
- •Предисловие
- •Глава 1. Аминокислоты и белки
- •1.1 Общая характеристика
- •1.2 Классификация аминокислот
- •1.3 Модификация аминокислот
- •1.4 Ионизация аминокислот
- •1.5 Пептидная связь
- •1.6 Пептиды и белки
- •1.7 Функции белков
- •1.8 Уровни структурной организации белков
- •А Первичная структура белка
- •Б Вторичная структура белка
- •В Третичная структура белка
- •Д Четвертичная структура белка
- •1.9 Глобулярные и фибриллярные белки
- •А Кератин
- •1.10 Простые и сложные белки
- •1.11 Денатурация и ренатурация белков
- •1.12 Методы работы с белками
- •А Очистка и выделение белка
- •Б Высаливание
- •В Диализ
- •Д Аналитические методы работы с белками
- •Термины
- •Вопросы к семинарскому занятию (1-я часть)
- •Вопросы к семинарскому занятию (2-я часть)
- •Дополнительные вопросы и ключевые слова
- • Аминокислоты
- •Вопросы для самопроверки
- •Глава 2. Ферменты
- •2.1 Общая характеристика
- •2.2 Номенклатура ферментов
- •2.3 Свойства ферментов
- •2.4 Строение фермента
- •2.5 Специфичность ферментов
- •А Модель «ключ-замок»
- •Б Модель индуцированного соответствия
- •2.7 Термодинамика ферментативных реакций
- •2.8 Кинетика ферментативных реакций
- •А Вывод уравнения Михаэлиса-Ментен (по Бергу)
- •В Уравнение Лайнуивера-Берка
- •2.9 Механизмы ферментативного катализа
- •2.10 Влияние факторов среды на скорость протекания ферментативной реакции
- •А Концентрация субстрата
- •2.12 Мультисубстратные реакции
- •А Последовательный механизм
- •2.13 Ингибирование ферментов
- •Б Бесконкурентные ингибиторы
- •В Неконкурентные ингибиторы
- •2.14 Кооперативные взаимодействия внутри молекул ферментов
- •А Параллельная модель
- •2.15 Аллостерическая регуляция активности ферментов
- •2.16 Регуляция активности ферментов с помощью ковалентной модификации
- •2.17 Анти-, мульти- и изоферменты
- •2.18 Ферменты в медицине
- •А Энзимодиагностика
- •Термины
- •Вопросы к занятию (1-я часть)
- •Вопросы к занятию (2-я часть)
- •Дополнительные вопросы и ключевые слова
- •Вопросы для самопроверки
- •Глава 3. Нуклеиновые кислоты
- •3.1 Общая характеристика
- •3.2 Строение нуклеотида
- •3.3 Первичная структура ДНК
- •3.4 Вторичная структура ДНК
- •3.5 Денатурация и ренатурация ДНК
- •3.6 Третичная структура ДНК
- •3.7 Четвертичная структура ДНК
- •3.8 Виды РНК и их функции
- •3.9 Первичная структура РНК
- •3.10 Вторичная структура РНК
- •3.11 Третичная структура РНК
- •3.12 Четвертичная структура РНК
- •Термины
- •Вопросы к занятию
- •Дополнительные вопросы и ключевые слова
- •Вопросы для самопроверки
- •Глава 4. Репликация
- •4.1 Общая характеристика
- •4.2 Инициация репликации у прокариот
- •4.3 Элонгация репликации у прокариот
- •Б Механизм ферментативной реакции
- •4.4 Терминация репликации у прокариот
- •4.5 Репликация у эукариот
- •4.6 Проблемы репликации
- •Б Проблема высокой точности процесса
- •4.7 Плазмиды
- •В Типы плазмид
- •Д Механизмы репликации кольцевых плазмид
- •4.8 Репликация вирусов
- •Б Репликация генома РНК-вирусов
- •Термины
- •Вопросы к занятию
- •Дополнительные вопросы и ключевые слова
- •Вопросы для самопроверки
