17. Белковые домены, узнающие специфические последовательности днк. Гомеодомены.
ДНК-свзязывающие домены - часть TF, отвечающие с сцепление с ДНК
Бывают
Гомодомены
Цинксодержащие
Домены типа “лейциновая лестница”
Гомодомены - одни из TF - спираль-поворот-спираль. Открыт в дрозофилле. Состоит из 80 ак. Встречается только у эукариот, но гомологичны белкам фага λ, которые изменяют экспрессию у прокариот.
Индуцируют клеточную диффиренцировку, запуская каскад генов.
Гомодомены запускают гомобоксы.
Могут специфично и неспецифично связываться с B-формой ДНК, узнавая большую бороздку (С-конец) и малую (N-конец). Богаты аргинином и лизином, которые образуют водородные связи с ДНК.
ПОДРОБНЕЕ:
Гомеобокс - специфическая последовательность ДНК у эукариот, длиной 180 п.н. в тех генах, которые участвуют в регуляции дифференцировки и развития. Эта последовательность получила такое название из-за того, что она была выделена из гомеотических генов дрозофилы. Гомеотические гены определяют план морфологического строения тела насекомого, т.е. участвуют в дифференцировке зародыша. При некоторых мутациях этих генов на голове вместо антенн растут ноги (В РОТ МНЕ НОГИ!!!), кстати, соответствующий ген получил название – антеннапедиа.
Гемеобокссодержащие гены также у нематод, морских ежей, лягушек, кур, мышей и человека.
Гомеодомены – состоят из60 аминокислотныхостатков, находятся в составе гомеобокссодержащих генов, способны связываться благодаря наличию структурного элемента спираль-петля-спираль, а так же благодаря высокому содержанию положительно заряженных аминокислотных остатков (Arg, Lys).
*В качестве продолжения вопрос18
18. "Лейциновые молнии", "цинковые пальцы", взаимодействие с днк.
“Цинковые пальцы” - ДНК-связывающий домен из TF.
Впервые обнаружен в TFIIA. Связывается с большой бороздкой ДНК, узнавая определенные экспонированные в ней атомы. Цинк стабилизирует структуру, связываясь с 2-мя цистеинами и 2-мя гистидинами. К такому типу относится TFIIIA.
Есть в регуляторах тиреоидных и стероидных гормонов.
Лейциновые молнии - домены. Занимают ДНК, удерживая её до прихода РНК. Лейцин в каждом восьмом положении.
ПОДРОБНЕЕ:
Для связывания с ДНК белковые факторы транскрипции нередко используют «цинковые пальцы»
Эти элементы структур есть у TF3A, в белке GAL4 дрожжей, факторе SP1 млекопитающих и в рецепторах стероидных гормонов. В состав элементов входят цистеин и гистидин, связанные с атомом цинка (см. схему). Этот элемент является отличительным признаком белков, способных связываться с ДНК.
«Лейциновые молнии» - структурный элемент многих факторов транскрипции. Белковые факторы транскрипции, содержащие данный элемент, взаимодействуют с ДНК в виде димеров.
Элемент состоит из двух частей:
1) альфа-спирали, обогащенные остатками лейцина, расположенными по одну сторону спирали, -> для стабилизации структуры димера за счет взаимодействия с гидрофобными остатками соответствующих альфа-спиралей
2) домен, богатый положительно заряженными аминокислотными остатками -> непосредственный контакт с ДНК
