
- •Глава1. История развития биоорганической химии …………………………………
- •Глава 2. Лекции по биоорганической химии …………………………………………
- •Глава 1
- •1.. Характеристика химических связей в биоорганических соединениях
- •2. Сопряженные системы
- •2.1. Общие понятия о строении сопряженных систем
- •2 . 3 . Циклические сопряженные системы. Ароматичность
- •1. Устойчивость к действию окислителя перманганата калия в растворе.
- •3. Способность к реакциям замещения в растворе по ионному( катионному,
- •2.3.1. Современные представления о строении бензола
- •2. 3. 2. Медико-биологическое значение карбоциклических ароматических
- •2. 3. 3. Гетероциклические ароматические соединения
- •2.1. Взаимное влияние атомов в молекулах биоорганических соединений.
- •2.2. Кислотно-основные свойства органических соединений
- •2.3. Медико- биологическое значение изучения темы « Кислотно-основные
- •3.1. Виды изомерии
- •3.2. Структурная изомерия.
- •3.2.1. Изомерия скелета
- •3.3. Динамическая изомерия.
- •3. 3.1. Кето-енольная таутомерия.
- •3.3.2. Лактим-лактамная таутомерия
- •3.4 Пространственная изомерия
- •3.4.1 Геометрическая( цис, транс) изомерия
- •3.4.4. Медико-биологическое значение стереоизомерии
- •4.1 Классификация реакций в биоорганической химии
- •4.1.1 Типы разрыва химических связей
- •4.1.2. Гомолитический тип разрыва связей.
- •4.1.3. Гетеролитический тип разрыва связей
- •4.2.1. Реакции электрофильного присоединения в ряду алкенов(а е)
- •4.2.2. Реакции нуклеофильного присоединения
- •7.Реакции у α- углеродного атома в карбонильных соединениях
- •8. Альдольная конденсация
- •1. Реакция нитрования
- •2. Реация сульфирования
- •3.Реакция галогенирования
- •4. Реакция алкилирования
- •4.2.4. Реакции нуклеофильного замещения ( s n )
- •Лекция 5 карбоновые кислоты и их гетерофункциональные
- •5.1. Классификация карбоновых кислот
- •5.2. Строение карбоксильной группы
- •5.2.1. Значение величин рКа некоторых карбоновых кислот :
- •5.3. Химические свойства карбоновых кислот
- •Этилацетат
- •5.4. Характеристика отдельных представителей монокарбоновых кислот ,
- •Масляная кислота ( н- бутановая кислота)
- •5.5. Непредельные монокарбоновые кислоты
- •5.6. Дикарбоновые кислоты
- •5.7. Непредельные ди- и трикарбоновые кислоты
- •5.8. Гидроксикислоты
- •5.8.3. Дигидроксидикарбоновые кислоты
- •5.9. Oксокарбоновые кислоты( альдегидо -, кетокарбоновые кислоты)
- •5.10 Приложение : Происхождение названий карбоновых кислот Сn н2n о2
- •6.1. Определение « липиды»
- •6.3. Основные представители липидов
- •6.3.1.Природные высшие карбоновые кислоты
- •3. Тиоэфиры
- •4. Дегидрирование насыщенной кислоты в активной форме с участием фермента.
- •6.3.2. Триацилглицерины( триглицериды)
- •6.3.3. Фосфатиды ( фосфолипиды ) и фосфатидовая кислота
- •6. 4. Принципы создания липотропных лекарственных препаратов
- •6.5 . Строение и химический состав мембран клеток
- •7.1. Номенклатура, особенности пространственного и структурного строения природных аминокислот
- •7. 2 Классификация природных аминокислот
- •7. 3Физические свойства природных аминокислот
- •7.4 Поведение аминокислот в водных растворах: образование цвиттер-ионов, изменение заряда и электрофоретической подвижности в зависимости от рН-среды. Изоэлектрическая точка
- •7.5. Качественная реакция обнаружения аминокислот
- •7. 6 . Химические свойства аминокислот
- •7 .6. 1 Химические свойства аминокислот in vitro
- •7.6.2. Химические свойства аминокислот in vivo
- •7.7. Строение витамина в6 и механизм реакции с его участием
- •7.8. Реакция поликонденсации, образование полипептидов
- •7. 9. Медико - биологическое значение аминокислот
- •7. 10. Применение аминокислот и их производных в качестве
- •Незаменимые аминокислоты обозначены звездочкой*
- •8.1. Определения « пептид» «белок»
- •8.2. Классификация белков
- •8.3. Строение пептидов и белков.
