
- •Упаковка генома тесно увязана с функциональной компартментализацией клеточного ядра
- •Nuclear bodies
- •Ядрышко – единственный ядерный компартмент, который можно увидеть в световой микроскоп без специальной
- •Основной функцией ядрышек является синтез рибосомной РНК и сборка рибосом
- •Во время митоза ядрышко диспергируется. Компоненты грануллярного слоя остаются связанными с поверхностью конденсированных
- •Большинство ядерных компартментов можно увидеть только после окрашивания присутствующих в этих компартментах макромолекул
- •Nuclear bodies
- •Speckles, Interchromatin granule clusters (IGCs)
- •Promyelocytic leukemia bodies (PML)
- •В ядре эукариотической клетки репликоны организованы в кластеры После включения в новосинтезированную ДНК
- •Транскрибирующие РНК-полимеразы II организованы в группы
- •кластеры включения биотина можно видеть после удаления всей РНК, кроме той, которая находится
- •синий – фосфорилированная РНК полимераза зеленый – HBB (b-глобиновый ген)
- •Функции не изолированных мембранами ядерных компартментов
- •Функции не изолированных мембранами ядерных компартментов
- •Функции не изолированных мембранами ядерных компартментов
- •атформой для сборки ядерного компартмента может б лок или регуляторная РНК
- •Paraspeckles Расположены рядом с Sc35 спеклами. Структурной основой является некодирующая РНК. Одной из
- •Откуда берутся компартменты?
- •Сборка не ограниченных мембранами ядерных компартментов
- •Macromolecular crowding and depletion attraction force
- •isotonic
- •Взаимодействие различных участков генома с компартментами модулирует форму хромосомных территорий и поддерживает межхромосомные
- •Активные гены часто располагаются на границах SC35 компартментов. При этом разные гены, кодирующие
- •Компартменты являются достаточно вариабельными по составу и число их в индивидуальных клетках может
- •Использование флуоресцентных маркеров, входящих в состав полипептидной цепи, позволило изучать динамику распределения и
- •собственная флуоресценция Иммуноокрашивание
- •GFP_PCNA локализуется в местах синтеза ДНК – «репликационных фабриках»
- •Для изучения динамики передвижения и взаимодеействия молекул используются методы FRAP (Fluorescence Recovery After
- •Обмен белками между нуклеоплазмой и большинством типов компартментов происходит достаточно быстро
- •Экспрессия одного из маркеров околоядрышкового компартмента
- •димые в микроскоп компартменты представляют собой одукт динамического равновесия между связанными и связанными
- •Простое перемещение гена к тому или иному компартменту может способствовать активации, либо инактивации
- •В ядре есть активные и неактивные зоны. Простое перемещение гена (сегмента хромосмы) в
- •Распределение внутри ядра меченных предшественников, включенный в ДНК начале (синий цвет) и конце
- •Перемещение геномного домена из одного компартмента в другой может быть связано с изменением
- •Можно перетащить ген к ядерной оболочке. В этом случае он обычно инактивируется
- •Прицентромерные области также являются неактивным компартментом
- •Трехмерная организация генома, как и вообще организация живой клетки не является статичной.
- •После кратковременного включения флуоресцентной метки в ядра делящихся клеток можно пометить отдельные домены
- •Существует ли некая структурная платформа для ядер компартментализации?
- •Ядерный матрикс
- •Все известные типы «speckles» сохраняются после экстракции из ядер хроматина.
- •Многолетние исследования не предоставили убедительных доказатель существования ядерного матрикса в живой клетке
- •регация хромосомных территорий вытекает из свойств длинных полимеро тверждается результатами компьютерного моделирования
- •Единый хроматиновый домен и интерхроматиновый компартмент можно видеть после окраски хроматина в живых
- •Многие функциональные компартменты локализуются в интерхроматиновом домене
- •The model of T. Cremer
- •микроскопия сверхвысокого разрешения
- •Активные модификации
- •Репрессивные модификации – condensed large aggregates
- •активные модификации колокализуются с областями низкой плотности ДНК
- •активные модификации колокализуются с РНК полимеразой
- •активные и репрессивные модификации пространственно сегрегирован
- •ользованием микроскопии высокого разрешения можно видеть, что хромосомные итории неоднородны. Они состоят из
- •откуда берется ядерный матрикс?
- •Особенности позиционирования хромосомных территор и генов внутри хромосомных территорий
- •Разработка техники дифференциальной окраски хромосом и техники конфокальной микроскопии позволила анализировать взаимное пространственное
- •При оценке положения хромосмных территорий в ядре наиболее удобным параметром является расстояние между
- •Внутри хромосомных территорий позиции генов не являются случайными
- •Предпочтительные радиальные позиции индивидуальных хромосом могут различаться в клетках, дифференцированных по разным путям
- •цы хромосомных территорий являются достаточно условными. В ряде случ аются вне хромосомных территорий

Функции не изолированных мембранами ядерных компартментов
3. места депонирования временно не используемых белков
speckles (сосредоточение различных факторов сплайсинга)
атформой для сборки ядерного компартмента может б лок или регуляторная РНК

Paraspeckles Расположены рядом с Sc35 спеклами. Структурной основой является некодирующая РНК. Одной из функций является удержание в ядре транскриптов, содержащих инвертированный повторы, составе которых A заменен на I в результате редактирования
Откуда берутся компартменты?

Сборка не ограниченных мембранами ядерных компартментов
В качестве центра нуклеации для сборки компартмента часто может выступать РНК (например Men e/b ncRNA в
параспеклах.
В некоторых компартментах Центрами нуклеации могут быть Белки, например PML

Macromolecular crowding and depletion attraction force


isotonic |
low salt |
low salt + PEG |
|
buffer |
|||
|
|
phase contrast
nucleolin
Pol I
coilin

Взаимодействие различных участков генома с компартментами модулирует форму хромосомных территорий и поддерживает межхромосомные контакты

Активные гены часто располагаются на границах SC35 компартментов. При этом разные гены, кодирующие функционально-связанные белки могут оказаться пространственно сближены. Первичные транскрипты этих генов вообще оказываются в одном и том же SC35 компартменте.
бета-глобиновый ген |
альфа-глобиновая и |
|
|
|
|
|
|
бета-глобиновая РНК |
|
альфа-глобиновый ген |
|
|
|
SC35 компартменты