3 Систематика та номенклатура мікроорганізмів.

Важливим елементом будь-якої природничої науки є пізнання та упорядкування відповідних об’єктів. Упорядкуванням (групуванням) живих істот, зокрема мікроорганізмів, займається спеціальна галузь біології – систематика. Процес встановлення належності живих істот до певної групи (таксону) зветься класифікацією.

Нині відомі класифікації рослин та тварин. Під час їх створення враховувались родинні зв’язки представників таксономічних груп. Що ж стосується мікроорганізмів зробити це нелегко. Ще Карл Лінней (1707-1778), відомий систематик живих істот, відмовився від будь-якої класифікації мікроорганізмів, надавши їм назву «хаос», тобто безладдя. Тривалий час дискутувалась природа мікроорганізмів. Одні дослідники відносили їх до рослинного світу (царства рослин), інші до тваринного – царства тварин.

Пізніше було запропоновано спеціально для мікроскопічних організмів власне царство, назване Protista (від грецького protos – найпростіший ).

При вивченні мікроорганізмів виявилось, що серед Protista є надзвичайно прості та складні за будовою істоти і їх поділили на дві великі групи: прокаріоти і еукаріоти.

Прокаріотами (гр. pro – до, karion – ядро) називають мікроорганізми, які не мають чітко диференційованого ядра, а містять його аналог – нуклеоїд. До них належать бактерії і синьо-зелені водорості, які ще називають ціанобактеріями. Вважають, що прокаріоти — похідні первісних істот, які існували понад три мільярди років тому.

Еукаріотами (Eucaryotae – ядерні) називають всі одноклітинні і багатоклітинні організми, які мають сформоване ядро, відмежоване від цитоплазми ядер­ною мембраною. До еукаріотів, що їх вивчають у мікробіології, належать представники грибів, водоростей і найпростіших.

Ґрунтуючись на суттєвих відмінностях в організації еукаріотичних і прокаріотичних клітин, Р. Мюррей (1968 р.) запропонував виділити прокаріоти в окреме царство – Procaryotae. Рослини й тварини об’єднувалися в царство Eucaryotae. У цей же час ( Р. Віттекер, 1969) запропонував усі живі істоти згрупувати у п’ять царств: царство рослин, царство тварин, царство грибів, царство найпростіших, царство бактерій.

Вводяться нові поняття, здійснюється ревізія і модифікація відомих таксонів і організація нових. Так, в таксономії живої природи (Systema Naturae, 2000) поряд з доменами Bacteria, Archaea з’явився новий таксон Biota, куди віднесли неклітинні форми життя – віруси. Раніше для останніх пропонували інші таксони: Aphanobionta, Acytota тощо.

Запропонувати єдину природну класифікацію для усіх мікроорганізмів поки-що не вдається. У зв’язку з цим були розроблені класифікації для окремих їх груп, зокрема бактерій і грибів. Класифікації будуються за принципом ієрархічної системи. У мікробіології, як і в систематиці вищих істот, основним таксоном вважається вид. Згідно з мікробіологічною термінологією, прийнятою в Україні, (ДСТУ, 1994) «вид» визначається як «таксономічна одиниця, що поєднує організми на основі морфологічних, фізіолого-біохімічних, генетичних та інших ознак». Останній може поділятись на підвиди, біовари, штами, антигенні групи і варіанти. Близькоспоріднені види об’єднуються у роди. Останні, на основі спільності певних ознак, згруповані у родини, далі – порядки, класи, царства.

Називати вид прийнято за бінарною номенклатурою К. Ліннея латинською мовою. Спочатку вказують рід, потім вид. Наприклад: Escherichia coli, Bacillus anthracis, Streptococcus equi. Назва роду пишеться з великої літери, а назва виду – з маленької. При наявності підвиду (subspecies) його теж вказують, наприклад: Streptococcus equi subsp. zoоepidermicus, Leuconostok mesenteroides subsp. dextranicum. Деякі види мікроорганізмів можуть включати різні біовари (biovar), які відріз-няються поміж собою за певними біологічними властивостями (Rhizobium leguminosarum biov. Рhaseoli та ін.)

Нині широко використовують визначники бактерій Д.Х. Берджі (1860-1937). Перше видання визначника Д.Х. Берджі з’явилось ще у 1923 р. Десяте видання «Bergeus manual of systematic bacteriology» видрукувано у 2010 р. Визначник постійно удосконалюється і видається Американським товариством бактеріологів за участю провідних систематиків всього світу. В останньому виданні визначника всі бактерії об’єднані у царство Procariotae та розділені на чотири відділи: Gracilicutes, Firmacutes, Tenericutas, Mendosicutes.

У визначнику Берджі представлена лише частина мікроорганізмів, що циркулюють у природі. Це ті види, що досить добре вивчені та являють собою предметний інтерес для фахівців. Мікробіологам ще потрібно багато попрацювати, щоб включити до визначника всі можливі види мікроорганізмів.