
- •А.В. Тишков, н.Н. Хромов-Борисов, а.В. Комашня, ф.Ю. Марченкова, е.М. Семенова, н.И. Эюбова, е.А. Делакова, а.В. Быхова
- •Пояснительная записка
- •Введение
- •Статистический анализ – единственный путь оценки и сравнения клинико-лабораторных диагностических тестов
- •Основные типы клинико-лабораторных тестов1
- •Клинико-лабораторные диагностические исследования2
- •«Золотой стандарт» или Эталон сравнения
- •Необходимые сведения из теории вероятностей и математической статистики3
- •Вероятности и/или одды (шансы за и против) - два способа выражения для степени правдоподобия случайного события
- •«Одды» (шансы за и против)
- •Независимые события
- •Отношение оддов
- •Условные вероятности
- •«Заблуждение обвинителя»
- •Формула Бейза: вероятность причин, гипотез, или обратные или предсказательные вероятности
- •Формула Бейза в терминах оддов и правдоподобий
- •Популяция и выборка Определение понятия «популяция»
- •Важнейшее требование к популяции и к выборке - однородность4
- •Всё познается в сравнении
- •Требования к проведению проверки качества клинико-лабораторного диагностического теста
- •Эталонный клинико-лабораторный диагностический тест
- •Диагностическая таблица перекрестной классификации 2×2
- •Типы показателей качества диагностических тестов
- •Показатели предсказательной способности пклдт, т.Е. Способности его положительных или отрицательных результатов предсказывать наличие или отсутствие диагностируемой болезни
- •Отношения правдоподобий
- •Представление отношений правдоподобий в терминах оддов (шансов за и против)
- •Показатели согласованности
- •Отношение оддов
- •Коэффициент каппа Коуэна
- •Наблюдаемые численности исходов
- •Статистическое оценивание
- •Два основных типа статистических оценок
- •Основная логика статистического оценивания: точечные оценки
- •Основная логика статистического оценивания: интервальные оценки
- •Доверительные интервалы
- •Точность и надежность статистических оценок
- •Надежность доверительных интервалов (ди)
- •Точечные статистические оценки вероятностей наблюдать положительные или отрицательные результаты пклдт у субъектов с болезнью или без нее
- •Идеальный и бесполезный тесты в терминах Se и Sp
- •Возможные словесные интерпретации для градаций Se и Sp
- •Статистическая интерпретация ди для Se и Sp
- •Статистическая значимость Se и Sp
- •Точечные статистические оценки предсказательных вероятностей наличия или отсутствия болезни у субъектов с положительными или отрицательными результатами пклдт
- •Идеальный и бесполезный тесты в терминах ppv и npv
- •Точечные статистические оценки для отношений правдоподобий
- •Идеальный и бесполезный тесты в терминах lr
- •Статистическая интерпретация ди для lr
- •Статистическая значимость lr
- •Показатели согласованности Отношение оддов
- •Статистическая интерпретация ди для or
- •Статистическая значимость or
- •Словесная интерпретация градаций для or5
- •Коэффициенты каппа Коуэна
- •Статистическая интерпретация ди для κC
- •Статистическая значимость κC
- •Словесная интерпретация градаций коэффициента каппа Коуэна
- •Исследования типа «случаи – контроли»
- •Наблюдаемые численности исходов при формировании выборок по схеме «случаи-контроли»
- •Оценки предсказательных ценностей положительных и отрицательных результатов теста в схеме «случаи» и «контроли» Согласно теореме Бейза:
- •Точечные статистические иоценки предсказательных вероятностей наличия или отсутствия болезни у субъектов с положительными или отрицательными результатами пклдт в схеме «случаи» и «контроли»
- •Приложение
- •Дополнительные показатели точности и информативности клинико-лабораторных диагностических тестов Дополнительные показатели точности
- •Дополнительные показатели информативности
- •Литература
- •Построение доверительных интервалов для основных показателей согласованности, точности и информативности клинико-лабораторного диагностического теста
- •Доверительные интервалы для показателей точности и информативности при формировании общепопуляционной выборки
- •Доверительные интервалы для ppv и npv при формировании выборок по схеме «случаи-контроли»
- •Доверительные границы для разности долей
- •Частотнический подход
- •Бейзовский подход
- •Доверительный интервал для коэффициента каппа Коуэна
- •Доверительный интервал для отношения оддов
Доверительные границы для разности долей
Построение доверительных интервалов (ДИ) для индекса Юдена есть частный случай общей задачи построения ДИ для разности двух независимых долей.
Возможны два подхода: частотнический и бейзовский.
Частотнический подход
Поэтому
введем общие обозначения: P1
и P2
–
две независимые доли (вероятности);
оценить надо 100(1-α)%-х ДИ для их разности:
Задача не имеет точного решения, поэтому для ее решения предложено множество различных приближенных процедур.
Один из приемлемых способов такой:
Точечными статистическими оценками вероятностей P1 и P2 являются наблюдаемые частоты:
и
А точечной статистической оценкой разности этих вероятностей является:
Для каждой из оцениваемых вероятностей P1 и P2 находят статистические оценки границ приближенных 100(1-α)%-х ДИ для каждой доли по отдельности:
Для первой доли:
Статистическая оценка нижней границы 100(1-α)%-го ДИ:
Статистическая оценка верхней границы 100(1-α)%-го ДИ:
Здесь
Для второй доли:
Статистическая оценка нижней границы 100(1-α)%-го ДИ:
Статистическая оценка верхней границы 100(1-α)%-го ДИ:
Здесь
Тогда статистическими оценками нижней границы 100(1-α)%-го ДИ для оцениваемой разности двух независимых вероятностей может служить:
Статистическая оценка нижней границы 100(1-α)%-го ДИ:
Статистическая оценка верхней границы 100(1-α)%-го ДИ:
Источники:
Agresti A., Caffo B. Simple and effective confidence intervals for proportions and differences of proportions result from adding two successes and two failures // The American Statistician, 2002. - Vol. 54. - No. 4. P. 280-288.
