- •Методы выдвижения гипотез о механизмах сложных реакций
- •Методы выдвижения гипотез о механизмах сложных реакций
- •Предисловие
- •Введение
- •1. Как изучают механизм реакции?
- •1.1. Традиционная стратегия
- •1.2. Рациональная стратегия
- •Задачи и примечания к разделу 1
- •2. Формализованные методы выдвижения гипотез о механизмах
- •2.1. Программы, основанные на be/r-матрицах, и математическая модель структурной химии
- •2.2. Программа mechem
- •2.3. Программа ChemComb
- •2.4. Программа ChemNet
- •2.5. ПрограммаCasb
- •2.6. Общие замечания
- •Задачи к разделу 2
- •Примечания к разделу 2
- •3. Практикум
- •3.1. Генерация гипотез с использованием "формулы превращения"
- •3.2. Программа ChemNet
- •3.2.1. Исходные данные
- •3.2.1.1. Исходные вещества
- •3.2.1.2. Трансформации
- •3.2.1.3 Ограничения.
- •3.2.2. Идея алгоритма
- •3.2.3. Обработка полученных результатов
- •3.2.4. Факторы, замедляющие работу программы
- •3.2.5. Библиотека трансформаций
- •3.2.6. Примеры работы программы
- •3.2.6.1. Гидрокарбоксилирование и гидроформилирование этилена (гомогенный катализ).
- •3.2.6.2. Гидрогенолиз этана (гетерогенный катализ)
- •Задачи к разделу 3
- •Приложения Приложение 1. Библиотека элементарных трансформаций в металлокомплексном катализе и металлорганической химии
- •Другие элементарные трасформации
- •Приложение 2. Стадии реакций гидрокарбоксилирования и гидроформилирования этилена
- •Приложение 3. Стадии реакции гидрогенолиза этана
3.2.6. Примеры работы программы
3.2.6.1. Гидрокарбоксилирование и гидроформилирование этилена (гомогенный катализ).
В качестве одного из тестов для программы была получена сеть превращений для реакций карбонилирования этилена
C2H4 + CO + H2 CH3CH2CHO
C2H4+ CO+ H2O CH3CH2COOH
Катализатором этой реакции может быть карбонильный комплексCo2(CO)8. Трансформации, сформулированные для этой задачи, приведены ниже:
1. CoI–H + C=CCoI–C–C–H
2. Co0–Co0+ H–HCoI–H + CoI–H
3. R1–CH–CoI=C=OCoI–C(=O)–CH–R1, R1= C, H, O
4. Co0+ COCo0=C=O
5. Co0+ Co0Co0–Co0
6. CoI–C=O + C=CCoI–C–C–C=O
7. CoI–C=O + H–O–HO=C–OH + CoI–H
8. Co0–Co0+ C=CCoI–C–C–CoI
9. CoI+ COCoI=C=O
10. O–CoI=C=OCoI–C(=O)–O
11. Co0–Co0+ H–O–HCoI–O–H + CoI–H
12. CoI–C + H–HCoI–H + C–H
13. CoI–H + CoI–HCo0–Co0+ H–H
14. CoI–O–H + CoI–HCo0–Co0+ H–O–H
15. CoI–C + CoI–HCo0–Co0+ H–C
Исходные вещества, введенные в программу, – Co0, C2H4, H2, H2O, CO. Ограничения: максимальное число атомов в генерируемых молекулах – 18, максимальное число атомов углерода – 6, максимальное число атомов кислорода – 4, максимальное число атомов кобальта – 2. Контроль за числом валентных электронов не осуществлялся, а контроль за степенями окисления осуществлялся только с помощью трансформаций. В результате генерации получено 187 реакций (пять из которых были впоследствии удалены, см. далее) и 49 новых веществ.
При генерации сети реакций мы предполагали, что свободные координационные места кобальта заняты лигандами CO. Поэтому мы добавили три CO лиганда к каждому атому кобальта после завершения работы программы. Кроме того, мы сократили реакционную сеть вручную, исключив комплексы Co0(CO)3, Co0(CO)4, Co0(CO)5, и связанные с ними реакции.
