- •Оглавление
- •Глава 1. Введение ……………………………………………………………………...
- •Глава 2. Физика макромолекул …………………………………………………………
- •Глава 3. Физика белка …………………………………………………………………...
- •Глава 4. Физика ферментов ……………………………………………………………..
- •Глава 5. Физика нуклеиновых кислот ………………………………………………….
- •Глава 6. Регуляция генной активности …………………………………………………
- •Предисловие
- •1.1. Физика и биология
- •Глава 1. Введение.
- •1. На атомно-молекулярном уровне с одной стороны,
- •2. И как целостных систем с другой.
- •1.2. Молекулярная биофизика и её задачи
- •1.3. Методы, используемые в молекулярной биофизике
- •Глава 2. Физика макромолекул.
- •2.1. Элементы стереохимии и поворотно-изомерная теория макромолекул
- •Изотактический полистирол Синдиотактический полистирол
- •Начала термодинамики
- •2.2. Внутреннее вращение и поворотная изомерия
- •2.3. Конформационная теория макромолекул
- •2.4. Поворотно-изомерная теория макромолекул
- •2.5. Объемные взаимодействия и переходы глобула-клубок в полимерных макромолекулах
- •Клубок и глобула
- •Переходы клубок-глобула
- •Замечания к разделу
- •2.6. Упругость полимерной цепи с исключенным объемом
- •2.7. Осмотическое давление полимерного раствора
- •2.8. Статистика линейных полимеров
- •Фракционирование полимеров
- •Глава 3. Физика белка.
- •3.1. Общая характеристика белков
- •3.2. Функции белков
- •3.3. Аминокислоты
- •3.4. Первичная структура
- •3.5. Вторичная структура
- •3.6. Третичная структура
- •3.7. Четвертичная структура
- •3.8. Физико-химические свойства белков
- •3.9. Простые и сложные белки
- •3.10. Химические реакции пептидов
- •3.11. Кислотно-основные свойства белков
- •3.12. Осаждение белков в виде солей
- •3.13. Растворимость белков
- •3.14. Растворы высокомолекулярных соединений
- •3.15. Влияние растворителя на растворимость белка
- •3.16. Влияние температуры на растворимость белка
- •3.17. Осмос и мембранное равновесие белков
- •3.18.Термодинамическое сродство полимера и растворителя
- •3.19. Диффузия
- •3.20. Характеристическая вязкость
- •3.21. Седиментация
- •3.22. Электрофоретическая подвижность
- •3.23. Конформационные переходы у пептидов
- •3.24. Метод Линдерштрема и Ланга
- •3.25. Метод измерения удельного вращения плоскости поляризации света
- •3.26. Поглощение света
- •3.27. Спектроскопия в инфракрасной области
- •3.28. Дисперсия оптической активности
- •3.29. Переходы “спираль-клубок”
- •3.30. Денатурация глобулярных белков
- •3.31. Метод Тенфорда определения разности свободной энергии денатурированного и нативного белка по денатурации в растворе мочевины
- •3.32. Калориметрические измерения денатурационных изменений в белках
- •Миоглобин
- •Гемоглобин
- •Транспорт газов
- •Гуморальный иммунитет гаммаглобулины
- •Классы иммуноглобулинов
- •Синтез иммуноглобулинов
- •Строение толстых и тонких нитей мышечного волокна
- •Элементарный акт мышечного сокращения
- •Рабочий цикл актомиозинового комплекса
- •Кооперативная и "индивидуальная трудовая деятельность" миозина
- •Глава 4. Физика ферментов.
- •4.1. Общая характеристика действия ферментов (определения)
- •4.2. Химическая кинетика и катализ
- •Катализ
- •4.3. Кинетика простых ферментативных реакций
- •4.4. Химические аспекты действия ферментов
- •4.5. Конформационные свойства ферментов
- •4.6. Физика фермент-субстратного взаимодействия
- •4.7. Электронно-конформационные взаимодействия
- •4.8. Ферментативная активность лизоцима
- •Глава 5. Физика нуклеиновых кислот.