- •8.3.1. Первичная структура белка
- •8.3.2. Вторичная структура белка
- •8.3.3. Третичная и четвертичная структура белка
- •8.4. Физико-химические свойства белка
- •8.4.1. Амфотерность - кислотно- основные свойства белков.
- •8.4.2. Денатурация белка
- •8.5.Качественные реакции обнаружения белков в биологических объектах.
- •8. 6. Приложение. История развития химии белков
- •9. 1. Классификация углеводов
- •9.2. Моносахариды
- •9.3. Изомерия моносахаридов. Стереоизомерия. L- и д- ряды. Диастереомеры, энантиомеры, эпимеры. Значение отдельных представителей
- •9.4 Химические свойства моносахаридов
- •9.4. 3. Фосфорные эфиры
- •9.4.3 Образование гликозидов
- •9.4.4. Реакции восстановления
- •9.4.5Реакции окисления моносахаридов
- •9.5. Биологическое значение моносахаридов и их производных.
- •10.1. Олигосахариды. Дисахариды
- •10.1.1. Нередуцирующие дисахариды
- •10.1.2 Редуцирующие дисахариды.
- •10.2. Полисахариды
- •10.2.1.Гомополисахариды
- •11.1. Классификация нуклеиновых кислот, отличия в строении и составе как следствие различных биологических функций
- •11.2.Азотистые основания нуклеиновых кислот
- •11.2.2. Азотистые основания- производные пурина( аденин, гуанин)
- •11.3. Нуклеозиды
- •11.4. Нуклеотиды
- •11.5.Строение нуклеиновых кислот
- •11.6.Метаболизм пуриновых соединений в клетке
- •11.7. Биологически важные соединения- мононуклеотиды, динуклеотиды- участники важнейших биохимических процессов
- •11.8 Приложение . Справочные материалы к теме лекции
- •1953 – Дж. Уотсон и ф. Крик - модель двухцепочечной структуры днк.
- •12.1 Современная концепция создания биоорганических соединений –
- •12.1.1. Особые химические требования к лекарственному веществу
- •12.1.3. . Пути поиска и создания лекарственных препаратов
- •12.1.4 Классификация лекарственных веществ
- •12.2 Синтез, химические и физическиесвойства лекарственных соединений
- •12.2.1. Производные 4-аминобензойной кислоты
- •12.2.2. Производные 4-аминобензолсульфокислоты
- •Hso3Cl сульфохлорирование h2nr’ амин
- •Ацетиланилин
- •12. 2. 3. Лекарственные средства, производные салициловой кислоты
- •12.2.4. Лекарственные средства, производные 4 –аминофенола
- •12.2.5 Лекарственные средства на основе пиридинкарбоновых кислот
- •12. 2. 6. Производные пиримидина
- •12. 2 .7. Производные пурина- кофеин, теофиллин, теобромин
- •13.1. Номенклатура алкалоидов
- •13.2. Классификация алкалоидов
- •13. 3. Функции алкалоидов
- •13.4. Содержание в растениях
- •13.5. Качественные реакции обнаружения алкалоидов
- •13.6. Фармакологическая активность- общий взгляд
- •13.7. Отдельные представители
- •13. 7.1. Алкалоиды группы фенилэтиламина
- •7.2 Производные пяти – и шестичленных гетероциклических соединений
- •137.3. Группа тропана
- •13.8. Витамины
- •Действие в организме
- •Стадии зрительного процесса на сетчатке глаза
- •14.1. Полимеры-определение. Виды полимеров
- •14. 2. Классификация вмс
- •14.3. Реакции полимеризации
- •14.3.1. Номенклатура полимеров.
- •14.3.2 . Общая характеристика мономеров.
