В) Сочетаемость пар.

В целом причины различной сочетаемости животных при подборе хорошо известны. Они связаны, прежде всего, со сложной генетической обусловленностью большинства полезных признаков животных. Величина любого количественного признака (а именно с ними при совершенствовании животных в большинстве случаев имеют дело) зависит от всей совокупности генов в организме, взаимодействия аллельных и неаллельных генов между собой через продукты их синтеза и влияния условий внешней среды. Выдающиеся показатели продуктивности отдельной особи определяются благоприятной комбинацией генов и их взаимодействием. Эти благоприятные комбинации генов, дающие наибольшее фенотипическое проявление признака, трудно сохранить у потомков, так как они разрушаются в результате образования гамет при половом размножении. Случайное расхождение хромосом при гаметообразовании и случайное комбинирование хромосом при оплодотворении ведут к громадной наследственной изменчивости.

Если бы даже были полностью известны карты хромосом спариваемых животных (а этот вопрос еще очень далек от своего решения применительно к домашним животным), из-за случайной комбинации половых клеток невозможно прогнозировать качество получаемого потомства. Для этого нужно еще овладеть управлением процессами расхождения хромосом и комбинирования благоприятных их наборов при оплодотворении. Задача чрезвычайно сложная, и она в настоящее время даже не ставится дл практического разрешения.  В связи с развитием иммуногенетики и накоплением сведений о конкретных генных наборах у отдельных особей, которые можно рассматривать как выборку для характеристики генотипа животного, предпринимались попытки проследить связь между ними и продуктивными и воспроизводительными качествами животных. 

Данные о связи между отдельными генами, а также их комплексами, с одной стороны, и продуктивными качествами животных, с другой, крайне противоречивы и пока не находят практического применения. Более обнадеживающими являются данные об иммуногенетическом сходстве потомков с их выдающимися предками и материалы о связи между общей гомо- или гетерозиготностью организма с его продуктивностью и воспроизводительной функцией. 

В ряде работ показано, что такой сложный вид продуктивности, как молочность, не столько зависит от гомо- или гетерозиготного состоянии отдельных полиморфных локусов, сколько от общего уровня гетерозиготности организма, причем более высокие показатели продуктивности свойственны животным с примерно одинаковым соотношением гомо- и гетерозиготных локусов. Значительное отклонение в любу о сторону от равного соотношения связано с существенным уменьшением продуктивности. Степень же общей гетерозиготности или гомозиготности по локусам, контролирующим иммуногенетические факторы, можно регулировать подбором.  Любопытно отметить, что воспроизводительная функция животных находится в прямой связи с гетерозиготностью и в обратной - с гомозиготностью по большому числу локусов, контролирующих синтез эритроцитарных антигенов и полиморфных белков сыворотки крови.  Еще в предвоенный период А. Я. Малаховский выдвинул идею о необходимости использования степени иммунобиологического сходства животных при их индивидуальном подборе, которое он определял по различию титров при титровании одной и той же иммунной сывороткой эритроцитов производителя и матки. Он предполагал, что положительная сочетаемость родительских пар будет наблюдаться в тех случаях, когда титры сыворотки с эритроцитами самца и самки будут различаться не менее чем в два раза. Совладение или близость титров свидетельствуют об отрицательной сочетаемости партнеров. С точки зрения современной иммуногенетики, положительная сочетаемость обусловливается различием животных по эритроцитарным антигенам, а отрицательная сочетаемость - их сходством. Выполненные к настоящему времени работы на разных видах животных подтверждают правоту этой идеи относительно некоторых показателей, таких, например, как эффективность осеменения, степень развития и жизнеспособность потомства. 

Методы надежного прогнозирования благоприятной сочетаемости животных по большинству селекционных признаков, к сожалению, не разработаны. В практической работе пользуются эмпирической проверкой животных на сочетаемость, то есть методом проб и ошибок. Найденную опытным путем благоприятную сочетаемость в последующем широко используют.

Эту трудоемкую и требующую длительного времени работу у многоплодных животных, к которым относится и собака, можно существенно ускорить путем использования возможностей иммуногенетики по контролю происхождения животных. С этой целью группу самок в одну и ту же охоту осеменяют спермой производителей из разных линий. Происхождение полученных потомков от каждой матери (их отцовство) определяют по группам крови, После выращивания потомства в идентичных условиях делают заключение о характере сочетаемости различных линий или маток с разными производителями. 

В целом проблема прогноза сочетаемости остается очень сложной, слабо разработанной и требует для своего решения больших усилий биологов и зоотехников. Ее основу составляет детальное изучение процесса наследования различных признаков потомками.