- •5.1. Основная характеристика
- •5.2. Первичная структура
- •5.3. Состав днк
- •5.4. Состав рнк
- •5.5. Вторичная структура нуклеиновых кислот
- •5.6. Природа межнуклеотидных связей
- •5.7. Межнуклеотидная связь в днк
- •5.8. Конформационный анализ днк
- •5.9. Необычные структуры днк
- •5.10. Физические модели днк
- •5.11. Третичная структура днк
- •5.12. Межнуклеотидная связь в рнк
- •5.13. Макромолекулярная структура тРнк
- •5.14. Физико-химические свойства днк
- •Вязкость
- •Оптические свойства
- •5.15. Денатурация и ренатурация
- •5.16. Кинетика расплетания двойной спирали
- •5.17. Термодинамика плавления двойной спирали (переходов спираль - клубок)
- •5.18. Процессинг днк и рнк
- •5.19. Репликация
- •5.20. Транскрипция
- •5.21. Синтез белка
- •Глава 6. Регуляция генной активности.
- •6.1. Генетический код
- •6.2. Транспортные рнк и супрессия
- •6.3. Регуляция активности генов
- •Приложение жидкокристаллические формы нуклеиновых кислот
- •Конденсированное состояние высокомолекулярных двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллическое состояние низкомолекулярных двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллические дисперсии двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллическое состояние днк в биологических системах
- •Практическое применение частиц жидкокристаллических дисперсий днк
- •Первые молекулярные моторы на основе днк
- •Новый метод хранения днк
- •Первый самособираемый нанотранзистор на днк основе
- •Жидкая форма днк
- •Сверхпроводимость днк
- •Рекомендуемая литература
2.8. Статистика линейных полимеров
Степень полимеризации
Проводя статистический анализ полимерных молекул, приходится определять, сколько содержится в образце молекул каждого сорта, или каково среднее число мономерных звеньев в полимерной молекуле, какова вероятность общей заданной конформации, каково среднее расстояние от одного конца молекулы до другого и тому подобные задачи. Этому и посвящен данный раздел. С точки зрения биофизики (и молекулярной биологии) ответы на эти вопросы будут во многом способствовать выяснению физико-химических свойств биомакромолекул и, в конечном итоге, особенностей их функционирования.
Степенью полимеризации полимерной молекулы называется число структурных субъединиц, содержащихся в молекуле – х. Молекула со степенью полимеризации х называется х-мером. Определение годится и для разветвленных полимеров. В простом линейном полимере идентичны все звенья, кроме концевых.
Молекулярная масса Мх х-мера является суммой молекулярных масс всех х звеньев. При больших х (х>100) концевыми эффектами можно пренебречь и считать, что все звенья имеют молекулярную массу Мо, тогда:
Мх = хМо,
где Мо – константа для полимера данного типа (не зависит от х), поэтому термины молекулярная масса и степень полимеризации в какой-то степени идентичны.
Распределение по молекулярным массам
Степень полимеризации полимеров даже одного типа (как искусственных, так и природных) может колебаться в широких пределах. Распределение по молекулярным массам описывает частоту нахождения данной степени полимеризации. Наиболее обычным является задание изменения мольной доли х-мера (Хх) как функции х, т.е. Хх = f(х)
Подобное уравнение называется функцией распределения. Хх – доля от общего числа молекул, приходящихся на х-мер.
Например, функция распределения для поликонденсации, при которой не изменяется реакционная способность функциональных групп в зависимости от х:
OH-R-COOH
H-[-O-R-CO-]x-OH
+ H2O
Пусть в начальном состоянии Nо мономеров, т.е. по No функциональных групп каждого типа. Пусть полимеризация протекает до тех пор, пока не прореагирует доля р от всех функциональных групп. Число оставшихся функциональных групп каждого типа равно тогда No(1-p). Но это же число определяет и число независимых молекул, так как каждая молекула имеет концевые не прореагировавшие группы.
Среднечисловая
степень полимеризации
определяется как среднее число мономерных
звеньев в молекуле и равна:
Для того, чтобы было >100, значения р должны лежать между 0,99 и 1,00, так как говорим о макромолекулах.