В итоге остаются стадии, которые перечислены в Приложении 2. При генерации получены практически все продукты, идентифицированные в процессах гидроформилирования и гидрокарбоксилирования этилена: этан, пропионовый альдегид, пропионовая кислота, диэтилкетон, янтарная кислота. Каждый из этих продуктов может образоваться по различным маршрутам, присутствующим в реакционной сети. В числе этих маршрутов все, которые рассматривались в литературе. Кроме того, можно прогнозировать образование некоторого количества муравьиной и угольной кислот, янтарного альдегида OHCCH2CH2CHO, альдегидокислоты OHCCH2CH2COOH и кетоальдегида C2H5C(O)CH2CH2CHO. Соединения с большим числом атомов (например, C2H5C(O)CH2CH2COOH) не были генерированы из-за использованных ограничений. Реакции циклизации и гидрирования карбонильной группы и (образование ангидридов и лактонов, хинонов и гидрохинонов) не были предусмотрены использованными трансформациями.
Есть два принципиально различных варианта использования получаемой реакционной сети. С одной стороны, она может рассматриваться как максимальный механизм, в котором отдельные стадии подлежат проверке, с другой – ее можно разделить на небольшие механизмы, описывающие образование отдельных продуктов, и экспериментально проверять эти отдельные пути реакции.
3.2.6.2. Гидрогенолиз этана (гетерогенный катализ)
Мы применили программу ChemNet к реакции гидрогенолиза этана C2H6 + H2 2CH4. После анализа соответствующей литературы, были сформулированы пять трансформаций, которые, как предполагалось, могли послужить хорошей моделью для химии гидрогенолиза этана и одновременно позволяли избежать трудностей, связанных с комбинаторикой, которые обычно приходится принимать во внимание при работе с ChemNet и аналогичными программами. Использование этих трансформаций подразумевало, что карбеновые и карбиновые атомы углерода связаныс разнымицентрами на поверхности катализатора: фрагменты типа MC– описываются как M3C–, а фрагменты типа M=C< описываются как M2=C<. Стерические, энергетические и кинетические факторы во внимание не принимались. Было использовано всего пять трансформаций, но они были достаточно общими и содержали заместители:
1. M–M + R1–HM–H + M–R1 |
R1= C или H |
2. M–H + M–R1M–M + R1–H |
R1= C или H |
3. M–R2+ C–HM–C + H–R2 |
R2= C, H, или M |
4. M–C + H–R2M–R2+ C–H |
R2= C, H, или M |
5. M–CR3R4–CR5R6R7+ M–R8M–CR3R4–M + CR5R6R7R8 |
Ri= H или M (i = 3,…,8) |
Были использованы следующие ограничения: максимальное число атомов в молекуле – 11, максимальное число атомов углерода – 2, максимальное число атомов металла – 6, максимальное число атомов водорода – 6. Каждый атом металла M рассматривался как активный центр поверхности с координационным числом, равным единице.
Программа получила реакционную сеть, состоящую из 150 обратимых (взаимно обратные реакции были свернуты в обратимые стадии) и 24 необратимых элементарных стадий, а также 16 веществ. Эта реакционная сеть приведена в Приложении 3.
Полученная сеть содержит в себе все известные нам механизмы, которые сообщались в литературе. Так, например Muhaffy и Hansen (Mahaffy, P.; Hansen, R. S. J. Chem. Phys. 1979,Vol. 71,P. 1853–1861) изучали гидрогенолиз этана на иридиевых пленках в широком диапазоне парциальных давлений каждого из реактантов при 80–205C. Был предложен механизм, состоящий из стадий
M–M + CH3–CH3 CH3–CH2M + MH |
(1) |
M–M + H2 2MH |
(2) |
CH3–CH2M + M–M MH + CH3–CHM2 |
(4) |
MCH2–CH3+ M–H2MCH3 |
(167) |
MCH3+ MH M–M + CH4 |
(101) |
