H3.3 маркирует промоторы и энхансеры даже в том случае, когда ген не работает При активной транскрипции Н3.3 депонируется и в теле гена, а также

в районе терминации транскрипции

CENP-A играет ключевую роль в формировании и функционировании центромер. Аналоги этого варианта гистона Н3 (CenH3s белки) присутствуют в клетках

всех эукариот. CENP-A и его аналоги присутствуют в центромерах, не

содержащих длинных тандемно повторяющихся сателлитных последовательностей.

Вцентромерном участке хромосомы 8 риса саттелитные последовательности фактически отсутствуют и присутсвуют активные гены. Единственной особенностью центромерного участка явдяется присутсвие нуклеосом в которых Н3 замещен на CenH3s на протяжении 750 т.п.н.

Впротивоположность основной массе гистонов CenH3s белки не замещаются на протамины в сперметазоидах. Это позволяет сохранить информацию о позиции центромеры при мейозе.

Активный хроматин

У эукариот существует многоуровневая система контроля транскрипции

активация – репрессия геномного домена

активация – репрессия промотора в активном домене

активный статус геномного домена коррелирует с более высокой доступностью домена в целом для ферментов и различных регуляторных белков

О статусе хроматинового домена можно судить на основании его чувствительности к расщеплению ДНК-азой I и некоторыми другими нуклеазами

Активные гены предпочтительно перевариваются ДНК-азой I при обработке последней пермеабилизованных клеток или ядер

Эритроидные клетки, обработанные (после пермеабилизации) возрастающими количествами ДНКазы I

DNAse

liver-specific gene

erythroid-specific gene

Сейчас вместо ДНКазы используют гиперактивную транспозазу Tn5 «загруженную» сиквенсовыми праймерами

Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing

(ATAC-seq)

DNA accessibility is probed with hyperactive Tn5 transposase, which inserts sequencing adapters

сиквенсовые

праймеры

Доменная гипотеза организации эукариотического генома

Весь геном построен из однотипных блоков - доменов, которые могут включать один или несколько генов

Домены в целом находятся под контролем особых регуляторных систем, которые контролируют их транскрипционный статус на уровне упаковки (более компактной или менее компактной) всего домена в интерфазной хромосоме

Активный домен

Неактивный домен

Предпочтительная чувствительность хроматина к нуклеазам контролируется ацетилированием гистонов