Позиционирование нуклеосом может контролировать доступность промоторов
Распределение нуклеосом на молекуле ДНК подчиняется определенным
закономерностям и может быть как близким к случайному, так и абсолютно фиксированным (фазированные нуклеосомы).
Предпочтительные позиции нуклеосом на свободной ДНК можно предсказать с помощью существующих компьютерных программ, позволяющих
анализировать способность изучаемых последовательностей ДНК накручиваться на октамер гистонов.
В хроматине позиции нуклеосом могут отличаться от предсказанных в силу того, что посадка на ДНК специфичных в отношении последовательностей белковых факторов, в том числе транскрипционных факторов может препятствовать посадке нуклеосом.
Различные факторы ремоделирования хроматина перемещают нуклеосомы. Помимо всего прочего это перемещение осуществляется с тем, чтобы обеспечить регулярное расположение нуклеосом (спейсинг) вне зависимости от последовательности ДНК.
Равновесная (наиболее выгодная с энергетической точки зрения) ситуация соответствует максимальной занятости удобных мест посадки нуклеосом при сохранении правильного спейсинга
Позиционирование нуклеосом на ДНК
середина нуклеосомы
Positioning
Occupancy
вероятность того, что данная пара нуклеотидов закрыта нуклеосомой (порция клеток, в которых данная позиция звкрыта нуклеосомой)
Участки гиперчувуствительности к ДНК азе I (DHS) – места, свободные от нуклеосом как правило показывают позиции регуляторных элементов генома
Соответственно типу регуляторного элемента они могут быть
универсальными |
|
|
|
либо |
DNase I |
DNase I |
DNase I |
|
|
|
|
тканеспецифичными |
|
|
|
|
|
|
выделение ДНК и расщепление рестриктазой
электрофорез, блоттинг и гибридизация с концевой пробой
Эритроид-специфичные DHSs
Конститутивный DHS
Расположение нуклеосом на ДНК определяется
Собственно последовательностью ДНК (влияние этой компоненты может изучаться в экспериментах по сборке нуклеосом in vitro)
Наличием в клетке определенного спектра транскрипционных факторов
Процессом транскрипции
Особенностями факторов ремоделирования хроматина, поддерживающими спейсинг (влияние этой компоненты может изучаться в экспериментах по сборке нуклеосом in vitro в присутствии факторов ремоделирования хроматина)
АА, ТТ, ТА через каждые 10 пар (в местах контакта малой бороздки ДНК с октамером) способствуют накручиванию ДНК на октамер. В силу наличия данной периодичности смещение октамера на 10 или 20 …. пар будет мало влиять на стабильность. Так что сильный сигнал позиционирования таким образом создать сложно
Полипуриновые и полипиримидиновые блоки, в том числе и поли А препятствуют посадке нуклеосомы. В геноме дрожжей S. cerevisiae присутствие таких блоков во могих промоторах создает свободные от нуклеосом участки