- •1.Белковые молекулы как основа жизни. Биологические функции белков.
- •2.История изучения белков. Теория строения белков Мульдера. Пептидная теория строения белков.
- •3.Аминокислоты, входящие в состав белков, их строение, свойства.
- •5.Физико-химические свойства белков: ионизация, гидратация, растворимость. Факторы стабилизации белков в коллоидном состоянии.
- •6.Белок как амфотерный коллоид. Заряд белковой молекулы.
- •Вопрос 17 Конформационные перестройки молекул белков как основа их функционирования. (прим. Автора: ни фига не поняла суть вопроса, вот то, что более-менее подошло)
- •Вопрос 18
- •Вопрос 19 (ахтунг! -Зависимость биологической активности от четвертичной структуры белков. Не нашла!!!)
- •Вопрос 20
- •Вопрос 21
- •Вопрос 22.
- •Вопрос 23
- •1. Характеристика активного центра
- •2. Многообразие лигандов
- •27) Белки можно классифицировать:
- •1. Ферменты
- •2. Регуляторные белки
- •3. Рецепторные белки
- •4. Транспортные белки
- •5. Структурные белки
- •6. Защитные белки
- •7. Сократительные белки
- •1. Семейство сериновых протеаз
- •2. Суперсемейство иммуноглобулинов
- •3. Семейство иммуноглобулинов
- •Рефрактометрические методы
- •2.Осаждение концентрированными минеральными кислотами.
- •4.Осаждение органическими кислотами.
- •5.Осаждение белка солями тяжелых металлов.
- •1.Осаждение органическими кислотами.
- •55. Липопротеины, химический состав, строение, представители, биологическая роль
1. Характеристика активного центра
Активный центр белка - относительно изолированный от окружающей белок среды участок, сформированный аминокислотными остатками. В этом участке каждый остаток благодаря своему индивидуальному размеру и функциональным группам формирует «рельеф» активного центра.
Объединение таких аминокислот в единый функциональный комплекс изменяет реакционную способность их радикалов, подобно тому, как меняется звучание музыкального инструмента в ансамбле. Поэтому аминокислотные остатки, входящие в состав активного центра, часто называют «ансамблем» аминокислот.
Уникальные свойства активного центра зависят не только от химических свойств формирующих его аминокислот, но и от их точной взаимной ориентации в пространстве.
Часто активный центр формируется таким образом, что доступ воды к функциональным группам его радикалов ограничен, т.е. создаются условия для связывания лиганда с радикалами аминокислот.
В некоторых случаях лиганд присоединяется только к одному из атомов, обладающему определённой реакционной способностью, например присоединение О2 к железу миоглобина или гемоглобина. Однако свойства данного атома избирательно взаимодействовать с О2 определяются свойствами радикалов, окружающих атом железа в составе гема. Гем содержится и в других белках, таких как цитохромы. Однако функция атома железа в цитохромах иная, он служит посредником для передачи электронов от одного вещества другому, при этом железо становится то двух-, то трёхвалентным.
Центр связывания белка с лигандом часто располагается между доменами. Например, про-теолитический фермент трипсин, участвующий в гидролизе пептидных связей пищевых белков в кишечнике, имеет 2 домена, разделённых бороздкой. Внутренняя поверхность бороздки формируется аминокислотными радикалами
этих доменов, стоящими в полипептидной цепи далеко друг от друга (Сер177, Гис40, Асп85).
Разные домены в белке могут перемещаться друг относительно друга при взаимодействии с лигандом, что облегчает дальнейшее функционирование белка. В качестве примера можно рассмотреть работу гексокиназы, фермента, катализирующего перенос фосфорного остатка с АТФ на молекулу глюкозы (при её фосфорилировании). Активный центр гексокиназы располагается в расщелине между двумя доменами (рис. 1-26) При связывании гексокиназы с глюкозой окружающие её домены сближаются, и субстрат оказывается в «ловушке», что облегчает его дальнейшее фосфорилирование.
Основное свойство белков, лежащее в основе их функций, - избирательность присоединения к определённым участкам белковой молекулы специфических лигандов
2. Многообразие лигандов
• Лигандами могут быть неорганические (часто ионы металлов) и органические вещества, низкомолекулярные и высокомолекулярные вещества;
• существуют лиганды, которые изменяют свою химическую структуру при присоединении к активному центру белка (изменения субстрата в активном центре фермента);
• существуют лиганды, присоединяющиеся к белку только в момент функционирования (например, О2, транспортируемый гемоглобином), и лиганды, постоянно связанные с белком, выполняющие вспомогательную роль при функционировании белков (например, железо, входящее в состав гемоглобина).
В тех случаях, когда аминокислотные остатки, формирующие активный центр, не могут обеспечить функционирование данного белка, к определённым участкам активного центра могут присоединяться небелковые молекулы. Так, в активном центре многих ферментов присутствует ион металла (кофактор) или органическая небелковая молекула (кофермент). Небелковую часть, прочно связанную с активным центром белка и необходимую для его функционирования, называют «простетическая группа». Миоглобин, гемоглобин и цитохромы имеют в активном центре простетическую группу - гем, содержащий железо (более подробно гемсодержащие белки описаны в разделе 4, а кофакторы и коферменты - в разделе 2).
Соединение протомеров в олигомерном белке - пример взаимодействия высокомолекулярных лигандов. Каждый протомер, соединённый с другими протомерами, служит для них лигандом, так же как они для него.
Иногда присоединение какого-либо лиганда изменяет конформацию белка, в результате чего формируется центр связывания с другими лигандами. Например, белок кальмодулин после связывания с четырьмя ионами Са2+ в специфических участках приобретает способность взаимодействовать с некоторыми ферментами, меняя их активность.
26) Самосборка — процесс образования упорядоченной надмолекулярной структуры или среды, в котором в практически неизменном виде принимают участие только компоненты (элементы) исходной структуры, аддитивно составляющие или «собирающие», как части целого, результирующую сложную структуру. К самосборке можно отнести формирование самособирающихся мономолекулярных слоев(например, молекул тиолов на гладкой поверхности золотой плёнки), образование плёнок Ленгмюра-Блоджетт, послойную сборку и пр[1]. Хорошо известна самосборка ряда производных олигопептидов в гидрогели при незначительном изменении условий среды (рН, ионная сила раствора температура, добавление органического растворителя и др.) [2] Так ярким примером можно отнести самосборку флуоренилдифенилаланина в нанофибрилы из которых далее формируется гидрогель, главным образом за счет: гидрофобных взаимодействий, образования водородных связей и п-п взаимодействий фенильных колец. Интересным с точки зрения применения в медицины является 3-х мерный макропористый гидрогель как биоразрушающийся и нетоксичный материал, полученный на основе флуоренилдифенилаланина в одну стадию и без применения каких либо сшивающих агентов.