- •14.3.3. Механизмы реакции полимеризации
- •14.4. Радикальная полимеризация
- •14.5. Ионная полимеризация
- •14.5.1. Катионная полимеризация
- •14.5.2. Анионная полимеризация
- •14.6. Координационная полимеризация
- •14.7.1. Блочная полимеризация
- •14.7.2. Эмульсионная полимеризация
- •14.7.3. Полимеризация в растворе
- •14.8. Конфигурация полимеров
- •14. 10. Физическое состояние полимеров
- •14.10.1. Аморфные полимеры
- •14 10.2. Кристаллические полимеры
- •14.11. Натуральный каучук
- •14.12 . Конденсационные полимеры
- •14. 13 Основные представители вмс
- •2. Структурные формулы биоорганических соединений
- •Сопряженные соединения
- •Карбоновые кислоты (указаны тривиальные названия)
- •Незаменимые аминокислоты обозначены звездочкой -*
- •Углеводы и их производные
- •Азотистые основания и их производные
- •1. Теоретические положения строения и свойств биоорганических
- •2. Важнейшие биополимеры организма
- •3. Липиды и низкомолекулярные регуляторы метаболизма.Важнейшие группы лекарственных средств
- •Курс лекций по биоорганической химии
- •060103 – Педиатрия
- •060104 –Медико-профилактическое дело
- •060105 - Стоматология
3.4.1 Геометрическая( цис, транс) изомерия
Для алкенов характерна плоскостная геометрическая цис, транс- изомерия, если каждый из sp2- гибридизованных атомов углерода связан с двумя разными заместителями. Образование изомеров возникает из-за невозможности свободного вращения фрагментов молекулы вокруг двойной связи. В гомологическом ряду алкенов первым представителем , который существует в двух геометрических изомерных формах, является бутен-2.
Н СН3 СН3 СН3
> С=С < > С=С <
СН3 Н Н Н
trans- бутен-2 cis- бутен-2
Биологическая активность природных соединений и лекарственных препаратов зависит от их пространственной конфигурации.
Полиненасыщенные кислоты –олеиновая, линолевая, линоленовая, арахидоновая присутствуют в составе липидов в цис-форме, которая является энергетически менее устойчивой, соединения обладают дополнительным запасом энергии по сравнению с транс –изомерной формой .
Под влиянием УФ-излучения, свободных радикалов( кислорода, оксида NO) изменяется пространственное строение , цис-форма превращается в более устойчивую транс-форму, коренным образом изменяется биологическая активность.органической молекулы.
Из двух возможных изомеров бутендиовой кислоты в клетках растений и животных образуется только транс-бутендиовая кислота( фумаровая) , а цис-изомер( малеиновая кислота) является для человека и животных токсическим соединением.
|
|
Малеиновая кислота ( цис ) |
Фумаровая кислота ( транс) |
В витамине А двойные связи, располагающиеся в боковой цепи, имеют транс-конфигурацию.
Для осуществления акта фоторецепции необходимо обратимое превращение :
цис-ретиналь—> транс-ретиналь – > транс-ретинол — > цис-ретинол
—>цис-ретиналь
Оптическая ( зеркальная) изомерия
«Ну, конечно, воскликнула она,
это же Зазеркальная книга.
Если я поднесу ее к Зеркалу,
Я смогу ее прочесть»
Л. Кэрролл «Алиса в Зазеркалье»
Пространственное строение многих органических молекул связано с существованием оптических изомеров.
Условием образования оптических изомеров является наличие в молекуле атомов углерода в sp3 -гибридном состоянии, каждый из которых связан с 4 различными заместителями.
В этом случае молекула не обладает плоскостью симметрии и она не совместима со своим зеркальным отражением.
Пространственные оптические изомеры ( показана их несовместимость)
Такое вещество обладает оптической активностью, изомеры называются оптическими.
Атом углерода, связанный с 4 различными заместителями( обозначают С*), принято называть асимметричным, оптически активным , хиральным ( от греч –cheir-рука , кисти руки являются зеркально отраженными друг другу).
А Аоптические изомеры(энантиомеры)
| | вплоскостном изображении
В— С*— DD—C*— В ( плоскостные проекции
| | Фишера)
EE
зеркальная плоскость
Два вещества, полные зеркальные изомеры, носят название энантиомеры.
Если в молекуле один хиральный атом, то два стереоизомера изомера всегда являются энантиомерами.
Общее количество изомеров у молекулы, содержащей несколько асимметрических атомов углерода, зависит от числа хиральных атомов( хиральных центров):
N = 2 n
( N- общее количество изомеров,n– число хиральных атомов в молекуле)
Изомеры, содержащие несколько хиральных центов и не являющиеся полными зеркальными отражениями друг друга носят название – диастереомеры.
