |
Все атомы, формирующие цикл, находятся в sp2- гибридном состоянии. Неподеленная пара электронов гетероатома участвует в образовании ароматического секстета: каждый атом углерода отдает по одному р-электрону, а гетероатом- неподеленную пару электронов, которая находится на негибридизованной р-орбитали.
Распределение электронов(электронная конфигурация) атома азота в пятичленном
гетероцикле пирроле изображено на диаграмме:
--↑↓---
Nsp2 --↑-- --↑-- --↑----2 электронапоступают в общую π - систему
3 электрона σ -связей
пиррольный атом азота
Имеется доказательство включения пары электронов гетероатома в ароматический секстет : пиррол не проявляет основных свойств, в обычных условиях не взаимодействует с кислотами и не образует солей.
Применяют два термина для обозначения атомов азота в составе ароматического гетероциклического соединения : пиридиновый атом азота и пиррольный атом азота.
Пиридиновый – обладает основными свойствами, пиррольный – не обладает, т.к. вкладывает свою пару электронов в образование ароматической системы.
Для примера можно привести соединение имидазол, который содержит оба вида атомов азота.
пиридиновый атом азота
пиррольный атом азота
имидазол
Ароматические свойства пятичленных гетероциклических соединений выражены достаточно в сравнении с бензолом : у тиофена реакции ионного замещения проходят легче, при более низкой температуре. Возможно такое объяснение этому явлению : ароматический секстет распределен между пятью атомами цикла, на каждом атоме электронная плотность выше по сравнению с бензолом ( 6\5 и 6\6 соответственно).
Пиррол, фуран, тиофен относятся к «π -избыточным циклам».
Ароматические свойства пятичленных гетероциклических соединений зависят от величины электроотрицательности гетероатома.
Чем больше величина электроотрицательности, тем труднее гетероатом отдает свою неподеленную пару электронов в общую систему.
Известно, что электроотрицательность изменяется в ряду О > N > S и ароматические свойства убывают в ряду :
тиофен > пиррол > фуран
Медико- биологическое значение гетероциклических ароматических соединений
Изученные соединения имеют огромное значение в понимании многих биохимических процессов, на их основе синтезированы сотни лекарственных препаратов.
Пиридин.
Его производными являются никотиновая кислота, никотинамид ( витамин РР), который входит в состав переносчика электронов кофермента NAD+, витамина В6, регулирующего обмен аминокислот и синтез гликогена . На основе пиридина получены противотуберкулезные препараты ( изониазид)
Пиримидин. Три главных производных его- урацил, тимин и цитозин- входят в состав нуклеиновых кислот и носят название « азотистые основания» нуклеиновых кислот.
Пиррол. В составе сложной четырехпиррольной ароматической порфириновой системы , включающей в себя ионы металлов, образует гем( содержит ионы железа и меди) и хлорофилл( содержит ион магния). Сопряженная система гема содержит 30
π-электронов. ( Проверьте сами на соответствие правилу Хюккеля)
Пурин-конденсированное соединение, содержащее два цикла- имидазол и пиримидин, его производные аденин и гуанин входят в состав нуклеиновых кислот и АТФ- основное макроэргическое соединение организма содержит вещество аденин.
Пурин и пиримидин и их производные нашли широкое применение в производстве противоопухолевых. противовирусных, сульфаниламидных и других лекарственных препаратов( меркаптопурин, фторурацил, метилурацил, кофеин)
Для проверки усвоения раздела рекомендуем ответить на вопросы:
.
1.Укажите число π -электронов в сопряженной системе циклооктатетраена-1,3,5,7.
Варианты ответа а. 4 б. 6. в. 7. г. 8 д. 10. е. 12.
2.Несколько циклических соединений имеют плоское строение, сопряженная
система связей .Число π –электронов в этих соединениях может быть ( несколько ответов):
а. 14 б 12. в 10 г. 8 д. 6 е. 4
Какие из них являются ароматическими.?
3.Три соединения- пиррол, пиридин, тиофен. Расположите их в ряд в соответствии с увеличением ароматичности.
4.Три соединения- пиридин, бензол, пиримидин. Расположите их в ряд в соответствии с уменьшением ароматичности.
5.Составьте ряд из соединений в соответствии с увеличением ароматических свойств : пиридин, тиофен, пиримидин, фуран.
6. Изучите формулу пурина. Запомните порядок нумерации атомов в обоих циклах. Определите, какой атом не проявляет основные свойства?
Варианты ответа : а. N1б.N3в.N7г.N9
.
ЛЕКЦИЯ 2
ВЗАИМНОЕ ВЛИЯНИЕ АТОМОВ В МОЛЕКУЛАХ БИООРГАНИЧЕСКИХ СОЕДИЕНИЙ. ЭЛЕКТРОННЫЕ ЭФФЕКТЫ ЗАМЕСТИТЕЛЕЙ. КИСЛОТНЫЕ И ОСНОВНЫЕ СВОЙСТВА БИООРГАНИЧЕСКИХ МОЛЕКУЛ
Содержание лекции.
Взаимное влияние атомов в молекулах биоорганических соединений
2.1.1. Электронные эффекты заместителей. Индуктивный и мезомерный эффект. Донорные и акцепторные группы-заместители.
2.1.2. Распределение электронной плотности в биоорганических молекулах.
2.2. Кислотно-основные свойства органических соединений.
2.2.1. Теория Бренстеда-Лоури. Определения « кислоты и основания» в соответствии с теорией Бренстеда-Лоури.
2.2.2. Биоорганические соединения- кислоты. Влияние типа кислотного центра и
заместителей кислотные свойства.
2.2.3. Биоорганические соединения- основания. . Влияние типа основного центра и
заместителей основные свойства. свойства
Медико- биологическое значение изучения темы « Кислотно-основные свойства биоорганических соединений»
Исходный уровень знаний для усвоения темы
Гибридизация орбиталей и пространственная ориентация орбиталей элементов 2 периода., виды химических связей, особенности образования ковалентных σ- и π –связей, полярные и неполярные ковалентные связи, изменение электроотрицательности элементов в периоде и группе, функциональные группы, сопряженные системы, делокализация .