В ядре есть активные и неактивные зоны. Простое перемещение гена (сегмента хромосмы) в неактивную зону мажет привести к репрессии транскрипции.

Распределение внутри ядра меченных предшественников, включенный в ДНК начале (синий цвет) и конце (красный цвет) S фазы

Перемещение геномного домена из одного компартмента в другой может быть связано с изменением его транскрипционного статуса и тайминга репликации Одним из неактивных компартментов является периферическая часть ядра

Ядра клеток CHO выделяли на разных стадиях G1 фазы и стимулировали к вхождению в S фазу посредством помещения в экстракт из яйцеклеток ксенопуса. В ядрах, изолированных через 1 час после митоза - глобиновый домен (неактивный в клетках CHO) и домен гена DHFR (активный в клетках CHO) не имели предпочтительной локализации в ядре и предпочтительного времени репликации. В ядрах, изолированных через 2-3 часа после митоза, - глобиновый домен локализовался на перефирии ядра и реплицировался в конце S фазы. Домен DHFR лакализовался внутри ядра и реплицировался в начале S фазы.

Трехмерная организация генома, как и вообще организация живой клетки не является статичной.

Перемещаются как хромосомные территории в целом, так и отдельные домены внутри хромосомных территорий

mCherry-TetO GFP-LacO

После кратковременного включения флуоресцентной метки в ядра делящихся клеток можно пометить отдельные домены хромосом (те домены, которые реплицировались в момент введения метки). Последующее наблюдение за динамикой перемещения таких доменов в живых клетках позволяет утверждать, что перемещения доменов внутри хромосомных территорий являются хаотичными и весьма ограниченными

Существует ли некая структурная платформа для ядер компартментализации?

Ядерный матрикс

Все известные типы «speckles» сохраняются после экстракции из ядер хроматина.

Replication speckles (early pattern) on nuclei and nuclear matrix