Скрининг новых соединений
Скрининг микроорганизмов -> для новых ферментов
2. Метагеном -> скрининг некультивируемых микроорганизмов генетический материал, получаемый напрямую из образцов
среды. Так же эта область знаний называется «геномика окружающей среды» или «эко геномика». Традиционное секвенирование геномов полагается на культивируемые клоны культур, в то время как Метагеномика работает с набором всех ДНК находящихся в среде. Основным отличием при использовании метагеномного подхода является учет некультивируемых (англ. VBNC) микроорганизмов наряду с культивируемыми.
-> Флуоресцентная гибридизация in situ (FISH) -> 16S rРНК библиотека клонов
-> метагеном
->16S rRNA библиотека клонов 
-> используется для определения некультивируемых 11
микроорганизмов
Скрининг новых соединений
Скрининг микроорганизмов -> для новых ферментов
-> Fluorescence in situ hybridization (FISH)
-> может использоваться для определения наличия/отсутсвия и локализации специфических ДНК последовательностей в хромосомах. Кроме того, FISH может использоваться для сравнения геномов двух биологических образцов, для нахождения эволюционных связей.
12
Скрининг новых соединений
Скрининг микроорганизмов -> для новых ферментов
-> Метагеном -> экстракция ДНК из всех микроорганизмов, представленных в
изоляте -> генерирование библиотеки или использование в ПЦР
Библиотека -> BAC vector based (20-500 kbp insert)
Векторные системы, основанные на искусственных хромосомах бактерий - BAC (bacterial artificial chromosome) .
Can be screened by Microarray system: Target (immobilized) -> BAC clones Probe (labled) -> oligos directed to specific gene
Скрининг новых соединений
Скрининг микроорганизмов -> для новых ферментов
Сравнение культивируемых и метагеномных стратегий
14
Скрининг новых соединений
Скрининг библиотек:
Дизайн библиотек:
! Размер и разнообразие -> прямое влияние на успешность скрининга!
-> Targeted libraries-> составляются из информации, полученной из биомедицинских программ (поиск новых lead structures)
-> Focused libraries -> предварительно выбранный набор соединений, основанный на виртуальном скрининге Targeted libraries
-> Discovery libraries-> сгенерированные случайным образом (поиск новых )
3 аспекта дизайна библиотек: -> комбинаторный синтез -> статистическое рассмотрение -> модели молекулярного
распознавания
15
Скрининг новых соединений
Скрининг библиотек:
Дизайн библиотек:
! Размер и разнообразие -> прямое влияние на успешность скрининга!
Лимитирующие факторы для размера библиотеки: -> стоимость
-> технические возможности (хранение,
логистика)
!!! Успех скрининга часто обусловлен неожиданными находками!!!
(предсказательные способности все еще ограничены)
16