Предположим, что все молекулы в конечной смеси расположены друг за другом вдоль конечного отрезка. Пусть он состоит из No звеньев структуры. В р•No местах звенья будут соединены СО-О-связями, в остальных (1-р)No местах связей нет. В нашем конечном отрезке будут точки, где кончается одна молекула и начинается другая. Если реакционная способность функциональных групп не зависит от длины цепи, размещение этих точек будет случайным.
Вычислим вероятность того, что данная структурная единица (звено) является частью х-мера. Чтобы вычислить эту вероятность, нужно сначала определить вероятность того, что выбранное звено является начальной частью х-мера. Эта вероятность равна вероятности того, что вдоль нашего отрезка расположатся (х+1) состояний в последовательности:
|
1 – несвязанное состояние; 2 – (х-1) СО-О-связей; 3 – следующее несвязанное состояние. Остальные состояния могут быть либо связями, либо промежутками.
Так как эти
состояния являются независимыми,
вероятность того, что мы имеем в данном
месте начинающийся х-мер,
является произведением вероятностей
нужного нам события для каждого
состояния. Эта вероятность равна р
для имеющих связи и (1-р)
для не имеющих связи состояний (так как
доля связанных функциональных групп
– это и есть мера вероятности того, что
в данном состоянии есть связь). Таким
образом, вероятность того, что выбранное
звено является начальной частью х-мера,
равна
или
(х-1,
так как х
звеньев связаны х-1
связью).
Для всех других,
кроме интересующих нас (х+1)
состояний вероятность равна 1, так как
не имеет значения, связаны они или нет.
(х+1)
здесь, так как одно несвязанное состояние
плюс (х-1)-связей
плюс второе несвязанное состояние с
другого конца х-мера.
Но нам надо определить вероятность
того, что данное звено является частью
x-мера. Если это звено должно быть частью
любого х-мера,
то вдоль цепи имеется х
состояний, с которых можно начать
отсчет. Таким образом, полная вероятность
того, что выбранное звено является
частью х-мера,
равна
.
Так как молекула может состоять из
одного звена, то эта же вероятность
может быть и вероятностью того, что
этот х-мер
является долей от общего числа х-меров.
Вероятность того, что данная структурная единица (звено) входит в х-мер, эквивалентна доле структурных единиц, составляющих х-меры. Считая, что все звенья имеют одинаковую массу, эта вероятность эквивалентна также весовой доле х-мера Wx:
(надо учитывать
выделение воды при поликонденсации).
Это и есть распределение по массам (называют чаще весовым распределением). Оно показывает долю от общей массы, приходящуюся на х-мер.
Определим теперь числовое распределение, т.е. долю от общего числа молекул, приходящуюся на х-мер. Общая масса равна NoMo/NA, где Мо – молекулярная масса структурной единицы –СО-R-О-, NA – число Авогадро. Масса всех молекул х-мера равна WxNoMo/NA. Масса каждой х-мерной молекулы равна хMo/NA и число х-мерных молекул равно WxNo/х. Мы отметили, что общее число всех молекул равно No(1-p), поэтому мольная доля х-мера может быть записана так:
|
Рис.10 Зависимость весового и числового распределения от числа звеньев |
Это и есть числовое распределение, т.е. доля от общего числа молекул, приходящаяся на х-мер (или мольная доля).
Комбинируя полученные выражения для распределений с выражением для , можно отметить, что Wx>Xx, когда х> и Wx<Xx, когда х< .
Сумма всех весовых (Wx) долей и всех мольных (Xx) долей равна единице.
;
Функции на этих рисунках не непрерывны (х – целочисленные), но при больших х можно эти разрывные функции заменить непрерывной функцией распределения:
;
,
где
- бесконечно малая доля веса полимера,
имеющего степень полимеризации между
х
и х+dх.
Преимущество функций такого рода в
том, что х
можно интегрировать в конечных пределах.
Приведенные распределения – это частный случай распределений, которые могут быть получены при синтезе полимеров. Тип распределения зависит от кинетики полимеризации.
