Уложення передбачало значну кількість додаткових покарань. До них належали позбавлення всіх або особливих прав, майна, звань, титулів і нагород, прав сімейних, права участі у виборах і обіймати посади, займатися торгівлею, промислами та іншою діяльністю, поселення в робітний дім, заборона мешкати у певних місцевостях, віддання неповнолітніх у виховні будинки або під батьківську опіку та ін.
У деяких випадках, що визначалися законом, додатковим покаранням як кримінальним, так і виправним могло бути церковне покаяння засуджених за розпорядженням духовного начальства. Закон передбачав також в окремих випадках конфіскацію всього або частини майна, що належало засудженим. Серед виправних покарань застосовувалися, зокрема, опублікування про засудженого у відомостях сенатських, обох столиць і губерній, вислання за кордон, якщо винний іноземець; заборона проживання винного у столицях та інших місцях або у власних маєтках з установленням над ним опіки; віддання під особливий нагляд поліції та ін.
Окрім загальних заходів покарання і стягнення, Уложення встановлювало також спеціальні покарання за злочини і проступки по службі: 1) звільнення зі служби; 2) відмова від посади; 3) відрахування від строку служби; 4) усунення від посади; 5) переміщення з вищої посади на нижчу; 6) догана більш чи менш сувора із занесенням її до послужного списку; 7) відрахування з жалування; 8) догана більш або менш сувора без занесення її до послужного списку; 9) зауваження більш чи менш суворе. Передбачалися й інші види покарань: вислання, насильне випровадження з сільської общини, насильне примушення до праці, биття різками та ін., що встановлювалося особливими, спеціальними законами, статутами і навіть звичаєвим правом.
Заслуговує на увагу той факт, що значна кількість статей Особливої частини, які містили в санкціях той чи інший вид строкового покарання, не вказували граничного строку щодо таких, наприклад, покарань, як ув’язнення в тюрму, арешт і навіть направлення на каторгу або заслання. Визначення строків у таких випадках цілком віддавалося на розсуд суду або (з окремих справ) на розсуд поліцейських адміністративних чиновників.
Відзначимо, що застосування будь-якого з основних, додаткових чи спеціальних видів покарань передбачало для засуджених значне обмеження їхніх громадянських прав і свобод, практично перетворювало засуджених на осіб без прав і можливостей для їх подальшого існування.
508