
Добавил:
Nemo_Nemorino
Опубликованный материал нарушает ваши авторские права? Сообщите нам.
Вуз:
Предмет:
Файл:Хроматин презентации / Lecture_2_2019.pptx
X
- •Позиционирование нуклеосом может контролировать доступность промоторов
- •Распределение нуклеосом на молекуле ДНК подчиняется определенным
- •Позиционирование нуклеосом на ДНК
- •Участки гиперчувуствительности к ДНК азе I (DHS) – места, свободные от нуклеосом как
- •Эритроид-специфичные DHSs
- •Расположение нуклеосом на ДНК определяется
- •АА, ТТ, ТА через каждые 10 пар (в местах контакта малой бороздки ДНК
- •DHS – участок гиперчувствительности к ДНКазе, экспериментально обнаруженный в определенных клетках
- •Существуют транскрипционные факторы, способные связываться с ДНК в составе нуклеосомы и стимулировать сборку
- •Свободный
- •NuRF
- •NuRF
- •NuRF
- •Расстояние между промотором и активаторным участком часто бывает достаточно большим. Тогда возникает два
- •факторы ремоделирования хроматина могут не только «открывать», но и «закрывать» промоторы. Это случается,
- •UBC4 активируется фактором теплового шока Hsf1.
- •Перемещение нуклеосомы в другую, даже более выгодную с энергетической точки зрения, позицию не
- •Присутствие нуклеосом на регуляторных последовательностях (например, на промоторах) может создать серьезные проблемы для
- •ATP-dependent chromatin remodeling complex
- •Под действием комплекса ремоделирования хроматина RSC I возникают нестабильные нуклеосомы, связывающие 180 п.н.
- •АТФазы факторов ремоделирования хроматина относятся к суперсемейству ДНК хеликаз,
- •механизм работы комплексов ремоделирования хроматина (реакция слайдинга, для которой достаточно собственно АТФазы
- •Эксперименты с использованием single molecule FRET показали, что ДНК перемещается относительно ядра нуклеосомы
- •связанная с нуклеосомой АТФаза ISWI взаимодействует с entry site, HSL-2 site и хвостом
- •active
- •РЕГУЛЯТОРНЫЕ ЭЛЕМЕНТЫ ЭУКАРИОТИЧЕСКОГО ГЕНОМА
- •Регуляторные элементы геномного домена
- •CAGE – Cap Analysis of Gene Expression
- •Промоторы
- •В CpG островках расположено около 60% всех промоторов, в том числе абсолютное большинство
- •В тех промоторах, которые располагаются в CpG островках, большинство сайтов связывания транскрипционных факторов
- •DHS, unstable nucleosome
- •TATA-box, Inr, DPE and MTE
- •Впромоторах с несколькими TSS (CpG островки), после старта транскрипции присутствует ряд позиционированных нуклеосом.
- •Многие, а возможно и большинство промоторов работают двунаправленно
- •Set 1 - COMPASS– H3 K4 di- et tri-methylation; Set1- monomethylation Set 2
- •ЭНХАНСЕРЫ
- •энхансеры контролируют частоту транскрипционных пульсов
- •it has been estimated that there may be
- •В ходе дифференцировки появление типичных для энхансера модификаций (chromatin signature) обычно предшествует активации
- •Неработающие энхансеры в стволовых клетках, которые будут активированы по ходу дифференцировки
- •Позиции активных и потенциальных (репрессированных в данном типе клеток) энхансеров можно предсказать на
- •Создание особого хроматинового ландшафта на энхансерах может обеспечиваться рядом механизмов
- •Ферменты, вносящие, удаляющие и считывающие модификации гистонов на энхансерах
- •Энхансеры служат местами посадки РНК полимеразы II, которая синтезирует различные типы некодирующей РНК.
- •Существуют разные классы РНК, транскрибирующейся с энхансеров
- •Наряду с короткими двунаправленными транскриптами (eRNA), внутригенные энхансеры могут направлять и снтез протяженных
- •Промотор гена Mpg
- •Зачем нужна eRNA?
- •РНК-полимераза может служить “транспортным средством”, обеспечивающим
- •Подавление транскрипионной активности энхансера приводит к снижению уровня экспрессии активируемых этим энхансером генов
- •Привлечение к энхансеру гистондезацетилаз
- •Почему на энхансерах нет триметилирования Н3К4, хотя энхансеры транскрибируютсмя Pol II?
- •Супер-энхансеры

Привлечение к энхансеру гистондезацетилаз

Почему на энхансерах нет триметилирования Н3К4, хотя энхансеры транскрибируютсмя Pol II?
Привлечение через посредство Pol II не является единственным механизмом привлечения Set метилаз
Set 1a/b в комплексе с CpF1 (узнает CpG-богатые последовательности) осуществляет преимущественно триметилирование Н3К4
MLL3/4 (Tritorax-like) осуществляет преимущественно монометилирование

Супер-энхансеры
Блоки энхансеров, контролирующие работу генов, определяющих идентичность (тип дифференцировки) клеток. Содержат множественные места связывания мастер-регуляторов транскрипции
В мышиных стволовых клетках супер-энхансеры (всего 231) связывают Oct4, Sox2, Nanog и ряд других транскрипционных факторов, типичных для стволовых клеток
Соседние файлы в папке Хроматин презентации