- •Оглавление
- •Глава 1. Введение ……………………………………………………………………...
- •Глава 2. Физика макромолекул …………………………………………………………
- •Глава 3. Физика белка …………………………………………………………………...
- •Глава 4. Физика ферментов ……………………………………………………………..
- •Глава 5. Физика нуклеиновых кислот ………………………………………………….
- •Глава 6. Регуляция генной активности …………………………………………………
- •Предисловие
- •Глава 1. Введение.
- •1.1. Физика и биология
- •1. На атомно-молекулярном уровне с одной стороны,
- •2. И как целостных систем с другой.
- •1.2. Молекулярная биофизика и её задачи
- •1.3. Методы, используемые в молекулярной биофизике
- •Глава 2. Физика макромолекул.
- •2.1. Элементы стереохимии и поворотно-изомерная теория макромолекул
- •Изотактический полистирол Синдиотактический полистирол
- •Начала термодинамики
- •2.2. Внутреннее вращение и поворотная изомерия
- •2.3. Конформационная теория макромолекул
- •2.4. Поворотно-изомерная теория макромолекул
- •2.5. Объемные взаимодействия и переходы глобула-клубок в полимерных макромолекулах
- •Клубок и глобула
- •Переходы клубок-глобула
- •Замечания к разделу
- •2.6. Упругость полимерной цепи с исключенным объемом
- •2.7. Осмотическое давление полимерного раствора
- •2.8. Статистика линейных полимеров
- •Фракционирование полимеров
- •Глава 3. Физика белка.
- •3.1. Общая характеристика белков
- •3.2. Функции белков
- •3.3. Аминокислоты
- •3.4. Первичная структура
- •3.5. Вторичная структура
- •3.6. Третичная структура
- •3.7. Четвертичная структура
- •3.8. Физико-химические свойства белков
- •3.9. Простые и сложные белки
- •3.10. Химические реакции пептидов
- •3.11. Кислотно-основные свойства белков
- •3.12. Осаждение белков в виде солей
- •3.13. Растворимость белков
- •3.14. Растворы высокомолекулярных соединений
- •3.15. Влияние растворителя на растворимость белка
- •3.16. Влияние температуры на растворимость белка
- •3.17. Осмос и мембранное равновесие белков
- •3.18.Термодинамическое сродство полимера и растворителя
- •3.19. Диффузия
- •3.20. Характеристическая вязкость
- •3.21. Седиментация
- •3.22. Электрофоретическая подвижность
- •3.23. Конформационные переходы у пептидов
- •3.24. Метод Линдерштрема и Ланга
- •3.25. Метод измерения удельного вращения плоскости поляризации света
- •3.26. Поглощение света
- •3.27. Спектроскопия в инфракрасной области
- •3.28. Дисперсия оптической активности
- •3.29. Переходы “спираль-клубок”
- •3.30. Денатурация глобулярных белков
- •3.31. Метод Тенфорда определения разности свободной энергии денатурированного и нативного белка по денатурации в растворе мочевины
- •3.32. Калориметрические измерения денатурационных изменений в белках
- •Миоглобин
- •Гемоглобин
- •Транспорт газов
- •Гуморальный иммунитет гаммаглобулины
- •Классы иммуноглобулинов
- •Синтез иммуноглобулинов
- •Строение толстых и тонких нитей мышечного волокна
- •Элементарный акт мышечного сокращения
- •Рабочий цикл актомиозинового комплекса
- •Кооперативная и "индивидуальная трудовая деятельность" миозина
- •Глава 4. Физика ферментов.
- •4.1. Общая характеристика действия ферментов (определения)
- •4.2. Химическая кинетика и катализ
- •Катализ
- •4.3. Кинетика простых ферментативных реакций
- •4.4. Химические аспекты действия ферментов
- •4.5. Конформационные свойства ферментов
- •4.6. Физика фермент-субстратного взаимодействия
- •4.7. Электронно-конформационные взаимодействия
- •4.8. Ферментативная активность лизоцима
- •Глава 5. Физика нуклеиновых кислот.
