Покажите Сольватированную Систему

1. Выбрать Rendering на меню Display.

2. Пометить Perspective в ячейке диалога Rendering/Sticks, и затем нажмите OK.

3. Установить выбранный уровень на Molecules.

4. Выбрать связь или атом молекулы аланина, и вращать целую систему, чтобы напоминала это:

Наладка Cutoffs и Dielectric Options

Когда Вы используете периодические граничные условия, Вы должны проверить выбор для отсечек и диэлектрический в ячейке диалога Force Field Options.

Проверять выбор для отсечек и диэлектрический:

1. Выбрать Molecular Mechanics на меню Setup.

2. Выбрать Options, чтобы открыть ячейку диалога Force Field Options.

3. Помотреть на выбор Cutoffs в правой части диалоговой ячейки.

Когда Вы на меню делаете выбор Periodic box, HYPERCHEM автоматически изменяет выбор для отсечек на Inner и выбор Outer, которые являются максимальными к соответствующей сольватированной системе, с периодическими граничными условиям. Отсечка Outer установлена на половину самого маленького размера ячейки, а отсечка Inner установлена на 4Å меньше, чтобы гарантировать, что не имеется никакого прерывания в потенциальной поверхности.

4. Теперь посмотрите на выбор для Dielectric, который расположена наверху ячейки диалога.

Когда Вы используете присутствие растворителя, Вы должны использовать диэлектрическую константу.

5. выберите Constant вместо Distance dependent.

Обратите внимание: диэлектрическая проницаемость автоматически не изменена, потому что новая установка сохраняется в chem.ini файле.

6. Нажать OK для закрытия ячейки диалога Force Field Options.

7. Нажать OK для закрытия ячейки диалога Molecular Mechanics Force Field.

Оптимизация Сольватированной Молекулы

Следующий шаг должен оптимизировать сольватированную систему, используя периодические граничные условия. Так как молекула аланина имеет оптимальную геометрию (по крайней мере, в изолированном состоянии), оптимизация, прежде всего, изменяется под действием растворителя. Изменения в аланине отражают разность между изолированной и находящейся в растворе оптимальных структур.

Оптимизировать молекулу в растворе:

1. Войти в форму выбора и сделать R-щелчок в пустой области, чтобы отменить выбор аланина.

Когда имеется активный выбор, оптимизация будет выполнена только на выбранном. Поэтому, если Вы начали оптимизацию с выбранного аланина, позволяют измениться только позиции атомов аланина, а молекулы воды будут ограничены в передвижении.

Чтобы оптимизировать полную систему и позволять реорганизацию и растворителя при наличии структуры аланина, Вы должны очистить выбор.

2. Выбрать Geometry Optimization на меню Compute.

Это открывает ячейку диалога Molecular Mechanics Optimization.

3. Выбрать OK, чтобы начать оптимизацию сольватированного аланина, включая молекулы воды.

Вычисление идет несколько минут.

4. Когда вычисление заканчивается, следующие значения появляется на линии состояния:

Энергия = -1102.46

Градиент = 0.09

Обратите внимание: Если Вы имеете меньшее количество, чем 40 молекул воды в вашей системе, Вы получите другие значения.

Оптимизированная структура для сольватированной системы может быть только, как локальный minimum. В системе со многими градусами свободы, типа этого, имеется много минимумов, и может быть очень трудно расположить переменную в глобальный minimum.

Когда имеются достаточно градусов свободы, возможно, что любая статическая конформация является незначащей, и что только статистическая обработка многих конформаций с низкой энергией является достоверной.

Позже в этом уроке, Вы подробнее узнаете, что текущая структура для сольватированного аланина - только локальный minimum, а не одна глобальная переменная.

Однако, Вы должны сохранить эту структуру для более позднего использования.

5. Сохранить структуру как ala-liq.hin.