При этом предполагалось, что связь C–C в этильном фрагменте рвется под действием гидрида MH, а образующиеся метильные комплексы с поверхностью гидрируются в метан. Гудков и соавторы. (Gudkov, B. S.; Guczi, L.; Tetenyi, P.J. Catal. 1982,Vol. 74, P. 207–215)изучали реакцию на катализаторах Pt/SiO2и PtFe/SiO2и предложили две альтернативных гипотезы о механизме. По их мнению, эти механизмы могут считаться справедливыми при различных условиях проведения реакции. Первый механизм состоял из стадий
M–M + CH3–CH3 CH3–CH2M + MH |
(1) |
M–M + H2 2MH |
(2) |
MCH2–CH3+ M–MM2CH2+ MCH3 |
(89) |
M2CH2+ MH M–M + MCH3 |
(100) |
MCH3+ MH M–M + CH4 |
(101) |
Здесь связь C–C рвется тоже в этильном комплексе, но под действием поверхности катализатора. Второй механизм состоит из стадий
M–M + CH3–CH3 CH3–CH2M + MH |
(1) |
M–M + H2 2MH |
(2) |
CH3–CH2M + M–M MH + MCH2–CH2M |
(3) |
MCH2–CH2M + M–M MH + MCH2–CHM2 |
(5) |
MCH2–CHM2+ M–M MH + M2CH–CHM2 |
(8) |
M2CH–CHM2+ M–M2M3CH |
(95) |
M3CH + MH M–M + M2CH2 |
(99) |
M2CH2+ MH M–M + MCH3 |
(100) |
MCH3+ MH M–M + CH4 |
(101) |
Согласно второму механизму разрыв C–C связи происходит в симметричном поверхностном комплексе CHM2–CHM2. Годдард и сотр.(Goddard, S. A.; Amiridis, M. D.; Rekovske, J. E.; Cardona-Martinez, N.; Dumesic, J. A.J. Catal. 1989,Vol. 117,P. 155–169.)изучали механизм гидрогенолиза этана на Pt, Pd, Ir и Co катализаторах, нанесенных на оксид кремния, и предложили общий механизм, состоящий из стадий
M–M + CH3–CH3 CH3–CH2M + MH |
(1) |
M–M + H2 2MH |
(2) |
CH3–CH2M + M–M MH + MCH2–CH2M |
(3) |
MCH2–CH2M + M–M MH + MCH2–CHM2 |
(5) |
MCH2–CH2M + M–M2M2CH2 |
(92) |
M2CH–CH2M + M–MM3CH + M2CH2 |
(94) |
M2CH–CHM2+ M–M2M3CH |
(95) |
M3CH + MH M–M + M2CH2 |
(99) |
M2CH2+ MH M–M + MCH3 |
(100) |
MCH3+ MH M–M + CH4 |
(101) |
Они выделили три маршрута:
A: (стадии 1–3, 92, 100, 101) B: (стадии 1–3, 5, 94, 99–101), C: (стадии 1–3, 5, 8, 95, 99–101).
Было найдено, что маршрут C через образование CHM2–CHM2до разрыва C–C связи не работает, что противоречит данным Гудкова. Маршруты A и B могут доминировать в зависимости от катализатора и условий проведения реакции. Zaera и Somorjai предположили, что гидрогенолиз этана на грани монокристалла платины Pt(111) протекает через образование этилидиновых фрагментов(Zaera, F.; Somojai, G.A.J. Phys. Chem.1985,Vol. 89,P. 3211–3216). Предложенный механизм содержит стадии 1, 4, 7, 99–101 и стадию CH3–CM3+ 2M2CHM3+MH. Последнюю едва ли можно рассматривать как одну элементарную кинетическую стадию, и в нашей реакционной сети ее нет, но она может быть “разложена” на несколько элементарных стадий.
Кроме стадий, которые в том или ином виде рассматривались для реакций гидрогенолиза углеводородов на различных катализаторах и в других гетерогенно-каталитических реакциях углеводородов, сеть реакций содержит большое число стадий, которые не рассматриваются большинством исследователей, но которые в принципе могут протекать. Они имеют сходные переходные состояния:
Стадии с такими переходными состояниями (стадии 28–45, 47–54, 57–68, 71–78, 80–82, 84, 85, 87, 106–111, 114–116, 118–123, 126–131, 134–136, 138–140, 142–144, 146–148, 151, 152, 155 в Приложении 3) могут участвовать в механизме, и если их рассматривать, то число гипотетических механизмов становится очень велико. Число возможных механизмов, вырезанных из реакционной сети гидрогенолиза этана (174 реакции) достигает нескольких тысяч.
Обобщая механизмы такого типа (метатезис -связей), можно предположить, что похожие превращения могут протекать с участием двух металлических центров на поверхности:
как, например, в реакции
Современные методы квантовой химии могут помочь выяснить роль этих реакций в процессах превращения углеводородов на поверхности металлов.