Newcombe R.G. Interval estimation for the difference between independent proportions: comparison of eleven methods // Statist. Med., 1998. – Vol. 17. – N 8. – P. 873—890.
Бейзовский подход
Границы бейзовского 100(1-α)%-го ДИ для разности двух независимых долей можно приближенно вычислить по формулам:
Для нижней границы:
Для верхней границы:
Источник:
Agresti A., Caffo B. Simple and effective confidence intervals for proportions and differences of proportions result from adding two successes and two failures // The American Statistician, 2002. - Vol. 54. - No. 4. P. 280-288.
Доверительный интервал для коэффициента каппа Коуэна
Для построения 100(1 – α)%-го ДИ для коэффициента каппа Коуэна вычисляют стандартную ошибку его точечной оценки по приближенной формуле (по Garner, 1991):
Тогда
нижней границей 100(1 – α)%-го ДИ будет:
А верхней границей 100(1 – α)%-го ДИ будет:
Источник:
Blackman N.J.-M., Koval J.J. Interval estimation for Cohen' s kappa as a measure of agreement // Statist. Med., 2000. – Vol. 19. – N 5. - P. 723 – 741.
Доверительный интервал для отношения оддов
Дабы избежать неопределенности в оценивании отношения оддов OR, возникающей при наличии нулевых численностей в анализируемой таблице перекрестной классификации 22, точечную статистическую оценку OR и ДИ для него лучше производить с поправками по формулам:
где
Для нахождения 100(1 – α)%-го ДИ для оцениваемого значения OR находят cтандартную ошибку для его логарифма lnOR по формуле:
Тогда статистическими оценками границ 100(1 – α)%-го ДИ для оцениваемого значения OR будут:
Статистическая оценка нижней границы:
Статистическая оценка верхней границы:
Источник:
Bolboacă S., Cadariu A.A. Binomial distribution sample confidence intervals estimation.
5. Odds ratio // Leonardo Journal of Sciences, 2004. – No. 4. – P. 26-43.
URL: http://ljs.academicdirect.org/A04/26_43.htm
Элементы планирования эксперимента в клинико-лабораторных диагностических исследованиях
Оценка объемов выборок для надежной оценки PPV и NPV в клинико-лабораторных диагностических при формировании выборок по схеме «случаи-контроли».
Оптимальное соотношение объемов выборок субъектов с болезнью и без нее для оценки PPV:
Для любого приемлемого диагностического теста Se + Sp > 1. Это означает, что это отношение всегда меньше 1. Например, если мы ожидаем, что и чувствительность и специфичность должны быть не меньше 0,8, то исследование должно включать в 4 раза больше прациентов без болезни, чем с болезнью. Если Se и Sp обе равны 0,9, то оптимальным будет соотношение 9:1. Если же объемы выборок будут равными, то асимтотические дисперсии оценок PPV будут, соответственно, на 36% и 64% больше, чем при указаных оптимальных соотношениях.
Ситуация с NPV симметрична. В этом случае оптимальное соотношение пациентов с болезнь и без нее задается выражением:
Таким образом, RNPV = 1 − RPPV и оптимальное соотношение для NPV требует больше субъектов с болезнью.
Интересное свойство заключается в том, что оптимально соотношение объемов выборок не зависит от распространенности болезни.
Для вычисления соотношения числа субъектов с болезнью и без нее до начала исследования необходимы предварительные оценки чувстивтельности и специфичности.
При некоторых исследованиях бывает так, что стоимость тестирования больных субъектов может превышать таковую для субъектов без болезни. Подобные различия в стоимости можно довольно легко учесть при планировании объемов выборок. Для этого в указанные формулы вводят величину с, которая есть соотношение стоимостей тестирования субъектов с болезнью и без нее:
для PPV и
для NPV.
Минимально необходимые объемы выборок находят по формулам:
для PPV и:
для NPV.
Здесь:
α – предпочитаемый исследователем уровень значимости, (1 – β) – предпочитаемая исследователем статистическая мощность, (1 – γPPV) и (1 – γNPV) минимальные значения PPV и NPV, которыми по мнению исследователя должен обладать проверяемый клинико-лабораторный диагностический тест (ПКЛДТ).
Источник:
Steinberg D.M., Fine J., Chappell R. Sample size for positive and negative predictive value in diagnostic research using case–control designs // Biostatistics, 2009. - Vol. 10. - N 1. – P. 94–105.
1 По: Newman T.B., Kohn M.A. Evidence-Based Diagnosis. – Cambridge et al.: Cambridge University Press, 2009. – 295 p.
2 По: Peacock J.L., Peacock P.J. Oxford Handbook of Medical Statistics. – New York: Oxford University Press, 2011. – 517 p.
3 По: Королев В.Ю. Теория вероятностей и математическая статистика: учеб. – М.: ТК Велби, Изд-во Проспект, 2008. – 160 с.
4 По: Айвазян С. А., Енюков И. С., Мешалкин Л. Д. Прикладная статистика: Основы моделирования и первичная обработка данных. Справочное издание. – М.: Финансы и статистика, 1983. – 471 с.
5 По: Hopkins W.G. A Scale of Magnitude for Effect Statistics // A New View of Statistics (http://www.sportsci.org/resource/stats/)