- •Глава 5. Транскрипция
- •5.1 Организация генетической информации
- •5.2 Общая характеристика транскрипции
- •5.3 Гипотеза Жакоба и Моно
- •5.4 Строение РНК-полимераз
- •5.5 Инициация транскрипции у прокариот
- •5.6 Элонгация транскрипции у прокариот
- •5.7 Терминация транскрипции у прокариот
- •5.8 Инициация транскрипции у эукариот
- •5.9 Элонгация транскрипции у эукариот
- •5.10 Терминация транскрипции у эукариот
- •А Кэпирование
- •Б Полиаденилирование
- •В Сплайсинг
- •Термины
- •Вопросы к занятию
- •Дополнительные вопросы и ключевые слова
- •Вопросы для самопроверки
- •Глава 6. Трансляция
- •6.1 Общая характеристика
- •6.2 Свойства генетического кода
- •6.3 Основные этапы биосинтеза белка
- •А Этап 1. Активация аминокислот
- •Д Этап 5. Фолдинг и посттрансляционная модификация
- •6.4 Рибосомы
- •6.5 Инициация у прокариот
- •6.6 Инициация у эукариот
- •6.7 Элонгация у прокариот
- •6.8 Элонгация у эукариот
- •6.9 Терминация у прокариот
- •6.10 Терминация у эукариот
- •6.11 Гипотеза «качания»
- •6.12 Фолдинг и посттрансляционная модификация белков
- •Термины
- •Вопросы к занятию
- •Дополнительные вопросы и ключевые слова
- •Вопросы для самопроверки
- •Глава 7. Регуляция биосинтеза белка
- •7.1 Регуляция экспрессии генов у прокариот
- •В Катаболическая репрессия. Лактозный оперон
- •Д Аттенуация. Триптофановый оперон
- •Е «Сильные» и «слабые» промоторы
- •Ж σ-Субъединица РНК-полимеразы
- •7.2 Регуляция экспрессии генов у эукариот
- •Хроматин-перестраивающие комплексы
- •Архитектурные белки высокомобильной группы
- •Ковалентная модификация гистонов
- •Метилирование ДНК
- •В Регуляция с помощью факторов транскрипции
- •7.3 Регуляция на уровне трансляции у про- и эукариот
- •А Дискриминация мРНК
- •Б Трансляционная репрессия
- •7.4 Другие механизмы регуляции у эукариот
- •Б РНК-интерференция
- •Интерференция с помощью малых интерферирующих РНК
- •Интерференция с помощью микроРНК
- •Термины
- •Вопросы к занятию
- •Дополнительные вопросы и ключевые слова
- • Регуляция на уровне транскрипции (прокариоты)
- •Вопросы для самопроверки
- •Глава 8. Мутации и репарация
- •8.1 Мутации
- •8.2 Классификация мутаций по вызвавшим их причинам
- •8.3 Классификация мутаций по степени изменений генома
- •8.4 Классическая классификация
- •8.5 Репарация
- •А Прямая репарация
- •8.6 Эксцизионная репарация оснований (BER)
- •8.7 Эксцизионная репарация нуклеотидов (NER)
- •8.8 Мисметч репарация
- •8.9 Репарация двунитевых разрывов
- •8.10 Негомологичное соединение цепей ДНК при двунитевых разрывах
- •8.11 SOS-репарация (SOS-ответ)
- •8.12 Рекомбинационная репарация
- •Термины
- •Вопросы к занятию
- •Дополнительные вопросы и ключевые слова
- •Вопросы для самопроверки
- •Глава 9. Иммунитет и антитела
- •9.1 Иммунитет: его виды и элементы
- •9.2 Врожденный (неспецифический) иммунитет
- •В Химические медиаторы врожденного иимунитета
- •Е Классический путь активации комплемента
- •Ж Альтернативный путь активации комплемента
- •З Активация терминальных компонентов комплемента
- •И Как фагоциты отличают чужеродные клетки от «своих»?