Для изображения на плоскости оптических изомеров природных биоактивных молекул( аминокислот, гидроксикислот, моносахаров) используют проекции Фишера :
- на плоскость проецируют тетраэдрическую конфигурацию
- относительно асимметрического атома углерода записывают 4 заместителя,
вверху- старшую из всех групп, внизу - радикал , справа и слева – атомы водорода и
функциональные группы( амино, гидрокси, меркапто. галоген ) .
Структурные формулы отражают существование молекулы в виде двух изомеров, принадлежащих к стереорядам DиL(D–правый,L– левый)
Запишем формулу 2-гидроксипропановой( молочной ) кислоты в виде двух стереоизомеров.
СН3— СН — СООНCOOHCOOH
| | |
OH H — C* — OH HO —C* — H
| |
СН3 СН3
D- лактатL – лактат
Вещество относится к D -ряду, если переход от атома водорода к гидроксигруппе( или любой функциональной ) через старшую группусовпадает с движением стрелки на часах.
Вещество относится к L -ряду, если переход от атома водорода к гидроксигруппе( или любой функциональной ) через старшую группу осуществляетсяпротив движения стрелки на часах.
Как правило, температуры плавления, кипения и другие физико-химические свойства энантиомеров не отличаются Отличить их друг от друга можно только с помощью поляризованного луча света, энантиомеры вращают угол плоскости поляризованного луча на одну величину, но в противоположные стороны.Отклонение плоскости поляризованного луча можно измерить с помощью прибораполяриметра.Если для полного скрещения призм ручку анализатора требуется повернуть вправо, то изомерную форму вещества называют правовращающей (+ d), а если влево- левовращающей (-l) .
Знак вращения – свойство вещества. Отнесение к D,L- стереорядам- условный прием, знак вращения и стереоряд не связаны между собой.
Определить истинную конфигурацию вещества, т.е.сделать соотнесение « знак вращения- стереоряд»можно, используяконфигурационный стандарт М.А.Розанова.
В качестве стандарта используют DиL–глицериновый альдегид. Оказалось, что
(+d)-глицериновый альдегид соответствуетD-стереоряду, а (- l)- соответствует -L-стереоряду.
CНOCНO
| |
H—C* —OHHO—C* —H
| |
СН2ОН СН2ОН
( + ) D –глицеиновый альдегид ( - ) L –глицериновый альдегид
Биологически активное соединение( знак вращения его определяется с помощью поляриметра) путем химических реакций превращают в глицериновый альдегид ( + dили -l). Самая значительная трудность состоит в том, чтобы асимметрический атом углерода не изменил конфигурацию на противоположную в процессе химических реакций.
Равная по массе или по количеству вещества смесь двух энантиомеров является оптически неактивной. Такую смесь называют рацемической.
Особый случай составляют вещества, в которых несколько хиральных атомов углерода, но и есть ось симметрии. В этом случае число энантиомеров изменяется и возникает внутренний рацемат – мезоформа. Примером является винная кислота-
2,3-дигидроксибутандиовая.
НООС — СН — СН — СООН
| |
ОН ОН
L-винная кислота (l, l ) мезо-винная кислота(d , l) D- винная кислота(d, d )
L-винная кислота (l,l) иD- винная кислота(d,d)-энантиомеры
мезо-винная кислота(d,l) иL-винная кислота (l,l)
> диастереомеры
мезо-винная кислота(d,l) иD- винная кислота(d,d)
Пространственное строение шестичленных циклов
Циклогексан не может иметь плоскостное строение. так как атомы углерода имеют тетраэдрическую конфигурацию и угол между связями равен 109028’ .
1
62
5 3
4
Различают 3 пространственных конформации : I- кресло (chair),II- твист,III- ванна
( bath),
Наиболее устойчивой пространственной формой является кресло, фактически это транс- форма 1 и 4 атомов углерода относительно 2,3, 5, 6 атомов, которые лежат в одной плоскости. Конформация твист является промежуточной между двумя остальными.
Все природные вещества, имеющие в своем составе шестичленные циклы : углеводы
( крахмал, гликоген, глюкоза), холестерин , мужские и женские половые гормоны, имеют конформацию формы кресла, это обеспечивает их взаимодействие с рецепторами мембран и ферментами: .