
- •2. Характеристика процесса репликации
- •3. Гипотетические механизмы репликации.
- •4. Ферменты и белки, принимающие участие в репликации
- •Головні білки реплікації
- •5. Стадии репликации: инициация, элонгация, терминация (на примере e.Coli).
- •6.Отличия репликации у эукариот и прокариот
- •Типы репликации
- •8. Проблема репликации линейных концов днк. Теломераза.
- •Тема 2. Геномы организмов
- •Геном прокариот
- •Уcтройство генов прокариотов
- •Обозначения к схеме и пояснения
- •Тема 3: геномы эукариот
- •Тема 4: Репарация
- •Классификация систем репарации
- •Типы рестриктаз
- •Іі. Репликационная система репарации
- •1. Репарация по ходу репликации
- •2. Репликационная репарация после метилирования дочерней цепи
- •3. Прямая репарация
- •4. Эксцизионная репарация
- •Индуцированная sos-репарация
- •Sos-оперон у e.Coli
- •III. Пострепликативная репарация (рекомбинационная)
- •Тема 5: мобильные генетические элементы (мгэ)
- •Плазмиды
- •Свойства плазмид
- •Характеристика некоторых видов плазмид
- •Транспозоны
- •Мобильные генетические элементы прокариот
- •Is-элементы
- •Is-подобные транспозоны
- •Is-модули
- •Мобильные генетические элементы эукариот
- •Тема 6: регуляция метаболизма
- •Регуляция на уровне транскрипции
- •Регуляция экспрессии генов на уровне трансляции
- •Тема 7. Конструирование рекомбинантных днк (основы генной инженерии)
- •I этап. Получение генов или фрагментов днк для последующего встраивания в хромосому реципиента
- •Синтез гена химическим путем
- •Использование обратной транскриптазы
- •Метод дробовика (дробового ружья)
- •Іі этап. Конструирование рекомбинантных молекул с помощью векторов. Векторы и принципы их конструирования
- •III этап. Введение рекомбинантного вектора в клетку реципиента
- •IV этап. Клонирование рек-днк и идентификация рекомбинантных клеток
III этап. Введение рекомбинантного вектора в клетку реципиента
После того, как в структуру вектора был включен нужный ген или фрагмент ДНК, возникает задача введения этого вектора в клетку реципиента, который смог бы продуцировать вещество, кодируемое встроенным геном. В качестве реципиента в зависимости от целей экспериментатора могут использоваться любые живые организмы – клетки бактерий, грибов, растений, животных и человека. В зависимости от этого различаются и методы введения рек-вектора в клетки реципиентов. Наиболее часто применяется метод трансформации (в различных модификациях, но могут использоваться и другие рекомбинативные методы, такие как коньюгация, трансдукция, трансфекция. Кроме того, применяются метод электропорации и метод “пушки”.
Метод трансформации. Трансформация– перенесение в реципиентную клетку изолированных фрагментов ДНК, что может приводить к появлению у клеток-трансформантов признаков, присущих организму, из которого получена эта ДНК. Организм, из которого получают ДНК для трансформации, называютдонором, а организм, в который вводят ДНК, -реципиентом. Применение метода трансформации в генной инженерии основано на способности “голой” ДНК проникать в клетки практически любых организмов. Ограничением применения этого метода при использовании в качестве реципиентов микробных и растительных клеток является их плотная клеточная стенка. Для ее частичного или полного разрушения используют ферменты, однако ферментативный гидролиз необходимо проводить в мягких условиях (например, в изотоническом или гипертоническом растворе), чтобы не повредить мембраны клеток и сохранить их целостность. Для разрушения клеточных стенок бактерий используют такие ферменты, как лизоцим, лизоамидаза,субтилизини др. Ферментативный гидролиз клеточных стенок дрожжей можно осуществить с помощью комплекса глюканаз, маннаназ и хитиназ. Для гидролиза оболочек растительных клеток используют целлюлолитические ферменты. Трансформацию животных клеток проводят без обработки ферментами, так как они лишены плотных оболочек.
Эффективность трансформации зависит от многих факторов: количества вносимой ДНК, способа ее выделения и очистки, величины фрагментов, а также от физиологического состояния клетки-реципиента. При переносе ДНК в цельные клетки частота трансформации составляет в среднем 10-5 - 10-8, при использовании протопластов (клеток, лишенных клеточных стенок) частота трансформации может быть значительно выше – до 10-3 - 10-4. Клетки, способные поглощать ДНК, называют компетентными. У бактерийкомпетентность– это особое состояние, при котором на поверхности оболочки появляются специфические белки и ферменты, обеспечивающие адсорбцию, частичную деградацию ДНК на фрагменты, разделение комплементарных цепей и проведение одноцепочечных фрагментов ДНК внутрь клетки. Компетентность в бактериальной культуре наблюдается обычно в экспоненциальной или стационарной фазах роста. Долю компетентных клеток можно повысить, испльзуя специальные среды и условия культивирования. Так, у кишечной палочки частота трансформации существенно повышается под воздействием теплового шока, катионовRb+, хлорида гексамин- кобальта, при выращивании на среде с повышенным содержанием ионов магния (10-20 мМ).
Одним из самых простых методов трансформации является кальциевый метод, при котором клетки реципиента обрабатывают ледяным раствором хлорида кальция и выдерживают суспензию при 420С в течение 1,5 мин. Благодаря локальному разрушению клеточных стенок бактерий частота трансформации увеличивается до 10-3.
Иногда для трансформации клеток бактерий, животных и растений используют полиэтиленгликоль, который также повышает компетентность реципиентных клеток.
В некоторых системах “донор-реципиент” оказывается невозможным провести эффективную трансформацию. В этом случае для доставки плазмид-векторов в клетки реципиента используют метод коньюгации. Так, если ввести рек-вектор в промежуточную клетку, несущуюF-фактор (плазмида, несущая гены для обеспечения коньюгативного переноса), то векторная плазмида может интегрироваться вF-фактор и вместе с ним поF-пилям переноситься в клетку-реципиент.
Иногда гены для встраивания клонируют в фагах и других вирусах. В этом случае для переноса вирусных векторов в клетки реципиентов используют метод трансдукции, а именно, заражают клетки реципиента вирусной рек-ДНК и именно она осуществляет доставку чужеродных генов в геном, что придает реципиенту новые свойства. В том случае, если клетки бактерий поглощают ДНК бактериофагов и в результате происходит созревание фаговых частиц, говорят отрансфекциифаговой ДНК.
Метод электропорации основан на применении импульсного электрического тока высокой напряженности. Клетки вместе с векторной ДНК помещают в небольшую ячейку между двумя электродами и подвергают кратковременному (10-100 мкс) воздействию электрического поля. Это приводит к образованию временных пор в клеточных оболочках реципиентов, повышает их проницаемость и проводимость для макромолекул. Специально созданные для этих целей лазерные инжекторы способны за одну секунду формировать в облучаемой клетке до 600 пор. Это позволяет существенно увеличить частоту трансформации и особенно для крупных плазмид-векторов.
Метод молекулярной пушкичаще применяется в случаях, когда клетки реципиента являются трудно проницаемыми для трансформируемой ДНК. С помощью специального устройства реципиентные клетки «обстреливают» микроскопическими ядрами из золота, кадмия или других металлов, на которые нанесена векторная рек-ДНК, что обеспечивает проникновение чужеродной ДНК в клетку и геном.