Секвенирование ДНКНК
Автоматическое секвенирование
История секвенированияания
геномов организмовов
прокриоты
1995 г. - Haemophilus influenzae 1830137 п.н. 1997 г. – E. coli 4639221 п.н.
2005 г. – Francisella tularensis 1892819 п.н.
эукариоты
1996 г. - S. cerevisiae 13389 тыс. п.н.
1998 г. - Caenorhabditis elegans 100.3 млн. п.н.
Насекомые
2000, 2002 гг. - Drosophila melanogaster 137 млн. п.н. 2002 г. – Anopheles gambiae
Позвоночные
2002 г. - Fugu rubripes 365 млн. п.н.
Млекопитающие
2002 г. – эухроматин генома мыши 2,5 млрд. п.н. 2004г. – черновой вариант (~90%) черной норвежской крысы ~2,75 млрд. п.н.
Растения
2000 г. - Arabidopsis thaliana 125 млн. п.н.
2002 г.–рис indica 466млн.п.н., japonica 420млн.п.н. (93%)
Геномные базы данныхных
9информация о животных организмах
http://www.genomesize.com/
9Королевский ботанический сад в Англии
http://www.rbgkew.org.uk/cval/
homepage.html
9DOGS — Database Of Genome Sizes
http://www.cbs.dtu.dk/databases/
DOGS/index.php
Геном человека
2001 г. – черновой вариант генома человека
Весь геном человека был оценен равным
3,08 млрд. п.н. (3млрд 164,7 млн. п.н.)
2004 г. – уточнения последовательностей нуклеотидов и взаимного расположения отдельных блоков
хромосома 1 — 245 млн пн, хромосома 2 — 242 млн пн, хромосома 3 — 200 млн пн, хромосома 4 — 191 млн пн, хромосома 5 — 180 млн пн, хромосома 6 — 171 млн пн, хромосома 7 — 158 млн пн, хромосома 8 — 146 млн пн, хромосома 9 — 138 млн пн, хромосома 10 — 135 млн пн, хромосома 11 — 134 млн пн, хромосома 12 — 132 млн пн,
хромосома 13 — 114 млн пн, хромосома 14 — 106 млн пн, хромосома 15 — 100 млн пн, хромосома 16 — 88 млн пн, хромосома 17 — 80 млн пн, хромосома 18 — 76 млн пн, хромосома 19 — 64 млн пн, хромосома 20 — 62 млн пн, хромосома 21 — 46 млн пн, хромосома 22 — 49 млн пн, хромосома X — 154 млн пн, хромосома Y — 57 млн пн, митохондриальная ДНК —
0,016 млн пн.
Особенности
последовательностити нуклеотидов в ДНКК
Избыточная ДНК
геном E. сoli (4 639 221 п.н.)
87.8 % - белок-кодирующие гены (цистроны) 0.8 % - гены, кодирующие РНК, не связанные с
кодированием белков (тРНК, рРНК и др.) 0.7 % - некодирующие повторы
~11% - межгенные участки (ср. размер ~100 п.н.)
геном человека (4 639 221 п.н.)
~1.2 % - экзоны, кодирующие белки (20-25 тыс. генов) ~24 % - интроны ~75 % - межгенные участки
Особенности
последовательностити нуклеотидов в ДНКК
Разная повторяемость нуклеотидных последовательностей
фракции последовательностей в геномах эукариот:
Уникальные последовательности, представленные в одном экземпляре
Среднечастотные повторы - повторяются десятки и сотни раз
Высокочастотные повторы - число повторов достигает 106 раз.
Особенности
последовательностити нуклеотидов в ДНКК
Сателлитная ДНК локализована в центромерах