- •9.3 Приобретенный (специфический) иммунитет
- •А T-лимфоциты
- •В Антитела
- •Е Вторичный иммунный ответ
- •Ж Активация гуморального иммунитета
- •9.4 Группы крови
- •9.5 Трансфузионные реакции
- •9.6 Правила переливания
- •9.7 Резус-фактор (Rh)
- •Термины
- •Вопросы к занятию
- •Дополнительные вопросы и ключевые слова
- •Вопросы для самопроверки
- •Глава 10. Биологические мембраны
- •10.1 Строение биомембран
- •В Липиды биомембран
- •10.2 Функции мембран
- •10.3 Мембранный транспорт
- •10.4 Эндо- и экзоцитоз
- •10.5 Трансмембранная передача сигнала
- •Термины
- •Вопросы к занятию
- •Дополнительные вопросы и ключевые слова
- •Вопросы для самопроверки
- •Глава 11. Энергетический обмен
- •11.1 Энергия в клетке
- •11.2 Дыхательная цепь митохондрий
- •11.3 Сопряжение дыхания и окислительного фосфорилирования
- •11.4 Разобщение дыхания и окислительного фосфорилирования
- •Термины
- •Вопросы к занятию
- •Дополнительные вопросы и ключевые слова
- •Вопросы для самопроверки
- •Глава 12. Введение в метаболизм
- •12.1 Общая характеристика
- •А Метаболические пути
- •Б Метаболиты
- •В Гомеостаз
- •12.2 Функции метаболических путей
- •А Образование энергии
- •Б Катаболизм органических соединений
- •Переваривание
- •Гликолиз
- •Окисление жирных кислот
- •Катаболизм аминокислот
- •В Синтез органических соединений и предшественников макромолекул
- •Глюконеогенез: синтез глюкозы
- •Синтез жирных кислот
- •Синтез гема
- •Креатинфосфат
- •Гликоген
- •Жиры или триацилглицеролы
- •Д Выведение потенциально опасных соединений
- •Цикл мочевины
- •Синтез желчных кислот
- •Катаболизм гема
- •Е Образование регуляторных молекул
- •12.3 Ключевые положения всех метаболических путей
- •А АТФ — донор энергии для синтеза
- •В Эссенциальные органические соединения
- •Д Взаимосвязи метаболических путей
- •Е Нелинейность метаболических путей
- •Ж Локализация метаболических путей в клетке
- •З Тканеспецифичность метаболических путей
- •И Метаболизм при голодании
- •12.4 Интеграция метаболизма
- •А Основные физиологические состояния организма и роль различных органов в интеграции метаболизма
- •Состояние насыщения
- •Состояние голодания
- •Б Интеграция метаболизма в различных физиологических состояниях
- •Состояние голодания
- •Продолжительное голодание
- •Состояние насыщения
- •Физические нагрузки
- •В Регуляция метаболизма
- •Инсулин
- •Глюкагон
- •Адреналин
- •Гидрокортизон
- •Адипоцитокины
- •Рекомендуемая литература
- •Приложение 1. Аминокислоты и белки
- •Классификация аминокислот
- •Приложение 2. Ферменты
- •Строение химотрипсина
- •Приложение 3. Нуклеиновые кислоты
- •Приложение 4. Репликация
- •Приложение 5. Транскрипция
- •Приложение 6. Трансляция
- •Приложение 7. Регуляция биосинтеза белка
- •Приложение 8. Мутации и репарация
- •Приложение 9. Иммунитет и антитела
- •Приложение 10. Биологические мембраны
- •Приложение 11. Энергетический обмен
- •Оглавление

Репликация вирусов 99
бактерий реплицируются по тета-механизму. Механизм «катящегося кольца» изучался преимущественно на стафилококковых и стрептококковых плазмидах.
4.8 Репликация вирусов
Репликация вирусов происходит в несколько стадий:
1.Адсорбция: вирус контактирует с клеткой специфическими молекулами на своей поверхности: например, ортомиксовирусы и парамиксовирусы адсорбируются с помощью гликопротеинов, а аденовирусы — с помощью пентоновых волокон. В адсорбции участвуют специфические клеточные рецепторы: гликопротеины, фосфолипиды или гликолипиды.