- •5.1. Основная характеристика
- •5.2. Первичная структура
- •5.3. Состав днк
- •5.4. Состав рнк
- •5.5. Вторичная структура нуклеиновых кислот
- •5.6. Природа межнуклеотидных связей
- •5.7. Межнуклеотидная связь в днк
- •5.8. Конформационный анализ днк
- •5.9. Необычные структуры днк
- •5.10. Физические модели днк
- •5.11. Третичная структура днк
- •5.12. Межнуклеотидная связь в рнк
- •5.13. Макромолекулярная структура тРнк
- •5.14. Физико-химические свойства днк
- •Вязкость
- •Оптические свойства
- •5.15. Денатурация и ренатурация
- •5.16. Кинетика расплетания двойной спирали
- •5.17. Термодинамика плавления двойной спирали (переходов спираль - клубок)
- •5.18. Процессинг днк и рнк
- •5.19. Репликация
- •5.20. Транскрипция
- •5.21. Синтез белка
- •Глава 6. Регуляция генной активности.
- •6.1. Генетический код
- •6.2. Транспортные рнк и супрессия
- •6.3. Регуляция активности генов
- •Приложение жидкокристаллические формы нуклеиновых кислот
- •Конденсированное состояние высокомолекулярных двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллическое состояние низкомолекулярных двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллические дисперсии двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллическое состояние днк в биологических системах
- •Практическое применение частиц жидкокристаллических дисперсий днк
- •Первые молекулярные моторы на основе днк
- •Новый метод хранения днк
- •Первый самособираемый нанотранзистор на днк основе
- •Жидкая форма днк
- •Сверхпроводимость днк
- •Рекомендуемая литература
Изотактический полистирол Синдиотактический полистирол
Цепь с беспорядочным расположением групп R называется атактической.
Как правило, макромолекулы содержат единичные связи C-C,C-N,C-O.
В результате поворотов вокруг единичных связей возникают различные конформации цепи. Важнейшее специфическое свойство полимерной цепи - её конформационная лабильность, т.е. способность цепи фигурировать во множестве различных конформаций. Это находит своё выражение в высокоэластичности, присущей только полимерам (каучук, например). Высокоэластичность - способность блочного полимера испытывать большие упругие деформации, достигающие сотен процентов, при малом модуле упругости. Каучук, подобно другим телам подчиняется закону Гука в области малых деформаций:
,
где
-напряжение,
-
длина нерастянутого образца,
-модуль
упругости, l-длина растянутого
образца. Для стали
,
для резины
~0,02-0,8
кг/мм2.
Столь малым значением характеризуется идеальный газ, который описывается уравнением Менделеева – Клайперона:
PV=νRT
Сожмем идеальный газ при Т=Const, увеличив давление на dP. Объём уменьшится на dV:
,
,
где
-
начальное и конечное положение поршня.
В этом уравнении
роль модуля
играет давление P.
Атмосферному давлению отвечает
кг/мм2
(как у каучука). И идеальный газ и резина
нагреваются при адиабатическом
растяжении. Это означает, что в обоих
случаях при деформировании происходит
уменьшение энтропии.
Работа при растяжении каучука силой f на dL равна:
fdL= dF=dU–TdS,
где F-свободная
энергия, U-внутренняя
энергия, S-энтропия,
T-абс.
температура. Упругая сила при
изотермическом растяжении каучука
равна
.
Для каучука f~T
и кривая f(T)
проходит вблизи начала координат, т.е.
.
Подобно тому, как внутренняя энергия
идеального газа не зависит от объема,
внутренняя энергия каучука не зависит
от длины. Возникновение упругой силы
и в том, и в другом случае определяется
изменением не внутренней энергии, а
энтропии
.
В этом и состоит принципиальное отличие высокоэластичности полимера от упругости твердого тела (пружины, например), определяемой изменением внутренней энергии.
Энтропийный характер упругости идеального газа означает, что при уменьшении объёма газа возрастает число ударов молекул о стенки - упругая сила связана с тепловым движением молекул. Сжатие газа уменьшает его энтропию, т.к. газ переходит из более вероятного разреженного состояния в менее вероятное - сжатое. Растяжение каучука означает переход от более вероятного расположения независимо перемещающихся элементов к менее вероятному, т.е. тоже уменьшение энтропии.
Независимые движения элементов полимерной цепи определяются её конформационной лабильностью. Иными словами, полимерная цепь обладает гибкостью. Гибкость полимерной цепи - её важнейшее свойство. Надо различать термодинамическую гибкость и кинетическую гибкость.
Первая ответственна за равновесные свойства полимера, в частности, за высокоэластичность каучука. Она определяется числом конформаций цепи, обладающих одинаковыми или близкими энергиями.
Кинетическая гибкость характеризует скорость конформационной перестройки цепи. Она определяется высотами энергетических барьеров, которые при этом необходимо преодолеть.