Адсорбция может быть нарушена антителами, связывающимися с вирусной оболочкой или самой клеткой хозяина.
2.Проникновение (пенетрация) следует сразу за адсорбцией. После этого вирусную частицу уже невозможно отделить от клетки хозяина, не повредив её. Механизмы проникновения:
а. Прямое проникновение: капсид остаётся связанным с внешней поверхностью клеточной мембраны, а его содержимое попадает внутрь клетки.
б. Слияние с мембраной. в. Эндоцитоз.
3.Разрушение оболочки происходит благодаря закислению среды эндосомы, в которой находится вирусная частица, до pH = 5. За это ответственны протонные насосы H+-АТФазы в мембранах эндосом. Низкие значения pH приводят к изменению конформации компонентов вирусной оболочки, которые своими гидрофобными участками начинают контактировать с мембранами эндосом, это приводит к попаданию вируса в цитозоль.
4.Репликация вирусного генома становится возможной, благодаря переключению клеточных систем синтеза на репликацию и транскрипцию вируса. Для этого вирус приостанавливает синтез белка клеткой и диссоциирует полирибосомы. Некоторые вирусы не только не блокируют клеточные синтезы, но и ускоряют их.
5.Сборка вирионов.
6.Выход вирионов из клетки.
АРепликация генома ДНК-вирусов
УДНК-вирусов животных процессы транскрипции и трансляции не сопряжены (кроме поксвирусов): транскрипция происходит в ядре, а трансляция — в цитоплазме. Вирусная ДНК служит матрицей для синтеза вирусной мРНК, которая является матрицей для синтеза вирусных белков. Вирусная ДНК содержит «ранние» и «поздние» гены, которые транскрибираются в разное время.
— «Ранние» гены кодируют белки и ферменты, необходимые для начала репликации вирусного генома.
100 |
Глава 4 |
Репликация |
—«Поздние» гены кодируют белки, участвующие в созревании и сборке вирусных частиц.
Репликация вирусов с дцДНК схожа с нормальной репликацией клеточной ДНК. Геном большинства таких вирусов попадает в ядро, где транскрибируется и реплицируется клеточными полимеразами. Так реплицируются, к примеру, вирусы герпеса и папилломавирусы. Однако есть два исключения:
1.Каждая часть вириона поксвирусов синтезируется и собиратся в цитоплазме. Ядро в их репликации не участвует.
2.Геном вируса гепатита B реплицируется иначе: синтезируется РНК-по- средник, а затем в ходе обратной транскрипции синтезируется ДНК на
матрице РНК.
Репликация вирусов с оцДНК тоже происходит в ядре, куда вирусная ДНК проникает после попадания в клетку. Там синтезируется вторая цепь ДНК, комплементарная вирусной. Вместе они образуют дцДНК. Далее всё происходит по вышеописанному механизму: синтез белков, репликация вирусной ДНК и сборка вирионов.
Примеры репликации у различных семейств вирусов:
1.Аденовирусы реплицируют свой геном ассиметрично: репликация начинается на 3’-конце одной из цепей с помощью белкового праймера. Растущая дочерняя цепь ДНК вытесняет одну материнскую и образует полный дуплекс с другой материнской цепью. Вытесненная цепь тоже реплицируется и образует дуплекс.
2.Герпесвирусы имеют линейный геном с терминальными повторами. После попадания в ядро эти повторы частично отщепляются и соединяются, образуя кольцевой дуплекс ДНК. Далее происходит репликация по механизму «катящегося кольца». В ходе созревания вирусной частицы кольцевая ДНК разрезается и снова становится линейной.
3.Паповавирусы имеют кольцевую ДНК, а её репликация происходит по тета-механизму (симметрично и двунаправленно).
4.Парвовирусы имеют одноцепочечную ДНК (положительную или отрицательную), поэтому их репликация начинается, когда две цепи («+» и «– ») из разных вирусных частиц формируют дуплексную спираль ДНК.
5.Поксвирусы имеют необычную двухцепочечную ДНК, концы которой связаны. Их промежуточные реплицированные ДНК, обнаруживаемые в цитоплазме, представляют собой конкатемеры, соединённые «голова-к- голове» или «хвост-к-хвосту».
6.Гепаднавирусы, как, к примеру, вирус гепатита B, используют обратную транскрипцию для репликации. Их геном состоит из частично двухцепочечной кольцевой ДНК с полной отрицательной цепью и неполной положительной. После попадания в клетку положительная цепь достраивается и транскрибируется. Транскрипты РНК становятся матрицей для синтеза ДНК в ходе обратной транскрипции с помощью вирусных ферментов.

Репликация вирусов 101
Б Репликация генома РНК-вирусов
РНК-вирусы можно разделить на 4 группы (см. Рис. 71 ▼):
1.Вирусы с положительной одноцепочечной РНК (оцРНК+).
2.Ретровирусы (разновидность оцРНК+).
3.Вирусы с отрицательной одноцепочечной РНК (оцРНК–).
4.Вирусы с двухцепочечной РНК (дцРНК).
Одноцепочечная РНК, способная быть матрицей в биосинтезе белка (т.е. выполнять роль мРНК), называется положительной РНК или РНК+. Соответственно, отрицательная РНК или РНК– не способна служить матрицей в синтезе белка.
Репликация вирусов с оцРНК+. Как только вирусная оцРНК+ попадает в клетку хозяина, она сразу же транслируется на белок рибосомами. В ней закодированы белки капсида и вирусная РНК-полимераза. Непосредственно репликация вирусной оцРНК+ идёт в два этапа:
1.Сначала на матрице положительной вирусной оцРНК+ синтезируется комплементарная цепь отрицательной РНК (оцРНК–). Этот синтез осуществляет вирусная РНК-полимераза.
2.Затем такая отрицательная РНК транскрибируется и образуются новые молекулы положительной оцРНК+. Они и участвуют в сборке вирио-
нов. Этот процесс уникален для вирусов, поскольку ни одна клетка не транскрибирует РНК с РНК.
Примером вируса с оцРНК+ является полиовирус (вирус полиомиелита). Репликация ретровирусов. Ретровирусы тоже содержат оцРНК+. Однако в от-
личие от других подобных вирусов, они не используют её в качестве мРНК. Репликация ретровирусов идёт следующим образом:
1.Обратная транскриптаза вируса, содержащаяся внутри его капсида, синтезирует ДНК на матрице оцРНК+.
2.Затем эта ДНК затем служит матрицей в синтезе новых оцРНК+, выступающих в качестве мРНК и одновременно образующих новые вирионы.
Примером ретровируса является ВИЧ.
Репликация вирусов с оцРНК–. РНК этих вирусов не может транслироваться на белок напрямую, поскольку не узнается рибосомами. У данных вирусов репликация происходит с помощью собственной РНК-зависимой РНК-транскриптазы (находится внутри капсида и попадает в цитоплазму вместе с вирусным геномом после проникновения в клетку):
1.РНК-транскриптаза синтезирует оцРНК+ на матрице вирусной оцРНК–.
2.Синтезированная оцРНК+ выступает в роли мРНК и служит матрицей в синтезе новых оцРНК–. Последние включаются в состав вирионов.
Примерами вирусов с оцРНК– являются вирусы гриппа и бешенства. Репликация вирусов с дцРНК. Двухцепочечная РНК этих вирусов состоит из
РНК+ и РНК– цепей. Их репликация идёт по следующему сценарию:
1.После попадания в цитоплазму вирусная РНК-полимераза использует дцРНК для синтеза оцРНК+ (матрицей служит отрицательная цепь РНК). ОцРНК+ цепь выполняет роль мРНК, т.е. транслируется рибосомами на